在Linux系统中使用Shell实现多线程运行任务（多任务并发执行） 2022-05-30

最近，有一批任务需要把两批的fastq合并到一起并压缩成一个fastq文件才能继续往下做，由于存储空间有限又不能直接全部跑上，只能按样本逐个分批跑。众所周知，一般fastq是成对存在的，所需要对read1和read2分别合并一次，然而这次任务的fastq文件比较大，合并然后压缩一次需要1天左右，那对于一组fastq就要2-3天，这也太耗时间了，所以我在想能不能read1和read2 同时跑上，这就可以节省一半的时间了。

平时也能遇到很多类似的任务，特别是在进程数有限的情况下，如果这些小任务单独占用一个进程，而任务很多就很耗时间，如果能在一个进程下实现多个线程并行执行，就能大大提高运行效率。关于进程和线程的知识可以参考知乎的这篇文章【 Shell“ 多线程”，提高工作效率 】，整理的也比较有条理，能比较容易读懂。

当然，某些博主也写过类似的文章，例如这篇【 shell后台限制多并发控制后台任务强度进行文件拷贝 】但是实在是太高深莫测了，看不懂，一时半会儿也学不会。本文将示例Shell实现多线程的简单版本，其实不用太复杂。

其实只需要两个步骤， 第一步是给需要并行运行的命令行在结尾加上"&"，代表放到后台运行，第二步是在在所有并行任务的后面加上一句“wait”，意思是等所有通过“&”放到后台运行的任务跑完后再继续执行后面的任务 ，这些就能实现所有带有“&”的行并行执行了。

看完脚本是不是觉得很简单？

上面的脚本适合并行任务少的，可以手弊陵粗动加&和wait，但是如果有几十个甚至上百个的小任务就租镇比较麻烦了。但不用担心，可以写个循环，批量运行。

循环的结果也是跟上面类似的，只是多了个循环结构。

如果需要执行的任务只有一行，可以把大括号去掉。

关于for和while的循环可以查看之前的文章【 Shell常用循环示例（for和while批量汪宽处理）2022-05-25 】

需要注意的是多线程并行还是需要有限制的，毕竟都是在一个进程里运行，如果线程太多了会卡顿的，建议控制在100个以内，当然还有毕竟高级和复杂的方法可以实现限制。因为上面的脚本已经够我用了，没继续往下学，以后可以再补充。

在 shell 中使用 wait 是在等待上一批或芹袭上一个脚本执行完（即上闭首帆一个的进程终止），再执行wait之后的命令。

sleep是使系轿雹统休眠一定的时间之后再去执行下面的任务。

wait [进程号或作业号]

如果wait后面不带任何的进程号或作业号，那么wait会直至当前shell中进程的所有子进程都执行结束后，才继续执行下一步。

用{}把循环体括起来，后加一个&符号，代表每次循环都把命令放入后台运行,一旦放入后台，就意味着{}里面的命令交给 *** 作系统的一个线程处理了,循环了1000次，就有1000个&把任务放入后台， *** 作系统会 并发1000个线程来处理 .

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