R语言批量读文件

杀杀

前两天一个同学问了一个批量读数据（文件）卜碧腔的问题

感觉现在分析测序数据的话，在R中一次性读取多个文件的功能还是挺需要用到的

决定总结一下下

总不能写n行read.csv…balabala…去读取，那太麻烦了

于是决定使用批量读数据

首先我们要获取这个文件夹里所有的文件名字以便读取

接下来我们需要构建读文件的路径

ps: 在做这种批量 *** 作时还是有必要先花时间测试一个样本是否能够成功，然后再去做批量的循环，这样也能方便自己找bug

因此我们先试着读取一个文件

这里因为例子中的文件格式比较特殊，所以使用的读取函数是read.delim，如果是.csv或.txt等格式，也可以替换成read.csv, read.table等函数。

好了测试通过，接下来开始批量读文件

需要注意的是，合并文件的时候，需要注意你是要取所有文件中行名的交集还是并集，或者最后你是否有一个统一的行名来规整所有文件。（当然如果你确定每个文件的行名都是相同的，就可以直接cbind），我遇到过需要取交集的情况，可以写一个循环对每个文件的行名做交集，用最终的交集文件去match出所有你要的行然后合慧腔并。

但是这个例子中，有的文件的行名是1-4000，有的是5000-8000，存在非常大的差异，而需求是最后整合成一个行名为0-8000的矩阵，因此我先建立一个0-8000的列作为行名，把每个文件和这列进行一个match *** 作，然后未match到的填充为0。

其实没有很难的部分，主要是需要读取文件夹中的所有文件名，型衫然后循环读取就行了。

JAVA 遍历文件夹下的所有文件(递归调用和非递归调用)

1.不使用递归的方法调用。

public void traverseFolder1(String path) {

int fileNum = 0, folderNum = 0

File file = new File(path)

if (file.exists()) {

LinkedList<File>list = new LinkedList<File>()

File[] files = file.listFiles()

for (File file2 : files) {

if (file2.isDirectory()) {

System.out.println("文件拆卜此夹:" + file2.getAbsolutePath())

list.add(file2)

fileNum++

} else {

System.out.println("文件:" + file2.getAbsolutePath())

folderNum++

}

}

File temp_file

while (!list.isEmpty()) {

temp_file = list.removeFirst()

files = temp_file.listFiles()

for (File file2 : files) {

if (file2.isDirectory()) {

System.out.println("文件夹:" + file2.getAbsolutePath())

list.add(file2)

fileNum++

} else {

System.out.println("文旅迅件:" + file2.getAbsolutePath())

folderNum++

}

}

}

} else {

System.out.println("文件不存在!")

}

System.out.println("文件夹共有:" + folderNum + ",文件共有弊罩:" + fileNum)

}

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