DLG文件怎么打开?

DLG文件怎么打开?,第1张

*.DLG是定义对话框资源的渗埋独立文件

这种文件对于VC工程来说并非必需,因为VC一般把丛虚蚂对话框资源放在.RC资源定义文件中

用C++开发工具可以打开,进入C++的用户界面直接打开即可。

主流的c++引擎就两种:

一种就是MS的VC;

一种就是GNU的GCC,

前者主要用于Windows系统誉缺,后者主要用于Unix/Linux系统.

不过现在GCC也被移植到了Windows平台和MAC之下:MinGW,Cygwin,Djgpp,

常见的DEVC++就是使用的MinGW引擎.

Mac OS 下的Xcode 也是使用的Gcc引擎.

对于VC的话,VC6.0版本较早,占用系统资源少,比较轻便,适合学习,VC2010、2012等高版本由于代码更优化,其实编译速度更快,但占用系统资源较多。可以根据自己机器的具体情况选择。

文件很小是正常的,这个文件本来就不大,一般有50对就是正确的结果。你可以对照以下步骤,判断你的 *** 作是否有误:

1. 蛋白的pdbqt准备:包括加氢、计算电荷、添加原子类型

打开AutoDockTools,菜单栏File->Read Molecule,选择蛋白的pdb文件,点击打开。

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文态晌件格式。

1.1加氢:菜单栏Edit->Hydrogens->Add,选择All Hydrogens或Polar Only,点击OK。

1.2计算电荷:菜单栏Edit->Charges->Compute Gasteiger,点击确定。

1.3给蛋白添加原子类型:菜单栏Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4导出为PDBQT文件:菜单栏File->Save->Write PDBQT,点击OK,此时可在工作目录下看到多了一个pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt准备:Edit->Delete->Delete Molecule,删除蛋白

2.1打开小分子,查看电荷:通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open,选择小分子结构文件(pdb或mol2),点击打开,d出的对话框,点击‘确定’

刚才这个对话框里面有个提示,就是小分子的总电荷数不是整数,所以要调整下。

菜单栏Edit->Charges->Check Totals on Residues”,d出对话框,点击Spread Charge Deficit over all atoms in residue,使电荷均匀分配,然后点击“Dismiss”

2.2判定配体的root:ADT菜单栏:Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 选择配体可扭转的键:Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions,d出对话框。

其中红色表示不可旋转的键,绿色表示可旋转键,紫色表示不可扭转,通常为肽键,点击“Done”。如果要设置某个键不可扭转,那么先按住shift键,然后鼠标单击即可(颜色变成紫色)。

2.4导出为PDBQT:ADT菜单栏Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式对接

3.1  Grid打开蛋白:Grid->Macromocule->Open,打开保存的蛋白的pdbqt文件。d出的对话框,点击Yes及确定确定

3.2 Grid 打开小分子:Grid->Set Map Types->Open ligand。打开保存的小分子的pdbqt文件

3.3 设置GridBox:Grid->Grid Box,出现Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。

设置完成后点击Grid Options 菜单中:File->Close saving current (保存并关闭对话框)。

3.4保存gpf文件:ADT菜单栏:Grid->Output->Save GPF,对话框中,输入文件名。注意:不要省略后缀名。

3.5 运行autogrid:Run->Run Autogrid,Parameter Filename选择刚才保存的gpf文件,点击Launch。默认输出glg文件,运行完成后,出现多个map文件。

4. 进行对接

4.1 Docking打开蛋白:Docking->Macromocule->Set rigid Filename,选择保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打开小分子:Docking->Ligand->Open,选择保存的小分子的pdbqt文件。对话框选择Accept

4.3 Docking设置算法:Docking->Search Parameters->Local Search Parameters,Accept采用默认设置

注:选择Local Search Parameters是为了快速计算,也可选Genetic Alogorithm,计算更精确一些。如果这里算法改神闭搭变,对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。

4.4 Docking设置对接参数游拿:Docking->Docking Parameters,选择Accept采用默认设置

4.5 Docking导出为dpf对接参数文件:Docking->Output->Local Search(4.2),输入文件名。注意:加上后缀名.dpf

4.6 进行对接:Run->Run AutoDock,Parameter Filename选择刚才保存的dpf文件,点击Launch。

运行完成后,多出一个dlg文件,这就是对接的最终结果,一般有50种对接方式。


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原文地址: https://outofmemory.cn/tougao/12288684.html

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