2、然后使用ggplot2可视化,提取不同记录的PC1-PC8数值,即点的横纵坐标值就能得到两个椭圆。
在SIMCA中,要在PCA图中添加置信椭圆,可以按照以下步骤 *** 作:打开SIMCA软件并载入数据,进行PCA分析。
在PCA图窗口中,选择“Scores”或“Loadings”选项卡,分别查看得分图或载荷图。
在“Scores”或“Loadings”选项卡上方的工具栏中,找到“Ellipse”图标,点击打开“Ellipse Setup”窗口。
在“Ellipse Setup”窗口中,选择需要添加置信椭圆的分组,可以选择“Groups”中已有的分组,也可以创建新的分组。
在“Ellipse Setup”窗口中,设置置信椭圆的参数,包括置信水平、椭圆线条颜色、线条宽度等等。
点击“Apply”或“OK”按钮,保存设置并关闭“Ellipse Setup”窗口。
在PCA图窗口中,可以看到添加了置信椭圆的得分图或载荷图。
需要注意的是,添加置信椭圆需要保证数据已经进行标准化处理,并且需要有已知的类别信息,才能将样本分组并在不同组之间绘制置信椭圆。
使用R语言为PCA散点图加置信区间的方法,我知道的有三种,分别是使用ggplot2,ggord,ggfortify三个包去绘制。后面两个R包是基于ggplot2的快捷返方法。
现在拿一组数据集为例,使用先R中的prcomp()基础函数完成主成分分析
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