聚类分析可分为Q型聚类和R型聚类，请问Q和R这两个字母的含义是什么，为什么叫Q和R而不叫其他的字母

在聚类分析中，通常将根据分类对象的不同分为Q型聚类分析和R型聚类分析两大类。

R型聚类分析是对变量进行分类处理，Q型聚类分析是对样本进行分类处理。

R型聚类分析的主要作用是：

1、不但可以了解个别变量之间的关系的亲疏程度，而且可以了解各个变量组合之间的亲疏程度。

2、根据变量的分类结果以及它们之间的关系，可以选择主要变量进行回归分析或Q型聚类分析。

Q型聚类分析的优点是：

1、可以综合利用多个变量的信息对样本进行分类；

2、分类结果是直观的，聚类谱系图非常清楚地表现其数值分类结果；

3、聚类分析所得到的结果比传统分类方法更细致、全面、合理。

扩展资料：

Q型聚类把所有观察对象按一定性质进行分类，使性质相近对象分在同一类，性质差异较大对象分到另一类。主要根据不同对象（如样本）之间距离远近（计算方法如欧几里得距离等）进行区分，近者分为一类，远者分成不同类。如把不同个体的人分成不同群体或类别，主要采用此聚类方法。

参考资料来源；百度百科-聚类分析法

q型聚类分析方案范围的两个方法。

1、个体间的相似程度（通过相关系数或等级相关系数）。

2、个体间的差异程度（通过距离来测量）。聚类分析是一种建立分类的多元统计分析方法，它能够将以批样本（或变量）数根据其诸多特征，按照在性质上的亲疏程度关系在没有先验知识的情况下进行自动分类，产生多个分类结果。类内部个体特征具有相似性，不同类间个体特征的差异较大。

你是在看教程学习还是实际应用

一般在实际应用中 已经没有R型和Q型的说法了, 不过教材中还会提到 分别是对个案进行聚类和 对变量进行聚类 由于对变量进行聚类一般是采用因子分析或者主成分分析了,所以很少会用聚类分析对变量进行聚类了

至于对个案聚类, 你只需要按照你的变量数据类型选择不同的度量标准就好,一般选择默认推荐的就可以了 另外系统聚类处理的数据必须是一个类型的 要么是全部分类的,要是是全部连续型的 ,不能是混合类型的

要出来树状图谱 你只要在绘制图形那个菜单进去 选择上面的树状图就好了

聚类分析是生信分析中常用的工具，在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起，以基因集的形式进行后续分析，今天我给大家介绍其相关原理。

聚类方法有很多，常用的有以下几个：

下图的例子展示的是，差异表达基因集的聚类热图。

多是基于R语言heatmap2函数绘制（gplots程序包），该函数默认使用的聚类方法是计算欧式距离（Euclidean Distance）进行层次聚类（Hierarchical Cluster）。

这个图的是什么意思呢？我们来解释一下。

首先，我们先明确下什么是欧式距离（Euclidean Distance）：

欧式距离，也称欧几里得距离，是衡量多维空间的两个点之间的绝对距离，

（1） 二维平面，两点a(x1,y1)，b(x2,y2) 欧式距离的计算公式为：

（2） 三维空间，欧式距离的计算公式为：

（3） n维空间，欧式距离的计算公式为：

那么，体现在基因表达量的矩阵上，则如下：

（1） 首行为样本名；

（2） 首列为基因名；

（3） 数字则为基因在相应样本中的表达量（一般使用标准化后的表达量矩阵）

Gene1与Gene2的欧式距离为：

Gene1与Gene3的欧式距离为：

Gene1与Gene4的欧式距离为：

计算出所有基因两两之间的欧式距离之后，就可以进行聚类啦：

Cluster之间的聚类，则有3种方法：

R语言中hclust函数的默认方法为最长距离法（complete-linkage）。

以上的聚类过程即称之为 层级聚类 。

层级聚类一般伴随着 系统聚类图 ，系统聚类图分支的长短也体现Cluster形成的早晚，分支越短，形成的越早，基因表达模式也越相近。

聚类分析将基因划分为不同的基因集合，用于反映不同实验条件下样品差异表达基因的变化模式。

功能相关的基因在相同条件下通常具有相似的表达模式，例如被共同的转录因子调控的基因，或其产物构成同一个蛋白复合体的基因，或参与相同生物学过程的基因。对这些基因集进行分析往往可以获得比单基因分析更为可靠的结果。

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