如何寻找已发表文章的转录组

要寻找已发表文章的转录组，首先需要明确所需研究的基因或生物系统。接着就可以通过在线数据库查找，如GEO、ArrayExpress、SRA等，这些数据库中存储了大量公开发表的原始转录组数据。在这些数据库中，可以使用关键字搜索、分类浏览等多种方式找到与自己研究相关的数据。一旦找到了目标数据，就可以下载并进行数据处理、分析，以获取自己需要的转录组信息。同时，可以通过PubMed等文献检索工具，查找关于该基因或生物系统的相关发表论文，以更深入地了解转录组数据的意义和应用可能。

geo数据库筛选数据方法是：

1、首先，打开NCBI，选择GEODatasets，输入GDS5656，点击Search。

2、点击样品分类号，我们可以看到该研究的详情，包括文章研究内容、实验方案设计、样本详情等。

3、点击AnalyzewithGEO2R，利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组，分组完毕后，点击saveallresults，获取两组之间的差异表达基因。

4、得到如下所示的文本内容，将其粘贴到记事本(例如，保存为resulttxt)，然后导入到excel中(数据→自文本，选择resulttxt文件导入)，准备进行筛选。

5、下一步，我们需要对差异表达基因的数据进行进一步的筛选。

6、最后我们可以在EXCEL左下角的状态栏看到，一共筛选出来738个条目。

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Wind资讯金融终端是一个集实时行情、资料查询、数据浏览、研究分析、新闻资讯为一体的金融数据库信息查询终端。

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为了能够方便使用以上数据库,请按下列步骤安装。

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第一步:下载安装程序,并安装。

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这个问题涉及到NCBI的核心价值——数据共享。从NCBI创建之初她就是为用户”下载“数据而存在。历经近30年的发展，其提供的数据共享的方式也经历了诸多的改变。下面以提供数据共享的技术方式来逐一陈述：

1 FTP

FTP是File Transfer Protocol(文件传输协议)的英文简称。在互联网形成之初，非常重要的大文件传输格式。目前NCBI的大文件传输，甚至是整个NCBI网站的数据都可以用这种方式获得。网址为ftp://ftpncbinlmnihgov/不过要用好这些数据，你需要同时兼备生物学和计算机科学（基本）知识。

2 网页

当然绝大多数生物学家并不需要进行批量数据分析，知识要找到与自己课题相关的数据。NCBI提供了基于网页的查询检索系统。之所以称之为系统是因为其中包含了NCBI所有提供服务的数据库，该系统有一个统一的查询界面，成为Entrez。其语法和规则在查询不同数据库是基本相似，知识需要简单了解相应数据库的特殊字符即可。例如，查询GEO数据库时，只查询dataset数据可以使用[DataSet Type]关键字，但是该关键字在PUBMED并不适用。

3web服务

web服务在生物信息学和计算机科学中的定义有很大差别，这里特制计算机科学中的web服务。NCBI基于entrez提供了web service服务，用户在自己的程序中调用代码获取数据。主要是eUtils（>

OMIM数据库之父Victor Almon McKusick先生是位临床医生。该数据库的最原始的版本是一本叫MIM的遗传学书籍，后来挪到了网上，就加了一个“O”称为在线的人类孟德尔遗传学。所以OMIM数据库不同于其他的NCBI数据库。其设计之初是为临床医生提供在线浏览的服务，因此没有相应的序列下载服务。从另外一个角度来说，OMIM的每一条记录讨论的是某一个基因，而与这个基因相关的序列可能有几条，几十条甚至上百条的记录。

要解决你的问题，如果数量不多，例如50以内。建议你手工通过OMIM提供的RefSeq的链接获取。这个方法的优点是，你可以挑选你想要的序列（mRNA， DNA或Protein），消耗的时间上与编程差不多。

如果超过100，或需要反复做，就有编程的必要。你可以参考我提供的链接使用eUtils工具来获取序列。

如何使用直连方式连接数据库

1，ArcGIS101统一了数据库连接，也就是不区分是空间数据库连接还是通过OLEDB方式的关系型数据库连接

2，在Catalog中只能采用直连方式；

3，ArcGIS101版本中，Esri提供的安装介质不在包含Postgresql（以前的是包含的）；

4，安装Postgresql，官方给的软件要求是64位数，而且所有的企业级数据库都是64位(这应该和Server有关系吧，因为Server101是纯64位,在桌面软件的目录中给出的几个dll都是64位，这几个dll后面会用到，官方给的软件需求如下：

Database

SupportedOperatingSystems

MinimumOSVersion

MaximumOSVersion

PostgreSQL905(64-bit)

RedHatEnterpriseLinuxServer5(64-bit)

Update7

RedHatEnterpriseLinuxServer6(64-bit)

SUSELinuxEnterpriseServer11(64-bit)

SP1

WindowsServer2003Standard,Enterprise,andDatacenter(64-bit[EM64T])

SP2

SP2

WindowsServer2008R2Standard,Enterprise,andDatacenter(64-bit[EM64T])

SP1

5，配置PostgreSQL的客户端。因为直连方式要求ArcSDE的客户端必须安装数据库的客户端类库，所以首先需要获取PostgreSQL的客户端。ArcGISDesktop是32位软件，需要的是32位的PostgreSQL类库。找到PostgreSQL的客户端，或者在别的机器上将32位的libeay32dll,libiconv-2dll,libintl-8dll,libpqdll,andssleay32dll文件拷贝到Desktop安装目录的bin目录下;

6，拷贝st_geometrydll，将Desktop安装目录下的/PostgreSQL/Windows64(看到64了吧)目录下，拷贝st_geometrydll文件到PostgreSQL的lib目录。在PostgreSQL中创建Geodatabase时必须用到此类库；

7，配置pg_hbaconf，修改PostgreSQ的pg_hbaconf文件，添加“hostallall0000/0md5”（关于该文件的配置，可以参阅相关资料）；

8，在安装完SDE后，发现没有以往的post界面，在101中，对于创建企业级Geodatabase都采用工具箱中提供的工具，换句话说，以前的post被Toolbox中的一堆工具替代；

9，创建地理数据库

101在创建地理数据库的时候，提供了三个，Oracle，SQLServer和Postgresql，我们用这个工具创建地理数据库，这个过程相当于早起的POST过程，创建数据库并写入一堆系统表等

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