Linux安装R包TwoSampleMR遇见的报错

          最近一位老友在倒腾GWAS的研究，发现R包TwoSampleMR用于pQTL的分析，让我在Linux系统上帮忙安装下，根据网页的安装提示进行 *** 作（https://github.com/MRCIEU/epigraphdb-pqtl/），在 *** 作过程中遇见了一些报错和实践的解决方案，在此文特此记录：

运行后出现报错信息如下：

解决步骤1：

        重新安装gmp，最初开始用BiocManager::install("gmp")，出现报错信息“configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org”，查阅资料过后解决方案用conda安装gmp， *** 作命令如下

解决步骤2：

      接下来重新安装iterpc，用BiocManager::install("iterpc")成功安装

解决步骤3：

     接下来重新安装Cairo，用BiocManager::install("Cairo")，出现报错信息“configure: error: Cannot use cairo-ft backend, although cairo claims it is working. Please check your caito installation and/or update cairo if necessary or set CAIRO_CFLAGS/CAIRO_LIBS accordingly.”，查阅资料后改用conda安装， *** 作命令如下

解决步骤4：

      最后重新运行install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")安装TwoSampleMR，成功安装，library导入后，出现如下信息。

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gzchecking for rl_callback_read_char in -lreadline... no configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages 6.安装 make make install 安装成功！ R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。 q() ##退出R编辑 7.安装R-studio-server wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpmyum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm 8.R-studio-server的一些命令 rstudio-server start ##启动 rstudio rstudio-server stop ## 关闭rstudio rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态 运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动 rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误 rstudio-server restart ##重启 ifconfig ##查看服务器ip地址。 查看运行中R进程 rstudio-server active-sessions 指定PID，停止运行中的R进程 rstudio-server suspend-session <pid> 停止所有运行中的R进程 rstudio-server suspend-all 强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行 rstudio-server force-suspend-session <pid> rstudio-server force-suspend-all RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示 rstudio-server offline RStudio Server临时上线 rstudio-server online 8.rstudio-server系统设置 主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改） /etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf vi /etc/rstudio/rserver.conf www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改 www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0 rstudio-server restart vi /etc/rstudio/rsession.conf session-timeout-minutes=30#会话超时时间 r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库 rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。 9.通过浏览器连接Rstudio-server 直接打开浏览器，输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。 这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项： （1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录 （2）.用户的认证可以使用RSA。 如果没有普通用户，可以添加： useradd newname # 添加一个名为newname的用户 passwd newname###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。 usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中， 在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。 10可能存在的问题 10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来 rstudio-server verify-installation There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did notconfigure with --enable-R-shlib. 这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib. 这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1". 使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。 10.2 普通用户无法启动rstudio-server sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令 这时会需要输入密码并提示 xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported. 如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。 su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。 chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限 vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。 找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名) youuserALL=(ALL)ALL %youuser ALL=(ALL)ALL youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL %youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

R真的很奇怪，在Windows下使用各种友好，一放到Linux里就各种花式报错，要是Linux还没有root权限，那实在是一项非常有挑战性的工作了，传统方法对于环境的要求很高，非常复杂，我大概装了一天，对新手也非常不友好，这篇帖子介绍如何通过conda安装R，也是目前我找到最简单最便捷的Linux版R的安装方法。

如果在一台电脑上，或者一个账号里，需要一个软件的不同版本，新版本会覆盖旧的版本，或者不同软件所需要的环境发生了冲突，就可以创造一个独立的虚拟环境来解决。

参考资料：

https://mp.weixin.qq.com/s/SMB6qWMzpMeJq1nUy1mevw

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