各位大神，帮忙解决一下下面的生物信息学题目吧，我实在看不懂啊，急急急，回复相关主题即给分，采纳追分

(1)在公共DNA数据库（比如GenBank）中有多少玉米相关的条目（entries）？在数据库中与玉米相关数据中有多少Waxy (granule-bound starch synthase)基因序列？

(2)SSH实验得到了一个未知序列，请在公共数据库中找到最佳匹配（hit）（其实就是做比对，blast），然后预测潜在的功能。（结构相似性与功能相似性）

(3)用动态算法（指定了这个算法：Needleman-Wunsch algorithm）对以下序列进行全局比对，打分系统用BLOSUM50空位罚分8。（需要你去了解这个算法，然后用程序实现应用到比对中，最后得出最佳的匹配方案得到结果）

(4) 在竹子的基因组片段中找基因

(5) 在植物抗病基因中找一致性序列（domains/motifs）（这个你可以用寻找motif的软件工具，如MEME）

(6) 构建植物抗病基因的系统发生树

(7) 写一篇近两年关于谷物类基因或者人类基因组相关的综述。

PS LZ你这个是课程结束作业么，工作量不小啊

在提交比对序列的页面下部就有参数调节，一般使用默认参数即可

你这个序列可能的确是新序列吧，所以在数据库中找不到匹配的

如果是编码蛋白的基因，将其翻译成蛋白后用blastp来比对

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

die "perl $0 <IDlisttxt> <seqfa>\n" unless(@ARGV == 2);

my %hash;

open IN,$ARGV[0];

while(<IN>){

chomp;

$_=~s/[> \t]+//g;

$hash{$_} = 1;

}

close IN;

open IN,$ARGV[1];

$/=">";

<IN>;

$/= "\n";

while(<IN>){

chomp;

my $name = $_;

$/=">";

my $seq= <IN>;

chomp $seq;

$seq =~s/\n//g;

$/ = "\n";

if(exists($hash{$name})){

print ">$name\t$seq\n";

}

}

close IN;

脚本保存为runpl 序列所在文件假设为 afa 你所需要的ID列表所在文件为IDtxt

那么在命令行输入perl runpl IDtxt afa 回车即可

结果将在屏幕打印出来。如果需要另存 则假设你另存为 ctxt

那么命令行输入

perl runpl IDtxt afa > ctxt

可以在NCBI网站中将所有的数据库选项改为gene,然后输入ubiquitin，在查找的结果中，单击右侧的Homo sapiens，再单击HGNC:11427 即可查出序列

1 ctgggccgcg aggcgcggag cttgggagcg gagcccaggc cgtgccgcgc ggcgccatga

61 agggcaagga ggagaaggag ggcggcgcac ggctgggcgc tggcggcgga agccccgaga

121 agagcccgag cgcgcaggag ctcaaggagc agggcaatcg tctgttcgtg ggccgaaagt

181 acccggaggc ggcggcctgc tacggccgcg cgatcacccg gaacccgctg gtggccgtgt

241 attacaccaa ccgggccttg tgctacctga agatgcagca gcacgagcag gccctggccg

301 actgccggcg cgccctggag ctggacgggc agtctgtgaa ggcgcacttc ttcctggggc

361 agtgccagct ggagatggag agctatgatg aggccatcgc caatctgcag cgagcttaca

421 gcctggccaa ggagcagcgg ctgaacttcg gggacgacat ccccagcgct cttcgaatcg

481 cgaagaagaa gcgctggaac agcattgagg agcggcgcat ccaccaggag agcgagctgc

541 actcctacct ctccaggctc attgccgcgg agcgtgagag ggagctggaa gagtgccagc

601 gaaaccacga gggtgatgag gacgacagcc acgtccgggc ccagcaggcc tgcattgagg

661 ccaagcacga caagtacatg gcggacatgg acgagctttt ttctcaggtg gatgagaaga

721 ggaagaagcg agacatcccc gactacctgt gtggcaagat cagctttgag ctgatgcggg

781 agccgtgcat cacgcccagt ggcatcacct acgaccgcaa ggacatcgag gagcacctgc

841 agcgtgtggg tcattttgac ccggtgaccg ggagccccct gacccaggaa cagttcatcc

901 ccaacttggc tatgaaggag gttattgacg cattcatctc tgagaatggc tgggtggagg

961 actactgagg ttccctgccc tacctggcgt cctggtccag gggagccctg ggcagaagcc

1021 cccggcccct aaacatagtt tatgtttttg gccaccccga ccgcttcccc caagttctgc

1081 tgttggactc tggactgttt cccctctcag catcgctttt gctgggccgt gattgtcccc

1141 tttgtgggct ggaaaagcag gtgagggtgg gctgggctga ggccattgcc gccactatct

1201 gtgtaataaa atccgtgagc acgaaa

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