swiss-pdbviewer 能否用不同图层比较突变位点是否结构改变

PDB（程序数据库）文件保持着调试和项目状态信息，从而可以对程序的调试配置进行增量链接。当用 /ZI 或 /Zi 编译 C/C++ 程序时或用 /debug 编译 Visual Basic/C# 程序时将创建 PDB 文件。 在 Visual C++ 中，/Fd 选项用于命名由编译器创建的 PDB

PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)25维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。

PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。

1 从PDB数据库中找一个3D结构已知的蛋白，查询取得其蛋白质序列、mRNA序列（仅包含ORF/CDS）和基因组序列（10分）；

2 用Homologene或BlastP从蛋白质数据库中找15种以上与其高度同源的蛋白质序列，将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件（10分）；

3 找到每个蛋白相应的mRNA序列，截取从起始密码子到终止密码子的开放阅读框（ORF/CDS），将序列下载并保存为一个FASTA格式的文件（10分）；

4 对比基因组序列和mRNA序列，用SIM4和GENESCAN分别找出并图示其外显子和内含子（10分）；

5 用ClustalW、MUSCLE、MAFFT、T-coffee、PRANK和CAUSA等软件，分别对以上同源基因做多序列比对（10分）;

6 用MEGA、PHLIP或其他软件分别用NJ法和ML法对以上同源基因做系统发生分析，画出基因分子进化树，比较各种比对方法和算法所画出的进化树异同，并分析进化树是否和物种进化树一致、并说明其原因（10分）；

7 找出保守区间，在保守区间设计PCR简并引物（10分）;

8 在蛋白质分析网站（ExPaSy、PDB、Swiss model等）分析该基因所编码的蛋白质，并进行一、二、三级结构预测（10分）；

9 在DDD和GEO分析该基因的具体功能和表达情况（提供证据如检索到的文献目录和摘要（10分）。

10 查找能够调控该基因表达的microRNA，预测其目标及功能（10分）。

同源建模(Homology Modeling)和蛋白数据库(Protein Database)是生物信息学中两个重要的概念，虽然它们都与蛋白质有关，但是它们的意义和作用不同，下面进行详细的说明。

同源建模(Homology Modeling)是一种利用蛋白质序列相似性预测蛋白质三维结构的方法。通过比对已知结构的蛋白质和目标蛋白质的序列相似性，将已知的结构模板应用到目标蛋白质上进行模拟，最终得到目标蛋白质的三维结构。同源建模需要依赖一些已知的蛋白质结构数据库，例如PDB（Protein Data Bank）。同源建模可应用于一些新发现的蛋白质，或者是一些难以通过实验手段获得的蛋白质结构，对于研究蛋白质的结构与功能具有重要意义。

蛋白数据库(Protein Database)是指收集和管理各种蛋白质结构信息的数据库，包括各种蛋白质的三维结构、二级结构、拓扑结构、氨基酸序列和功能等多种信息。蛋白数据库是一个包含海量关于蛋白质的信息资源库，包含了全球各地研究人员的数据成果，为研究蛋白质的功能和结构提供了方便。

可以看出，同源建模和蛋白数据库的区别在于其关注的重点不同。同源建模着重于预测蛋白质的三维结构，依赖于已知的蛋白质结构信息，而蛋白数据库则是对多种蛋白质结构信息的集成和整理，为研究人员提供了海量的资源和数据分析工具，以及对于蛋白质结构和功能的解析和注释。两者紧密联系且相辅相成，均为研究蛋白质的结构与功能提供了重要的支持。

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