DNAsp的具体使用说明,特别是Fst值得计算,h,Nm,AMOVA,现在急着用啊。。。。

DNAsp的具体使用说明,特别是Fst值得计算,h,Nm,AMOVA,现在急着用啊。。。。,第1张

打开DnaSP软件,File——Open Data File 载入aln比对好的数据(需要注意把文件后缀名改为.fas);

Data——Format分别点Autosome和Haploid等;

选择Analysis——Fu and Li*

如果要计算window,修改window length和step size,

点击ok即可完成计算每个群体需要单独文件分别计算.

值得注意的是DNAsp不能计算单个位点的值,在window的计算上如果要和染色体位置吻合,则输入的序列就是全染色体序列(即包括没有多态性的全部位点),这样对于大物种来说就很麻烦。

RAPD技术是建立在PCR技术的基础上,它用一系列(通常数百个)不同的随机排列碱基序列的寡核苷酸单链(一般为10个bp)作为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。模板DNA经90—94变性 解链后在较低温度(36~37℃)下退火,这时形成的单链模板会有许多位点与引物互补配对,在 72℃下,通过链延伸,形成双链结构,完成DNA合成。重复上述过程,即可产生片段大小不等的扩增产物,通过电泳分离和显色便可得到许多不同的条带,从中 筛选出特征性条带。扩增产物片段的多态性反映了基因组DNA的多态性。如果基因组在这些区域内发生DNA片段插入、缺失或碱基突变就可能导致这些特定结合 位点的分布发生相应的变化,而使PCR产物增加、缺少或发生分子量的改变。因此,通过对PCR产物的检测即可测出基因组DNA在这些区域的多态性。进行 RAPD分析时,可用引物的数量很大,虽然对每个引物而言,其检测基因组DNA多态性的区域是有限的,但是利用一系列引物则可以使检测区域几乎覆盖整个基 因组。因此,RAPD可以对整个基因组DNA进行多态性检测。

RAPD技术的优点:

①不使用同位素,减少了对工作人员健康的危害;

②可以在物种没有任何分子生物学研究 的情况下分析其DNA多态性;

③对模板 DNA的纯度要求不高;

④技术简单,无需克隆DNA探针,无需进行分子杂交;

⑤灵敏度高,可提供丰富的多态性;

⑥RAPD引物没有严格的种属界限,同一套 引物可以应用于任何一种生物的研究,因而具有广泛性、通用性。

但是,RAPD技术较易受到各种因素的影响。无论是模板的质量和浓度,短的引物序列,PCR的循环次数,基因组DNA的复杂性,技术设备等,都有可 能是RAPD技术重复性差的直接原因。目前,多从以下几个方面来提高反应的稳定性:

① *** 作规范,反应体系的组成要力求一致,尽可能地使RAPD反应标准 化;

②提高扩增片段的分辨率;

③将RAPD标记转化为SCAR标记后再进行常规的PCR分析,可以提高反应的稳定性及可靠性。

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