如何利用生物信息数据库开展试验研究 举例

如何利用生物信息数据库开展试验研究 举例,第1张

近年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及,这些数据库大多可以通过网络来访问,或者通过网络下载。

一般而言,这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释;二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等;蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等;蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多,它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色,如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。

下面将顺序简要介绍一些著名和有特色的生物信息数据库。

NCBI((>

本人自大三就开始做生物信息,现在即将读博士,希望我的经验可以帮助到你。

既然你是想做生物信息学,那么相关背景什么的会了解一些,我在这就不多说了。

首先,确定你自己的背景专业,现在很多学校本科都没有专门的生物信息学专业,都是挂靠在生命学院或者计算机学院的。所以背景专业一般都是生物学或计算机学,不同的专业将来做生信区别会很大。当然,做什么方向和背景专业并没有绝对关系。

如果是生物学背景,那么将来大部分的工作将会是使用专门的生物信息学分析软件。所以难度会降低。自学的话,主要学几下几点就好:

1、一门脚本语言,个人推荐Python(Perl也可以,各有利弊,Python更新兴一些)。

2、Linux系统。这个也不是百分百要求,但是专业的生信人,都是用Linux的,而且很多软件都是不支持Windows的。

3、常用的生物信息学数据库,这里列出几个,NCBI,Ensembl,EBI,GENEbank等等,这些数据库下面还分子数据库,像GEO,GWAS catalog等。当然,还有方向更细的,像miRBase(miRNA数据库)等。

4、R,这也是一种编程语言,但更加侧重结果的展示,实际上也就是画图。

5、常用生信分析软件,这个没必要专门去学,需要用到他们的时候再学也不晚,都是很简单的东西。

如果是计算机背景,那么以后的工作可能主要是算法分析,创造新的生信分析软件,做数据库等。需要自学的就是以上的那些,再加一门工程语言,C,C++,C#,Java都可以。

in cell and developmental biology属于生物信息学数据库

生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。

一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释;

二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等;蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等;蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多,它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色,如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。

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