两种引物怎样确定DNA长度

两种引物怎样确定DNA长度,第1张

两条引物可以通过PCR扩增出中间片段,可以通过测序或电泳加Marker确定中间片段的长度。
两条引物分别和两条链配对的序列。
你可以在纸上画一下,第一次扩增时假设可以从引物向另一端无限延伸,那第二个循环时以一端是上游引物片段的序列为模板,从另一端的下游引物延伸过来,延伸到和上游引物第一个碱基处就终止了,另一个模板一样。多次循环后,体系中多数都是位于两条引物间的序列了。
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以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA。步骤的话应该与DNA复制过程类似,需要的原料是mRNA模板,四中脱氧核糖核苷酸,逆转录酶,还有能量,注意:这样获得的DNA片段不含非编码区序列。以下是专业回答一)构建cDNA文库:以生物细胞的总mRNA为模板,用反转录酶合成互补的双链cDNA,然后接到载体上,转入到宿主后建立的基因文库就是cDNA文库。1、mRNA的提取及其完整性的确定1)总RNA的提取RNA提取方法:APGC法或NP-40或应用试剂盒提取总RNA2)mRNA的分离高等真核生物mRNA分子的3'端均有poly(A)尾,将总RNA通过寡聚(DT)纤维柱分离mRNA或利用磁珠法制备纯mRNA。在某些情况下,裂解细胞后用蔗糖梯度来制备mRNA-核糖体复合物作为提取mRNA的替换途径。3)mRNA的纯化①按照大小对总mRNA进行分级,主要用琼脂糖凝胶电泳和蔗糖密度梯度离心法进行分级;②多聚核糖体的免疫学纯化法,这是利用抗体来纯化合成目的多肽的方法。4)mRNA完整性的确定确定mRNA完整性的方法有三种:①直接检测mRNA分子的大小;②测定mRNA的转译能力;③检测总mRNA指导合成cDNA第一链长分子的能力。2、cDNA的合成和克隆1)cDNA第一链的合成用亲和层析法得到mRNA后,根据mRNA分子的3'端有poly(A)尾结构的原理,用12~20个核苷酸长的oligo(dT)与纯化的mRNA混合,oligo(dT)会与poly(A)结合作为反转录酶的引物,反转录反应的产物是一条RNA-DNA的杂交链。oligo(dT)结合在mRNA的3'端,因此合成全长的cDNA需要反转录酶从mRNA分子的一端移动到另一端,有时这种全合成难以达到,尤其是mRNA链很长时,为此建立了一种随机引物法合成cDNA。随机引物是一种长度为6~10个核苷酸,由4种碱基随机组成的DNA片段。与oligo(dT)仅与mRNA3'端结合不同,它们可以在mRNA的不同位点结合。随机引物法合成的产物也是RNA-DNA的杂交体。把cDNA克隆到载体中之前,必须把这种杂交体中的RNA转变成DNA链,即形成双链DNA分子。2)双链cDNA的合成合成cDNA第二条链有两种方法。一种方法是利用cDNA第一链的3'末端常常出现发夹环的特征,这种发夹结构是反转录酶在第一链末端“返折”并且进行复制第一链的结果,它为合成cDNA第二链提供了有用的引物。用这种方法合成的双链cDNA在一端有一个发夹环,可以用单链特异的S1核酸酶切去。但是S1核酸酶的处理,常常会“修剪”过多的cDNA顺序,使cDNA丢失了mRNA5'端的部分顺序。另一种方法是用大肠杆菌的RNaseH进行修饰。RNaseH能识别RNA-DNA杂交分子并把其中的RNA切割成短的片段,这些RNA短片段仍与cDNA第一链结合,可被新合成的DNA所取代。新合成的DNA存在切口,用DNA连接酶把这些切口连接在一起形成一条完整的DNA链。RNaseH法优于S1核酸酶法,它能获得包括mRNA5'端全部或绝大部分的更长顺序cDNA分子。3)将cDNA重组到载体上合成的cDNA与载体DNA进行连接一般有3种方法:①借助于末端转移酶的3'-OH端合成均聚物的能力,双链cDNA和线性化载体DNA的3'-OH端分别加上均聚核苷酸链;②双链cDNA和线性化载体DNA分别用Klenow片段进行末端补平,然后用T4DNA连接酶进行齐头连接,形成重组体;③通过粘性末端连接。4)转化重组的载体DNA分子在一定条件下转化入大肠杆菌,形成携带质粒的菌株。当不同重组的DNA含有不同的cDNA基因时,整个转化子含有来自mRNA群体的各种cDNA基因,这样的转化子群体构成该mRNA全部遗传信息的cDNA基因文库。5)目的cDNA克隆的鉴定用于从cDNA文库中筛选和鉴定目的cDNA的方法主要有3种:①核酸杂交②免疫学杂交检测③cDNA同胞选择


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