R绘制韦恩图 | Venn图

R绘制韦恩图 | Venn图

解决方案有好几种：

• 网页版，无脑绘图，就是麻烦，没有写代码方便
• 极简版，gplots::venn
• 文艺版，venneuler，不好安装rJava，参见Y叔
• 酷炫版，VennDiagram

特别注意：

目前主流的韦恩图都只支持5个类别，多了不能使用韦恩图。

UpSet某种程度上可以显示多于5个类别，但是结果不是很直观，不推荐。

library(ComplexHeatmap)

m = make_comb_mat(venn.list)

UpSet(m)

1. 网页版的就不说了，非常简单，直接输入数据就行；

R版的输入都是一种数据结构list，可以单独出来。

2. 极简版

options(repr.plot.width=4, repr.plot.height=5)

vp <- gplots::venn(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),

                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])))

3. 还没成功过，需安装rJava，代码如下：

set.seed(2017-11-08)

x <- matrix(sample(0:4, 40, TRUE, c(.5, .1, .1, .1, .1)), ncol=4)

colnames(x) <- LETTERS[1:4]

yyplot::ggvenn(x)

4. VennDiagram，只能保存图为文件（三种可选：tiff, png or svg），非常实用和美观，但是不能做下游美化。

library(VennDiagram)

venn.diagram(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),

                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])),

             fill=c("red","green","blue","yellow"), alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5),

             imagetype = "tiff", category.names = rep("", 4),

             height = 600, width = 600, resolution = 100,

             cex=2, cat.fontface=4, filename="VennDiagram.tiff")

　

参考：

R作图 在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图

ggplot2版本的维恩图 - Y叔公众号