Miniconda使用体验

生信入门的第一步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。

根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。

安装简单，只需要在服务器上运行即可

此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。

注：如果安装后不想在终端前显示（base）

conda install fastqc(软件名)

which fastqc 查看软件安装位置

conda list 可以查看已安装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。

星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ，输入：

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[ https://anaconda.org/bioconda/cutadapt ]

里面会告诉应该使用什么命令~

安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。

conda config --add channels

查看已经添加的channels

conda config --get channels

conda config --remove channels

conda update conda

conda remove 软件名

source activate 软件名 #把目录添加进环境变量

source deactivate #从环境变量里面 删去

conda info -e

例子：

安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用 pip 进行安装，不过需要的Python3的环境，利用 conda 进行安装：

试试 snakemake -h 看看安装成功没有？

但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安装。

参考：

用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ http://www.bio-info-trainee.com/1906.html] ；

http://www.biotrainee.com/thread-838-1-1.html 。

这里一路点击确定yes，并且需要记录conda的安装路径

最后询问是不是要初始化miniconda的时候，选择no

加入miniconda3的安装目录作为环境变量，这里就是上步我截图那个地址

有一位up主说的很有道理，我引用他的话 “跟家里的电视机是一样一样的，安装conda就相当于买了一台电视机，但是有电视了不意味着你就能看节目了，你要手动添加频道才能看你想看的电视节目 conda的安装与使用（2021-04-27更新） - (jianshu.com) ”

希望可以帮助大家！

conda的安装与使用（2021-04-27更新） - (jianshu.com)

Linux系统下conda的安装与使用_怀里的折耳猫的博客-CSDN博客

一、安装miniconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A ，在这个网站里找链接。

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda-3.0.4-Linux-x86_64.sh

这个版本比较早14年的。

但是发现之前用所里的conda建立的环境打不开了。而且create都不行。。。完全不能用啊。

二、还是安装升级版的anaconda吧。

在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 查找版本

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

安装到了/data/zds209/anaconda3这个文件夹下。

三、用自己的conda建立自己的虚拟环境

conda create -n R_4.0 python=3.8.3

注意的是一开始报了个错：

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

在.condarc 文件里如下调整：添加了一些源，把之前的缘给#注释掉。

四、升级conda

conda upgrade -n base -c defaults --override-channels conda

升级后为 conda4.13.0

五、用conda安装R

输入 conda install r-base=4.0 ，跑了十来分钟，突然跳出一个可怕提示，然后就没了。这是系统发现有个占内存太多的运行，给我灭了。。

折腾折腾这么多天conda，学习虚拟环境，都是为了在linux里面安装R。。。。。快崩溃了。我去求助信息中心大神同事去吧。。真挫败。

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