如何寻找已发表文章的转录组

如何寻找已发表文章的转录组,第1张

要寻找已发表文章的转录组,首先需要明确所需研究的基因或生物系统。接着就可以通过在线数据库查找,如GEO、ArrayExpress、SRA等,这些数据库中存储了大量公开发表的原始转录组数据。在这些数据库中,可以使用关键字搜索、分类浏览等多种方式找到与自己研究相关的数据。一旦找到了目标数据,就可以下载并进行数据处理、分析,以获取自己需要的转录组信息。同时,可以通过PubMed等文献检索工具,查找关于该基因或生物系统的相关发表论文,以更深入地了解转录组数据的意义和应用可能。

转录组原始数据包括递交原始序列。

转录组有两部分数据要递交,首先是拼接的转录组序列,一般递交到tsa上,另一个是fastq的原始测序数据,一般递交到sra上。前两年还有论文只提交tsa不递交原始数据,目前发表的论文基本都要提交。这也是便于其他人可以完全重复你的实验和数据分析的必要要求。

简介

GSA(Genome Sequence Archive)是一个存储基因组、转录组以及其他Omics原始序列数据的数据库。GSA允许用户创建、上传并存储序列数据。GSA提供对项目信息(BioProject)、样本信息(BioSample)、实验信息(Experiment)以及测序数据的有效组织与管理。


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原文地址: https://outofmemory.cn/sjk/9262528.html

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