TILs相关代码使用说明readme

TILs相关代码使用说明readme 此文档用于介绍几个脚本的使用情况 1、组织分割

文件：wsss_wzz.zip
使用说明：

运行name_list.py获得数据的名字表格运行src/mask 获得需要的mask运行 src/test2.py

2、细胞核分割和识别——HoVer-net

运行脚本：run_tile_TCGA.sh
需要更改的地方：

--type_info_path=  分类信息，直接使用，与训练时所用到的信息一致
--model_path=   #模型路径
--input_dir=   #需要分割的patch地址
--output_dir=   #分割结果存放路径

其他参数在run_tile_TCGA.sh可查看，见名知意
注意：HoVer-net在处理大量数据时会存在遗漏的现象，也就是说部分数据将不被处理，需要反复查漏，进行多次处理

3、后处理过程

文件夹名：processing_cell_tissue
功能：

用于纠正HoVer-net错分类的细胞核

统计纠正后的类别数（淋巴细胞，肿瘤细胞，间质，其他类）

计算面积，肿瘤区域面积，间质区域面积

肿瘤里的淋巴数，间质里的淋巴数

运行脚本：Miss_post_process.py
需修改的地方：

WZZ_mask_path=' '#组织分割结果
Mat_path='  '#HoVer-net输出的mat文件
Img_path=' '#原始的patch,用于可视化
OUT_mat_path=' ' # 后处理输出的MAT路径
OUT_overlap_path=' '# 后处理的可视化结果
resize=2048 # patch的尺寸大小

f=open('Miss_40x_v2.txt','w') #为异常处理的日志文件，手动更改文件名字，用于记录程序处理异常的文件

4、统计信息提取

文件夹名：processing_cell_tissue
运行脚本：Statistics_info.py
需要更改的地方：

#可以同时提取一个或多个level的信息，这里提取了20倍下的和40倍下的文件信息，
Mat_path_x20_1=' '# 后处理输出的MAT文件
Mat_path_x40_1=' '#后处理输出的MAT文件

with open('TILS_V3.csv','w',newline='') as f:#TILS_V3为输出的文件名，手动更改

统计结果展示

IDPatch_numberzoomAll_connecAll_neoplaAll_otherMesenchyne_inflamTumor_inflamConnec_areaTumor_area132968447020x4949724808243945173886224822276188574892120053031120x547131720614847688564159781204165538216140366649140x72770110635867137277428202628420462542272