R包——maftools 可视化神器

随着癌症基因组学的进步，突变注释格式（MAF）被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测序，每种癌症类型的样本量超过200种。由体细胞变体组成的结果数据以MAF格式形式存储。 只要数据采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件.

使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件，可以使用 vcf2maf 进行格式转换.

maf文件包含的内容：

注： 安装过程特别麻烦，按了好几天，R版本要求3.3以上，也不要使用最新版本，可能有的包新版本还没同步 。我使用的是：

annovarToMaf函数说明

Converts variant annotations from Annovar into a basic MAF.将annovar格式转换为maf格式

| 参数 |详细解释 |

| annovar | input annovar annotation file.|

| Center | Center field in MAF file will be filled with this value. Default NA.（MAF文件中的中心字段将填充此值。 默认NA）|

| refBuild | NCBI_Build field in MAF file will be filled with this value. Default hg19.（MAF文件中的NCBI_Build字段将填充此值。 默认hg19）|

| tsbCol | column name containing Tumor_Sample_Barcode or sample names in input file.（列名包含Tumor_Sample_Barcode或输入文件中的示例名称） |

| table | reference table used for gene-based annotations. Can be 'ensGene' or 'refGene'. Default 'refGene'（用于基于基因的注释的参考表。 可以是'ensGene'或'refGene'。 默认'refGene)|

| basename | If provided writes resulting MAF file to an output file. （将结果MAF文件写入输出文件）|

| sep | field seperator for input file. Default tab seperated.|

| MAFobj | If TRUE, returns results as an [MAF](http://127.0.0.1:37698/help/library/maftools/help/MAF object.|

| sampleAnno | annotations associated with each sample/Tumor_Sample_Barcode in input annovar file. If provided it will be included in MAF object. Could be a text file or a data.frame. Ideally annotation would contain clinical data, survival information and other necessary features associated with samples. Default NULL.（与输入annovar文件中的每个样本/ Tumor_Sample_Barcode相关联的注释。 如果提供，它将包含在MAF对象中。 可以是文本文件或data.frame。 理想情况下，注释将包含临床数据，生存信息和与样本相关的其他必要特征。 默认为NULL）|

然后用linux处理掉那些无义突变，也可以在后续设置参数去掉无义突变

Takes tab delimited MAF (can be plain text or gz compressed) file as an input and summarizes it in various ways. Also creates oncomatrix - helpful for visualization.

该文件将每个样本中的变体数显示为堆积条形图，将变体类型显示为Variant_Classification汇总的箱形图。 我们可以在堆积的条形图中添加平均线或中线，以显示整个群组中变体的平均值/中值数

Plots maf summary.

Oncoplot函数使用“ComplexHeatmap”来绘制oncoplots2。 具体来说，oncoplot是ComplexHeatmap的OncoPrint功能的包装器，几乎没有任何修改和自动化，使绘图更容易。 侧面条形图和顶部条形图可分别由drawRowBar和drawColBar参数控制。

top的值需要视情况而定

takes output generated by read.maf and draws an oncoplot

通过包括与样本相关的注释（临床特征），改变变体分类的颜色并包括显着性的q值（从MutSig或类似程序生成），可以进一步改善Oncoplots。

[图片上传失败...(image-fc6334-1536734778754)]

使用oncostrip函数可视化任何一组基因，它们在每个样本中绘制类似于cBioPortal上的OncoPrinter工具的突变。 oncostrip可用于使用top或gene参数绘制任意数量的基因

titv函数将SNP分类为 Transitions_vs_Transversions ，并以各种方式返回汇总表的列表。 汇总数据也可以显示为一个箱线图，显示六种不同转换的总体分布，并作为堆积条形图显示每个样本中的转换比例。

takes output generated by read.maf and classifies Single Nucleotide Variants into Transitions and Transversions.

棒棒糖图是简单且最有效的方式，显示蛋白质结构上的突变点。许多致癌基因具有比任何其他基因座更频繁突变的优先位点。这些斑点被认为是突变热点，棒棒糖图可以用于显示它们以及其他突变。我们可以使用函数lollipopPlot绘制这样的图。这个功能要求我们在maf文件中有氨基酸改变信息。然而，MAF文件没有关于命名氨基酸变化字段的明确指南，不同的研究具有不同的氨基酸变化的字段（或列）名称。默认情况下，lollipopPlot查找列AAChange，如果在MAF文件中找不到它，则会打印所有可用字段并显示警告消息。对于以下示例，MAF文件包含字段/列名称“Protein_Change”下的氨基酸变化。我们将使用参数AACol手动指定它。此函数还将绘图作为ggplot对象返回，如果需要，用户稍后可以修改该对象。

maftools还可以制作很多图，比如

还可以用函数geneCloud绘制突变基因的词云图。 每个基因的大小与其突变/改变的样品总数成比例。

癌症中的许多引起疾病的基因共同发生或在其突变模式中显示出强烈的排他性。 可以使用somaticInteractions函数检测这种相互排斥或共同发生的基因组，其执行成对的Fisher's Exact检验以检测这种显着的基因对。 somaticInteractions函数还使用cometExactTest来识别涉及>2个基因的潜在改变的基因集

maftools包 功能很强大，具体可参考：

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html

问题一：论文里面的注释应该怎么写 是这样的：

比如你参考了某篇论文中的一段话，则在将鼠标光标点在这段话的末尾处，然后点击工具栏里的“插入”――“脚注和尾注”（可能在“引用”里面，视电脑而定）――确定。

这样，在你引用的那段话的末尾，即有了一个小小的编号，光标会自动跳到页末，那里出现了一个小五号字的脚注栏，你可以在里面输入被引用文章的详细具体信息。在你写文章的过程中，脚注尾注会自动调整顺序编号，并跟随正文移动，所以你不用担心会对不上。并且，你将鼠标移到正文中注解处那些小数字上的时候，还会出来一个小框，出现你脚注中的内容。你可以试一下。

至于格式，就是：

作者，《XXXX》，出版社，出版年份，引文页码

其实注释除了引文以外，还可以有别的，比如你在文中提及某条法条，可以将法条的具体内容写在注释里。

总之，你有什么想要添加说明，而有觉得直功添加对正文的连贯性无益的，都可以加入注释中。

至于参考文献，则是要放在整篇文章末尾的。格式和引文注释相同。

问题二：论文文档（word）中的注释如何添加 一般大家的的论文都是在Word文档中完成的。论文中常常有需要注释的句段，这个注释一般是通过设置Word中的页脚来完成的。可是大家都知道，一般情况下，，先不要急着设置文档的页眉页脚，将光标定位在需要设置注释的页的末尾，“插入”--“分隔符”--“下一页”；2，页眉页脚编辑状态下，在需要添加注释的页的页尾添加注释；3，从“页眉与页脚”工具栏中点击“显示下一项”按钮，跳转到下一节的页脚处。这时的页脚处已与前一页脚有所不同，右上角多出了一个“与上一节相同”的字样。点击“页眉与页脚”工具栏中的“链接到前一个”按钮，常断这一节与前一节的页脚内容联系。这时候可以输入新的注释内容或保持页脚空白。

问题三：论文中注释怎么打？ 你把光标放在需要插入脚注的文字后面（比如对某个字或某段话说明来源时候，就把光标放在这段话后），再菜单栏选择“插入――引用――脚注和尾注”，在按菜单提示点确定，在出现的脚注处输入文字就OK了

你在页脚中加入，因为页脚是按全节来的，你文章没分节，自然就是全文都有。关于页眉页脚如果有什么不清楚，也可以问我

问题四：Word写论文时如何添加注释 你先在第一页页脚加激注释,然后在第2页的第一行加入分隔符,选连续的那个分隔符,再取消链接到前一条页眉,再将第2小节的页脚删除即可

问题五：论文注释怎么弄 参考文献加标注一般是在引用文字的末尾点击插入引用――脚注和尾注，选择尾注就可以了，参考文献应该属于尾注，在菜单里选“插入---引用----脚注和尾注”，脚注是在文章的某一页下面的注解，而尾注就是在文章最后了，打开后就可以选编码，即角码。可以自己设定类型、格式。双击编码就可以在文章和参考文献间转换。

在英文输入法状态下输入[1],选中[1].按ctrl+shift++号键

把光标放在引用参考文献的地方，在菜单栏上选“插入｜脚注和尾注”，d出的对话框中选择“尾注”，点击“选项”按钮修改编号格式为 *** 数字，位置为“文档结尾”，确定后Word就在光标的地方插入了参考文献的编号，并自动跳到文档尾部相应编号处请你键入参考文献的说明，在这里按参考文献著录表的格式添加相应文献。参考文献标注要求用中括号把编号括起来，至今我也没找到让Word自动加中括号的方法，需要手动添加中括号。 在文档中需要多次引用同一文献时，在第一次引用此文献时需要制作尾注，再次引用此文献时点“插入｜交叉引用”，“引用类型”选“尾注”，引用内容为“尾注编号（带格式）”，然后选择相应的文献，插入即可。不要以为已经搞定了，我们离成功还差一步。论文格式要求参考文献在正文之后，参考文献后还有发表论文情况说明、附录和致谢，而Word的尾注要么在文档的结尾，要么在“节”的结尾，这两种都不符合我们的要求。解决的方法似乎有点笨拙。首先删除尾注文本中所有的编号（我们不需要它，因为它的格式不对），然后选中所有尾注文本（参考文献说明文本），点“插入｜书签”，命名为“参考文献文本”，添加到书签中。这样就把所有的参考文献文本做成了书签。在正文后新建一页，标题为“参考文献”，并设置好格式。光标移到标题下，选“插入｜交叉引用”，“引用类型”为“书签”，点“参考文献文本”后插入，这样就把参考文献文本复制了一份。选中刚刚插入的文本，按格式要求修改字体字号等，并用项目编号进行自动编号。到这里，我们离完美还差一点点。打印文档时，尾注页同样会打印出来，而这几页是我们不需要的。当然，可以通过设置打印页码范围的方法不打印最后几页。这里有另外一种方法，如果你想多学一点东西，请接着往下看。选中所有的尾注文本，点“格式｜字体”，改为“隐藏文字”，切换到普通视图，选择“视图｜脚注”，此时所有的尾注出现在窗口的下端，在“尾注”下拉列表框中选择“尾注分割符”，将默认的横线删除。同样的方法删除“尾注延续分割符”和“尾注延续标记”。删除页眉和页脚（包括分隔线），选择“视图｜页眉和页脚”，首先删除文字，然后点击页眉页脚工具栏的“页面设置”按钮，在d出的对话框上点“边框”，在“页面边框”选项卡，边框设置为“无”，应用范围为“本节”；“边框”选项卡的边框设置为“无”，应用范围为“段落”。切换到“页脚”，删除页码。选择“工具｜选项”，在“打印”选项卡里确认不打印隐藏文字（Word默认）。

参考文献格式：

作者.题名[D].所在城市:保存单位,发布年份.

李琳.住院烧伤患者综合健康状况及其影响因素研究[D].福州:福建医科大学,2009.

其他的：

作者.题名[J].刊名,年,卷(期):起止页码.

沈平,彭湘粤,黎晓静,等.临床路径应用于婴幼儿呼吸道异物手术后的效果[J].中华护理杂志,2012,47(10):930-932.

作者.书名[M]. 版次.出版地:出版者,出版年:起止页码.

胡雁.护理研究[M].第4版.北京:人民卫生出版社,2012:38.

作者.题名[N].报纸名,出版日期(版次).

丁文祥.数字革命与国际......>>

问题六：在论文中有的话是在网上查的,怎么添加脚注 论点是议论文的灵魂，分论点是支撑起这个灵魂的骨架，而论据是议论文的血肉。一个人要丰满多彩，光有灵魂和骨架，没有血肉是不可想象的。同样一篇议论文只有中心论点和分论点是不能称为文章的，它还必须有典型而鲜活的论据。

典型的论据是指能充分反映事物本质，具有代表性的事例与名言。它首先要求真实，切合题旨。其次，选用的论据要弃旧用新，要厚今薄古。有些同学作文，记住几个经典论据，如司马迁、居里夫人、张海迪，变换着角度使用，把它们当做万花油。其实，这些论据就算典型，也不能引人注目。相反，选取人无我有、人有我新的论据说理，使阅卷者在阅读时产生新鲜感，效果会更好。另外，有些同学习惯用古代事例阐述事理，整篇文章未能联系实际，无时代的活水，也不能达到充分说理的目的。最好能引述时尚言论和当前媒体普遍关注的事例辅助说理，加强说理的针对性、时代感，使文章更具说服力。

问题七：word添加论文引用标注 论文怎么加标注 今天我们来看看论文注释怎么弄。注意以下方法适合大部分毕业论文，但是有些学校的要求会略有不同，不要生搬硬套。论文注释按照注释放置的位置可以分为当页页下注和参考文献。当页页下注就是在论文的当也下面对文中提到的资料进行注释，而参考文献就是放在论文的最后，单独作为一个板块。我们分两部分来说明这两种注释怎么弄。word2007，如果你的word是2003或者更低版本，同样适合此经验，但是有些功能不太容易找到当页下注怎么弄知道你需要在哪里写注释：你的论文中用到了某一个资料中的某一个观点你的论文中出现了一个术语来自某个文献某个并不太熟悉但是很重要人物等等。这些情况都需要你进行注释。在需要注释的位置输入一个脚注，方法是点击引用，然后找到插入脚注。我们选择插入脚注。这时候我们的光标自动跳转到了页脚，这里就是我们插入脚注的地方。我们看到在正文和页脚都多了一个小1这是脚注的序号。如果你觉得脚注序号的格式不对，你需要点击这个位置，脚注对话框。然后选择编号格式。点击右边的小三角可以看到有很多格式可以选择，根据论文的格式要求进行选择。知道了怎样添加脚注还要知道脚注的书写格式。

问题八：怎么在word文章中加注解？ 将光标移至需要加注释的文本后面，用“插入→脚注或尾注”命令，打开“脚注或尾注”对话框，适当设置后确定，则光标移至该页文本的左下方，输入注释文本，则在上述文本后面出现一个数字序号，光标移至该序号处，注释文本即显示出来（不过该注释浮本会显示在文档下方，并能打印出来）

问题九：论文脚注怎么加？ “插入”菜单中，指向“引用”，再单击“脚注”。

单击“脚注”或“尾注”。

选择是创建自定义标记还是使用自定义标记的符号，请执行下列 *** 作之一：

在“自定义标记”框里，输入一个标记。

单击“符号”来插入一个内置符号。

单击“插入”。

注意 也可用快捷键插入脚注和尾注，而无须使用“脚注”命令。根据以上步骤，选定编号格式和其他选项，然后用快捷键顺序插入脚注和尾注。若要更改编号格式，则可再次使用“脚注”命令。

不能用快捷键插入自定义脚注或尾注。

按 Ctrl+Alt+F 插入脚注。

按 Ctrl+Alt+D 插入尾注。

你插入之后下面就有横线与正文分开了，

注号也有了。你试试吧。

问题十：怎么用WPS添加论文注释的小标号 在Word中需要对注释自动标号的： 这样选择可以自动编号，比如修改文章时可在注释“3”和“4”之间再插入一个注释，则“4”会自动变为“5”，无须手动修改。

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