转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库

xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp

连接成功后输入账号 密码

mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名

FTP 连接成功后连接成功后

进入刚才建立的BioProject文件夹

把原始数据拖进去即可

传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开

进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的

传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失

全部文件夹都传输成功了会变成queued

然后就等NCBI处理了

我原来常用的：

NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。

EBI：和NCBI类似，欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具，比如多序列比对。

Uniprot：全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分：SwissProt是人工校对过的，TrEMBL是自动校对的。

Pfam：蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西，而且找到的东西是结构域。

Rfam：RNA的，类似Pfam。

如下：

1超星电子图书馆：收录的电子图书内容丰富，包括经典理论、哲学、社科、经济、语言文字、文学、数理化、生物、工业技术、计算机等50余个学科门类，现拥有中文电子图书80万种，论文300万篇，全文总量4亿余业，并且每天仍在不断地更新与增加。

2，书生之家数字图书馆：主要收录1999年以后出版的新书，其收录量为每年中国出版的新书品种一半以上，目前拥有图书15万种，数量可观，学科门类齐全。

3，中国学术期刊全文数据库：该库的产品分为十大专辑：理工A、理工B、理工C、农业、医药卫生、文史哲、政治军事与法律、教育与社会科学综合、电子技术与信息科学、经济与管理。个专辑分为若干专题，共168个专题。

4，维普中文科技期刊数据库:按照《中国图书馆分类法》进行分类，所有文献被分为8个专辑：社会科学、自然科学、工程技术、医药卫生、农业科学、经济管理、教育科学和图书情报。8大专辑又被细分为36个专题。

5，万方数字化期刊收藏资源的特点：目前集纳了理、工、农、医、人文五大类70多个类目，2500多种科技类核心期刊，实现全文上网。该系统收录的期刊种类主要有7个：基础科学、农业科学、社会科学、哲学政法、医学卫生、教科文艺、经济财政。

互联网（internet），又称国际网络，指的是网络与网络之间所串连成的庞大网络，这些网络以一组通用的协议相连，形成逻辑上的单一巨大国际网络。互联网始于1969年美国的阿帕网。通常internet泛指互联网，而Internet则特指因特网。

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