这种文件对于VC工程来说并非必需,因为VC一般把丛虚蚂对话框资源放在.RC资源定义文件中
用C++开发工具可以打开,进入C++的用户界面直接打开即可。
主流的c++引擎就两种:
一种就是MS的VC;
一种就是GNU的GCC,
前者主要用于Windows系统誉缺,后者主要用于Unix/Linux系统.
不过现在GCC也被移植到了Windows平台和MAC之下:MinGW,Cygwin,Djgpp,
常见的DEVC++就是使用的MinGW引擎.
Mac OS 下的Xcode 也是使用的Gcc引擎.
对于VC的话,VC6.0版本较早,占用系统资源少,比较轻便,适合学习,VC2010、2012等高版本由于代码更优化,其实编译速度更快,但占用系统资源较多。可以根据自己机器的具体情况选择。
文件很小是正常的,这个文件本来就不大,一般有50对就是正确的结果。你可以对照以下步骤,判断你的 *** 作是否有误:
1. 蛋白的pdbqt准备:包括加氢、计算电荷、添加原子类型
打开AutoDockTools,菜单栏File->Read Molecule,选择蛋白的pdb文件,点击打开。
pdbqt是AutoDock 特定的坐标文态晌件格式。
1.1加氢:菜单栏Edit->Hydrogens->Add,选择All Hydrogens或Polar Only,点击OK。
1.2计算电荷:菜单栏Edit->Charges->Compute Gasteiger,点击确定。
1.3给蛋白添加原子类型:菜单栏Edit->Atoms->Assign AD4 type。
1.4导出为PDBQT文件:菜单栏File->Save->Write PDBQT,点击OK,此时可在工作目录下看到多了一个pdbqt文件。
2.小分子的pdbqt准备:Edit->Delete->Delete Molecule,删除蛋白
2.1打开小分子,查看电荷:通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open,选择小分子结构文件(pdb或mol2),点击打开,d出的对话框,点击‘确定’
刚才这个对话框里面有个提示,就是小分子的总电荷数不是整数,所以要调整下。
菜单栏Edit->Charges->Check Totals on Residues”,d出对话框,点击Spread Charge Deficit over all atoms in residue,使电荷均匀分配,然后点击“Dismiss”
2.2判定配体的root:ADT菜单栏:Ligand->Torsion Tree->Detect Root
2.3 选择配体可扭转的键:Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions,d出对话框。
其中红色表示不可旋转的键,绿色表示可旋转键,紫色表示不可扭转,通常为肽键,点击“Done”。如果要设置某个键不可扭转,那么先按住shift键,然后鼠标单击即可(颜色变成紫色)。
2.4导出为PDBQT:ADT菜单栏Ligand->Output->Save as PDBQT。
3 正式对接
3.1 Grid打开蛋白:Grid->Macromocule->Open,打开保存的蛋白的pdbqt文件。d出的对话框,点击Yes及确定确定
3.2 Grid 打开小分子:Grid->Set Map Types->Open ligand。打开保存的小分子的pdbqt文件
3.3 设置GridBox:Grid->Grid Box,出现Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。
设置完成后点击Grid Options 菜单中:File->Close saving current (保存并关闭对话框)。
3.4保存gpf文件:ADT菜单栏:Grid->Output->Save GPF,对话框中,输入文件名。注意:不要省略后缀名。
3.5 运行autogrid:Run->Run Autogrid,Parameter Filename选择刚才保存的gpf文件,点击Launch。默认输出glg文件,运行完成后,出现多个map文件。
4. 进行对接
4.1 Docking打开蛋白:Docking->Macromocule->Set rigid Filename,选择保存的蛋白的pdbqt文件
4.2 Docking打开小分子:Docking->Ligand->Open,选择保存的小分子的pdbqt文件。对话框选择Accept
4.3 Docking设置算法:Docking->Search Parameters->Local Search Parameters,Accept采用默认设置
注:选择Local Search Parameters是为了快速计算,也可选Genetic Alogorithm,计算更精确一些。如果这里算法改神闭搭变,对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。
4.4 Docking设置对接参数游拿:Docking->Docking Parameters,选择Accept采用默认设置
4.5 Docking导出为dpf对接参数文件:Docking->Output->Local Search(4.2),输入文件名。注意:加上后缀名.dpf
4.6 进行对接:Run->Run AutoDock,Parameter Filename选择刚才保存的dpf文件,点击Launch。
运行完成后,多出一个dlg文件,这就是对接的最终结果,一般有50种对接方式。
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