linux服务器安装R语言及Rstudio server

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server

cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no

configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

6.安装

make

make install

安装成功！

R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。

q() ##退出R编辑

7.安装R-studio-server

wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

yum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm

8.R-studio-server的一些命令

rstudio-server start ##启动 rstudio

rstudio-server stop ## 关闭rstudio

rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态

运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动

rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误

rstudio-server restart ##重启

ifconfig ##查看服务器ip地址。

查看运行中R进程

rstudio-server active-sessions

指定PID，停止运行中的R进程

rstudio-server suspend-session <pid>

停止所有运行中的R进程

rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行

rstudio-server force-suspend-session <pid>

rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示

rstudio-server offline

RStudio Server临时上线

rstudio-server online

8.rstudio-server系统设置

主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改）

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

vi /etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改

www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0

rstudio-server restart

vi /etc/rstudio/rsession.conf

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库

rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。

9.通过浏览器连接Rstudio-server

直接打开浏览器，输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。

这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：

（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录

（2）.用户的认证可以使用RSA。

如果没有普通用户，可以添加：

useradd newname # 添加一个名为newname的用户

passwd newname###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。

usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，

在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的， 也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。

10可能存在的问题

10.1如果你的rstudio-server没有启动 很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来

rstudio-server verify-installation

There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that

it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did not

configure with --enable-R-shlib.

这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib.

这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1".

使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。 同时使用这两个参数要小心。

10.2 普通用户无法启动rstudio-server

sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令

这时会需要输入密码并提示

xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported.

如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。

su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。

chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限

vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。

找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名)

youuserALL=(ALL)ALL

%youuser ALL=(ALL)ALL

youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL

%youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL

chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

R更新速度较快，最新的稳定版本并不总是在Ubuntu的软件库，所以我们将开始通过添加由CRAN维护的外部软件库：我们使用下面的key，可以确保来源是从CRAN在其自己网络服务器，确保来源的安全性。

    sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9  

输出如下：

    E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9  

    gpg: requesting key E084DAB9 from hkp server keyserver.ubuntu.com  

    gpg: key E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported  

    gpg: Total number processed: 1  

    gpg:               imported: 1  (RSA: 1)  

添加软件库来源：

    sudo apt-get update  

输出结果：

    . . .  

    Get:6 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease [3,590 B]  

    Get:7 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages [31.5 kB]  

    . . .

如果上面的行出现在update命令的输出中，我们已经成功添加了软件库。 这样的话就可以确保我们安装最新的版本。

现在我们开始准备安装R。

  sudo apt-get install r-base

如果报错可以使用下面语句重新安装即可解决问题。

 sudo apt install r-base-core

在写这篇文章的时候，CRAN的最新稳定版本是在3.3.2，这是打开使用R时，这些信息都会显示出来的.由于我们计划该系统的所有用户都可以使用R，我们将以root用户启动R，以便自动供所有用户使用。

启动 R。

    sudo -i R  

  输出结果：

    R version 3.3.2 (2016-10-31) -- "Sincere Pumpkin Patch"  

    Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing  

    Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)  

    R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.  

    You are welcome to redistribute it under certain conditions.  

    Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.  

      Natural language support but running in an English locale  

    R is a collaborative project with many contributors.  

    Type 'contributors()' for more information and  

    'citation()' on how to cite R or R packages in publications.  

    Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or  

    'help.start()' for an HTML browser interface to help.  

    Type 'q()' to quit R.

这就代表我们已经成功装好R。

从CRAN( https://cran.r-project.org/ ) 安装第三方包的方法：

从bioconductor( http://www.bioconductor.org/ ) 安装第三方包的方法：

直接从Github( https://github.com/ ) 上直接安装第三方包的方法：

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