Geodatabse空间数据库模型的特点是什么

1、空间参考。Geodatabse在要素类和数据集中对空间参考信息进行了完整的定义。

2、表定义。Geodatabse空间几何数据与属性数据保存在同一个表（要素类）中。

3、拓扑规则。Geodatabse的拓扑关系管理机制在以下几个方面有明显的优势：

1）用户可以自行定义哪些要素类将手拓扑关系规则约束。

2）多个点、线、面要素类（层）可以同时受同一组拓扑关系规则约束。

3）提供了大量的拓扑关系规则。

4）用户为自己的数据可以自行指定必要的拓扑关系约束规则。

5）拓扑关系及规则是在符合工业标准的DMBS（数据管理系统）中进行的，可以多用户并发处理。

6）用户可以局部建立或检查拓扑关系，以提高生产率。

4、可以表达复杂的地理要素（如，河流网络、电线杆等）。

标准化的方法就是Counts值：

对给定的基因组参考区域，计算比对上的read数，又称为raw count（RC）。

aw count作为原始的read计数矩阵是一个绝对值，而绝对值的特点是基因长度、测序深度不同不可以比较。所以我们要进行标准化把count矩阵转变为相对值，去除基因长度、测序深度的影响，我们采用分析的。

标准化的三种方法得出的三种值：

RPM (Reads per million mapped reads)：RPM方法：10^6标准化了测序深度的影响，但没有考虑转录本的长度的影响。

RPKM/FPKM方法：

103标准化了基因长度的影响，106标准化了测序深度的影响。TCGA的数据分析多采用这种结果。

TPM (Transcript per million)：TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似，TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。

具体判断方法：

表达量是否需要重新标准化。

可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断。

是否需要log2:根据数据值的大小。

如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。

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