NCBI中由基因名字可以有蛋白的PDBID 吗

如果该基因编码的蛋白质在PDB数据库里有ID，基因注释里要有PDB id的。基因名字中一般不能用PDB数据库编号的，基因名字有自己通用的命名法则，可以和蛋白质名字类似或大小写的区别。

所以，NCBI数据库中的基因名字一般情况下不可以是蛋白质的PDBID。

基因是基因，蛋白质是蛋白质，基因名字和蛋白质名字不是一回事。NCBI数据库是一个超级大的数据仓库，里面有蛋白质数据库、蛋白质结构数据库、基因序列数据库、基因组序列数据库、蛋白质表达及基因芯片数据库等等，种类非常多。

一级数据库（Primary Databases）

1、直接来源于测序工作者或实验室研究人员

2、数据库工作人员组织数据但不添加任何信息

例如：GenBank

衍生数据库（Derivative Databases）

1、人工校正的数据库

例如： RefSeq

2、计算机校正的数据库

例如： UniGene

ncbi geo数据库怎么使用

CDS(Coding Sequence)特征域被认为是DNA生成蛋白质的翻译指令,利用CDS特征域构建外显子-内含子数据库(Exon-Intron Database,EID)是研究内含子起源、进化和功能的重要手段

NCBI 分类学数据库（taxonomy database）不是分类学或系统发育信息的信息源（primary source），而且也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al, 2000）。

获取序列所对应的分类学信息有两种方法。

一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows *** 作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_protdmpgz 和gi_taxid_nucldmpgz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。

对于Windows 用户还有一个文件称为taxdumpzip 文件。文件解压缩后包括1 个prt 文件和6 个dmp 文件。Gencodedmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gcprt 联合使用；mergeddmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodesdmp 是结点信息；divisiondmp 是较大的几个分类；namesdmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。

利用ftp 地址的连接利用>

NCBI直接检索你可以选择全databases，那么检索结果就不止包括pubmed而是各个方面的数据库汇总的检索结果了，genes和genomes主要包括序列信息和组学相关，proteins主要包括结构域功能域信息，看你想要哪个方面的内容，pubmed主要就是搜paper了没什么分类

NCBI的产生和发展是在美国和全球生物学高速发展，高通量数据急速产生，而缺乏有效的数据分析方法的背景下产生，起初它主要任务是数据的存储和查询。只不过其存储的数据大多以高通量数据为主，例如基因测序，基因组，SNP, 基因芯片,小分子化合物和GWAS数据等。这些数据的共享，极大地促进了生物信息学发展。

按照数据->样式->知识->智慧的发展模式，NCBI主要起到了一个为生物学家提供数据的角色。不过，NCBI目前也不断地在调整自己的角色。例如，生物医学文献。NCBI在从NLM继承过来的pubmed的基础，提供以PMC数据库为核心的全文文献服务。PubMed数据库应该是全球生物学家使用频率最高的数据库。NCBI最近对pubmed的改版，虽然没有实质性的改变，但其按照用户体验进行的修改，足见其对该数据库的重视。

另外，NCBI目前不断地在引入高学历生物学人才对其数据库的质量进行控制。以dbSNP为例，其正在通过与领域专家的合作将突变数据与人类表型数据进行关联。

总得来讲，NCBI的发展是与生物学高通量数据产生密切相关，它以经不在局限于提供数据存储与查询，其未来的发展必将发展为一个大型的、综合的知识库。到那时NCBI会不会免费，就要另当别论了。很显然没有人会将自己的手稿拱手让人。如果真有那么一天，不知道从中会产生多少专利和知识产权。

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