如何使用omim数据库资源

OMIM数据库之父VictorAlmonMcKusick先生是位临床医生。该数据库的最原始的版本是一本叫MIM的遗传学书籍，后来挪到了网上，就加了一个“O”称为在线的人类孟德尔遗传学。所以OMIM数据库不同于其他的NCBI数据库。其设计之初是为临床医生提供在线浏览的服务，因此没有相应的序列下载服务。从另外一个角度来说，OMIM的每一条记录讨论的是某一个基因，而与这个基因相关的序列可能有几条，几十条甚至上百条的记录。

要解决你的问题，如果数量不多，例如50以内。建议你手工通过OMIM提供的RefSeq的链接获取。这个方法的优点是，你可以挑选你想要的序列（mRNA，DNA或Protein），消耗的时间上与编程差不多。

如果超过100，或需要反复做，就有编程的必要。你可以参考我提供的链接使用eUtils工具来获取序列。

由美国Johns Hopkins大学于1990年建立的GDB是重要的人类基因组数据库，由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理。

GDB数据库用表格方式给出基因组结构数据，包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、EST、叠连群(Contig)、重复片段等；并可显示基因组图谱，其中包括细胞遗传图、连锁图、放射杂交图、叠连群图、转录图等；并给出等位基因等基因多态性数据库。此外，GDB数据库还包括了与核酸序列数据库GenBank和EMBL、遗传疾病数据库OMIM、文献摘要数据库MedLine等其它网络信息资源的超文本链接。

GDB数据库是用大型商业软件Sybase数据库管理系统开发的，并用Java语言编写基因图谱显示程序，为用户提供了很好的界面，缺点是传输速度受到一定限制。

GDB数据库是国际合作的成果，其宗旨是为从事基因组研究的生物学家和医护人员提供人类基因组信息资源。其数据来自于世界各国基因组研究的成果，经过注册的用户可以直接向GDB数据库中添加和编辑数据。

把目标OMIM基因序列下载下来，点击页面工具栏的View-DNA-getDNA，输入所需下载OMIM基因所在的染色体位置，点击“getDNA”。

OMIM为“OnlineMendelianInheritanceinMan”的简称，意即“在线《人类孟德尔遗传》”或“网上《人类孟德尔遗传》”。持续更新的关于人类基因和遗传紊乱的数据库。主要着眼于可遗传的或遗传性的基因疾病，包括文本信息和相关参考信息、序列纪录、图谱和相关其他数据库。

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