发迹海外
郑芝龙其先世居固始县(今河南省固始县)，明·万历三十二年（1604年），郑芝龙出生在南安石井一个小官吏家庭，原名一官，字飞黄，后改芝龙。
郑一官十七岁时，因家庭生计艰难，偕其弟芝虎、芝豹赴当时中外贸易中心地点之一的广东香山澳（澳门）依舅父黄程。郑一官在商业竞争和利益角逐中施展自己的智慧和才干，学会经商贸易，到过马尼拉，并学会了卢西塔语和葡萄牙文。在与葡萄牙人打交道中，受其影响，接受天主教洗礼，取教名贾斯帕，另名尼古拉，外国人称他尼古拉·一官。郑一官从事商业活动和对外贸易，后寄身李旦门下，帮助李旦做生意，成为当时最有势力的海商李旦的部下，并“以父事之”。李旦资本雄厚，拥有一支船队，专门从事海外贸易，是当地华侨的首领。李旦觉得一官能干可靠，“抚为义子”，交给一部分资产和船只让他到越南做生意，获大利。不数年，郑一官成为巨贾，常往来中国、日本间，居日华侨，咸推重之。
郑一官还热心学习剑术，认识了“为邑主锻刀剑”起家的“泉州冶工翁姓者。” 郑一官以领袖华侨之资格，晋谒已退隐的前幕府将军德川秀忠于骏府(今静冈县)献药品，秀忠亲问以中国事，大喜，命招待于长崎宾馆，赐赉优渥。郑一官受幕府召见，日本人视为光荣显赫人物，自是地方豪贵常从交游，称为“老一官”。
平户藩为当时日本对外贸易中心，各国商船云集。由于郑一官熟悉海外事情，又善外交，为日本政府所重视，初召后“屡访藩士家”。后迁肥前国平户，受到当地诸侯松浦氏优遇，松浦氏为其在平户附近的河内浦千里滨(即今长崎县松浦郡千里滨)赐宅地建新居，并介绍平户藩之家臣田川昱皇之女田川松缔婚。
田川昱皇即翁昱皇，是中国迁平户的侨民（一说是泉州驻日本的海商），在日本为田川氏。田川松日本人，系翁昱皇养女，故又称翁氏。田川氏，年方十七，性端淑。成婚翌年，以明·天启四年(1624年)，岁在甲子古历七月十四日辰时，田川氏出游千里滨，拾文贝，俄将分娩，未及回家，乃依滨内巨石以诞，是为长子郑森（幼名福松，后名成功）。此石呼为儿诞石，至今仍立“郑成功儿诞石”纪念碑。1629年生次子七左卫门。
亦商亦盗
郑芝龙17世纪上半叶，荷兰人已是西方海洋经济世界的“超级大国”，他们的军事和商业复合体“东印度公司”到处拦截葡萄牙、西班牙商船，攻占伊比利亚人的海外要塞、商馆，在日本平户建立商馆，在巴达维亚（今雅加达）建立大本营。1622年荷兰人占领澎湖，李旦居中斡旋，说服荷兰人退出，转移台湾。
郑一官个性不能安分守己。明·天启四年（1624年）1月底，郑一官离开田川氏和还没有出生的儿子，被李旦派到澎湖，担任荷兰人的通事（翻译）。但荷兰人这时正与明军进行军事对峙，双方没有交往，中国商人也不可能与荷兰人交易，故郑一官的通事派不上用场。荷兰占领澎湖舰队司令雷约兹在1624年2月20日发给东印度公司总督德卡本特的信说：“等候好多时的帆船<好望号>于1月21日由日本出航，月底到达此地。…我们接纳了来自日本的一名通事，虽然给予优厚待遇，但目前对我们没有什么用处。”
不过，荷兰人 为了垄断对日贸易，指使一些中国船只在中国沿海掠夺，郑一官也是和荷兰人合作的海贼之一，为荷兰人执行在台湾海峡上截击前去马尼拉的中国帆船的海盗任务。后来担任荷兰第二任台湾长官的德韦特，这 郑芝龙时正在澎湖服务，他在一封信中写到：“经过雷约兹司令的批准，我们每天都期望能够在这里集中二、三十艘中国帆船，通事一官被派往北方去截击于俘获一些船只”。
同年夏秋之交，荷兰人在明军的压力下撤出澎湖，转移到台湾大员（今台南安平），在台湾建筑“热兰遮”和“赤嵌城”两个要塞，侵占了台湾南部地区。同年荷兰、西班牙两个殖民主义国家为了争夺台湾的统治权，发生战争，荷兰得胜，独占了整个台湾 ，这是历史上台湾第一次为外国人占领。
在随荷兰人在大员（今台南安平）立定足跟以后不久，郑一官就奉荷兰人之命率领几艘中国帆船袭击前去马尼拉与西班牙人通商的中国船只，直到第二年（1625年）的3月20日才回到大员。
明·天启五年（1625年）四、五月间，也许是在荷兰人手下没有太多的发展，或因奉义父李旦之命，郑一官离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。1625年4月底，他已经带着手下活跃在台湾海峡了。一名荷兰船长曾经给第一任台湾长官宋克写信说：“（4月）27日，星期天，…突然首领一官，作为代表，后面跟着手执刀剑的铳手七、八名，向我们寒暄。”
两个月后，身为日本长崎、平户侨领的李旦向宋克长官请领了出航许可证，在7月3日从大员启程回到平户，但一个多月后的8月12日，就在平户去世了。李旦死后，他在台湾的产业和事业都归郑一官所有，为郑一官合并当时台湾既有的其他汉人武装势力（主要在今云林北港地区），及从大陆招收新的势力到台，创造了条件。
历史回顾
颜思齐（1589～1625年），字振泉，漳州海澄县人。生性豪爽，仗义疏财，身材魁梧，精熟武艺。明·万历四十年（1612年），颜思齐遭官家欺辱，怒杀其仆，逃亡日本，以裁缝为业，兼营中日间海上贸易，数年后渐富。其间，颜思齐与经常到长崎贸易的晋江船主杨天生结下深交，结识了一批流寓日本从事海外冒险的闽南人。由于他广结豪杰，遐迩闻名，日本平户当局任命他为甲螺（头目）。
明·天启四年（1624年），颜思齐等因不满日本德川幕府的统治，密谋起事造反，参与日本人民的反抗斗争。农历六月十五日，颜思齐与杨天生、陈衷纪（海澄人）、郑一官等二十八人拜盟为兄弟，众推颜思齐为盟主。不幸事泄，幕府遣兵搜捕，颜思齐率众仓惶分乘十三艘船出逃。驶至九洲西海岸的外岛洲仔尾，陈衷纪建言：“吾闻琉球（台湾旧称）为海上荒岛，势控东南，地肥饶可霸，今当先取其地，然后侵略四方，则扶余之业可成也。”
农历八月二十三日，颜思齐率船队抵台湾，在笨港（今北港）靠岸，乃率众伐木辟土，构筑寮寨。与此同时，派杨天生率船队赴漳、泉故里招募移民，前后计三千余众。颜思齐将垦民分成十寨，发给银两和耕牛、农具等，开始了台湾最早的大规模拓垦活动。同时组织海上捕鱼和岛上捕猎，发展山海经济，以解决移民生产和生活的物质需要。
称雄台湾
明· 崇祯皇帝天启五年（1625年）九月，颜思齐和部众到诸罗山捕猎，豪饮暴食，不幸染伤寒病。数日后竟一病不起，英年早逝，年仅三十七岁，葬于今嘉义县水上乡与中埔乡交界处的尖山山巅。颜思齐临终，召众人告之：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”颜思齐故后， 十二月，众推郑一官为盟主，继统其业，树旗招兵，下设参谋、总监军、督运监守、左右谋士等，代统一寨众目，建立了初具规模的郑氏地方统治政权。
郑一官自立门户后，从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等部将。他将部下分为十八先锋，结为“十八芝”， 并从此改名为“芝龙”，而不再称“一官”。郑芝龙继续拓垦大业，势力不断壮大，成为当时海上最大的武装集团。“凡我内地之虚实，了然于胸。加以岁月招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万……礼贤而上（尚）士，劫富而施贫，来者不拒，而去者不追。”（江日升：《台湾外纪·卷一》）
明·天启六至七年（1626～1627年），闽南发生严重旱灾，遍野赤土，许多村落连草根树皮都被吃尽。阴历二月，郑芝龙利用此机会，自率船队袭击福建漳浦，劫掠金门、中左所（今厦门）和广东靖海、甲子等地，不久又回师福建，再犯厦门，袭铜山（东山），陷旧镇，击败金门游击卢毓英、福建总兵官俞咨皋的进剿，纵横东南海上，声势所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何。奔袭中，郑芝龙等还招抚了泉州饥民数万人赴台拓垦，沿海饥民及无业者竞往投靠。这一仗郑芝龙打败官兵和许心素，使厦门从此成为郑氏的地盘，势力日益强盛，官兵不能敌，也代表着泉州帮势力的兴起。
接受招安
荷兰人还不能统治环中国海。其原因是：东方海洋经济世界不是权力的空白。明朝官方从海洋退缩，海商和海盗成为海上的统治者。郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。
天启七年（1627年），明廷起用曾经担任泉州知府的蔡善继任泉州巡海道，对郑芝龙进行招抚。郑芝龙率众到了泉州，见到了蔡善继。郑芝龙之弟郑芝虎、郑芝豹在会见后，认为朝廷没有诚意，于是鼓动郑芝龙等马上离开泉州，重新过起海上称雄的生活。
由于郑芝龙集团力量的大幅度发展，对荷兰殖民者也造成很大威胁，荷兰船只一在中国海露面，就为郑芝龙集团截获，为此，天启七年（1627年）还发生一场驻台荷军与郑军的战争，结果荷军败北。
崇祯皇帝即位后，立即又于崇祯元年(1628年)七月招抚郑芝龙。郑芝龙表示以“剪除夷寇、剿平诸盗”为己任，九月就抚于福建巡抚熊文灿，率部降明，诏授海防游击，任“五虎游击将军”，离开他多年经营的海上贸易根据地台湾，坐镇闽海。此时，郑芝龙有部众3万余人，船只千余艘。
明·崇祯元年(1628年)，闽南又遭大旱，饥民甚众。郑芝龙在熊文灿支持下，再度招纳漳、泉灾民数万人，“人给银三两，三人给牛一头”，用海船运到台湾垦荒定居。在台湾历史上，郑芝龙是组织大规模移民的第一人。
明·崇祯三年（1630年）季春，郑芝龙在晋江安海镇建置豪华府地，历时3年又2个月告峻。安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点和海上贸易基地。据清·《嘉庆·赤店乡土志》载：郑府位于安平桥以北，西从西埭抵西港，北达西垵头，南临安平桥头，直通五港口岸，占地138亩。 主构为歇山式五开间十三架，三通门双火巷五进院落。两旁翼堂、楼阁，亭榭互对，环列为屏障。东有“敦仁阁”，西有“泰运楼”，前厅为“天主堂”，中厅为“孝思堂”，规模宏耸。大厝背后辟有“致远园”，周以墙为护，疏以丘壑、亭台、精舍、池沼、小桥、曲径、佳木、奇花异草。 迄清·顺治十二年（1655年），郑成功毁家复明，自焚宅第。
靖海扬威
郑芝龙受明朝招抚后，原先与他一起出生入死的刘香一股势力心有不甘，拉到广东，继续其海上劫掠营生。刘香势力与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。刘香势力在广东崛 《郑成功和郑芝龙之画像》起后，台湾海峡又转趋不平静。新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙势欲扫除刘香。而在此之前，原为郑芝龙旧部的李魁启和钟斌也先后叛离，但都遭到郑芝龙扫除，刘香成了他原先一起结伙的海寇中最后的对头，也是最难应付的一股势力。
1632年12月4日，郑芝龙与刘香的船队在福州附近遭遇，发生血战，从早上打到傍晚，双方各死伤800～1000人。郑芝龙弟弟郑芝虎在身上两处负伤的情况下，冲入敌阵，被刘香的人用四爪锚和铁链缠住，几乎不能脱身，后来是部下拼死救出。刘香本人则向南逃逸而去。 明·崇祯六年（1633年）7月，新任荷兰台湾长官普特曼斯﹙Hans Putmans﹚为迫使明朝开放贸易，企图用武力强占大陆沿海，在刘香的帮助下，不宣而战，派出8艘战舰，对刚刚追剿刘香回到厦门没有戒备的郑芝龙部和明朝官兵发动突袭。击沉、烧毁和弄沉港内郑芝龙和明朝官兵的二十几艘战船。这些船只是郑芝龙的精锐部队，也是当时中国最先进的海上武装船队，船上配备完善，架有十六、二十到三十六门大炮。
明朝的厦门官员在驻军遭到荷兰人痛击后，采取息事宁人态度，找人与荷兰人疏通，表示愿意通知厦门、金门、烈屿、鼓浪屿及附近各岛的百姓送上二十五头牛、二十五只猪和一百只鸡，希望荷兰人不要再伤害百姓，使他们可以继续安心耕种。9月，普特曼斯与刘香在台湾的大员汇合，准备再度进攻郑芝龙。
福建巡抚邹维琏檄调诸将，大集舟师，准备痛击荷兰侵略者。身任“五虎游击将军”的郑芝龙担任战斗前锋，实际负责运筹指挥这场战斗。郑芝龙舟渡漳州海澄，誓师出发。不久在澎湖的遭遇战中，焚毁荷船一艘，生擒荷将一名，溺死荷兵数百。 10月22日，由郑芝龙带领，明军150艘左右的帆船（其中50艘为特大战船）在金门料罗湾追上荷兰大船九艘、刘香船五十多艘。郑芝龙报仇心切，奋勇当先，使用铁钩钩住敌船纵火焚烧战术，共焚毁荷兰快艇一艘，并捕获另一艘快艇。刘香临阵败逃，普特曼斯狼狈退回台湾。
福建巡抚邹维琏在奏捷书中称：“此一举也，生擒夷酋一伪王、夷党数头目，烧沉夷众数千计，生擒夷众一百一十八名，戫斩夷级二十颗，烧夷甲板巨舰五只，夺夷甲板巨舰一只，击破夷贼小舟五十余只，…闽粤自有红夷以来，数十年间，此举创闻。”
经此一役，郑芝龙声势大振，普特曼斯只好放弃与刘香勾结，改与郑芝龙修好，转而表达今后想在台湾、而不是强势前往福建寻求对华贸易的意愿，由郑芝龙派船到台湾进行贸易。郑芝龙也不愿长期树敌，因此在一位住在热兰遮城的同安商人林亨万居间协调下，双方同意进行贸易往来。于是福建商船开始驶抵台湾。东印度公司史料说：如果公司想存在下去，必须把一官这一根刺从公司脚下拔除。郑芝龙势力之大由此可以想见。
九死一生的刘香不满荷兰人又与郑芝龙修好，在1634年4月9日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部众六百多人袭击大员（今台南安平）的荷兰人城堡热兰遮城，并且已经用云梯爬上了城墙。被荷兰哨兵发觉，经开q和炮轰后，刘香率部众逃散而去。数天后，这支海盗从高雄离开台湾，5月20日与郑芝龙在金门外洋遭遇，李旦之子李国助倒戈投降明军。
明·崇祯八年（1635年）5月23日，郑芝龙在广东田尾洋击溃刘香海上武装集团，刘香引火自尽；但在此役，郑芝龙最心爱的胞弟郑芝虎不幸战死。刘香死后，台湾海峡恢复安宁，原来害怕海贼伏击的中国商船开始源源驶向台湾。如1636年11、12两月，自大陆到台湾的船只有33艘，次年8月达29艘，1638年6月更达31艘之多。
郑芝龙剪除群雄，并把海上力量纳入地方官府体制，取得制海权，合法掌控东西洋贸易制度的运作。崇祯十二年（1639年），日本袄地锁国，退出东亚海洋竞争；荷兰殖民者也不得已与郑氏达成海上航行与贸易协议，规定荷兰的对日本贸易，需经郑芝龙将中国特产运至台湾，转手之后，方由荷兰方面运往日本出售。郑芝龙遂成为东方海洋世界的唯一强权。
至此，东南海疆各股武装集团李魁奇、杨六、杨七、钟斌等均唯郑芝龙之命是从。几年间，郑芝龙平粤寇，征生黎，击退侵厦荷夷，消灭海上巨盗刘香，福建巡抚表奏朝廷：“芝龙果建奇功，俘其丑类，为海上十数年所未有。”明·崇祯十三年（1640年）， 明廷擢升郑芝龙为福建总兵官，署都督同知。
红顶商人
郑芝龙集团在扫清海上障碍之后，“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利。芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显。”
他利用泉州安平镇的航海和经商基地，打破官方的海禁，繁荣海市，武装船队旗帜鲜明，戈甲坚利，航行于中国沿海、台湾、澳门和日本、菲律宾等东南亚各地之间，充分利用自己的权势和财力，扩大海上贸易，几乎垄断了中国与海外诸国的贸易。郑芝龙“自就抚后，凡海舶不得郑氏令旗者，不能往来。每舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富可敌国。自筑城于安平（今晋江安海），海舶可直通卧内，可泊船径达海。…八闽以郑氏为长城。”
他以强大的武装力量和雄厚的资本在国际市场上同荷兰、日本、南洋各国商贸公司竞争逐角，是官商结合、中国资本主义萌芽的代表人物。至南明·唐王政权，也以郑氏海上力量为支柱，正如郑芝龙所说：“三关饷取之臣，臣取之海，无海即无家。”
郑芝龙从事海外贸易，主要是同日本通商。据荷兰东印度公司《巴达维亚城日志》与《平户荷兰馆日志》记录：崇祯四年（1631年）郑芝龙两艘商船从日本长崎载货物返航泉州安海。崇祯十二年（1639年）驶往长崎的郑芝龙商船多达数十艘。崇祯十三年（1640年）两艘郑芝龙商船满载黄白生丝及纱绫、绸缎等货物，运往日本。另据《长崎荷兰商船日志》记录，从1641～1643年（崇祯十四至十六年）间，郑芝龙运载大量生丝、各类纺织品、黑白砂糖及麝香、土茯等药物，运往日本，颇受欢迎。
明·崇祯十四年（1641年）夏，郑芝龙商船22艘由晋江县安平港直抵日本长崎，占当年开往日本的中国商船总数的22.68％，主要货物有生丝、纺织品、瓷器等。郑芝龙与葡萄牙人、西班牙人建立贸易关系。他运往日本的丝织物，有一部分是从澳门购进的，日本的货物也由他运到吕宋，转售西班牙。郑芝龙极力发展海上贸易，经常满载丝绸、瓷器、铁器等货物，驶往柬埔寨、暹罗、占城、交趾、三佛齐、菲律宾、咬留巴（今雅加达）、马六甲等国贸易，换回苏木、胡椒、象牙、犀角等。在短短几年内，成为荷兰东印度公司在亚洲商业贸易的最强竞争对手。
明末，郑芝龙、郑成功父子相继在南安石井建立造船坊，营造军、商两用船，年造三五艘，修数十艘。
拥明抗清
明清鼎革之际，神州震荡，天下大乱。明·崇祯十七年（清·顺治元年，1644年）三月十九日，李自成率农民军破北京，崇祯帝自缢缢煤山，李自成建立大顺政权。同年，山海关总兵吴三桂引清兵入中原，清军定京师。清·摄政王多尔衮入北京之後，反客为主，以狂风扫落叶之势，未至一年，席卷明朝半壁山河。顺治二年（1645年）豫亲王多铎定江南。
明马士英、史可法等遗臣，拥福王即位南京，1645年改元弘光，是为南明，以史可法晋师江北。八月，郑芝龙与郑鸿逵原任总兵，加封安南伯及靖鲁伯。
南明·弘光元年(1645年），郑鸿逵、郑彩自京口退至杭州，迎唐王朱聿键入闽。
清·顺治二年（南明·隆武元年，1645年）闰六月，郑芝龙、郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周等，拥立唐王称帝於福州，改元隆武。郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；旋晋平国公(二弟郑芝虎前战死)，三弟郑鸿逵(原名郑芝彪)为定西侯，旋进定国公，四弟郑芝豹(小字莽二)封澄济伯，侄儿郑彩亦封永胜伯，郑家官居极品。八月，隆武帝诏赐，晋平国公郑芝龙加太师。
降清身死
顺治三年（南明·隆武二年，1646年）五月，降清的明臣洪承畴向清征南大将军多罗贝勒博洛提出招降郑芝龙的建议，与招抚福建御史黄熙胤（晋江人）写信劝郑芝龙降清。六月，清军兵分两路由仙霞关、分水关进逼福建，郑芝龙既得贝勒书，决意降，郑芝龙兄弟拥兵不进。八月，郑芝龙尽撤水军回晋江安平，有船五六百艘；镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，清兵陷仙霞岭，隆武帝奔汀州，被执，后绝食死於福京。九月十九日，清征南大将军多罗贝勒博洛统兵占福州。不久，清兵乃疾取兴化、泉、漳诸郡县。同月，博洛遣泉州绅士郭必昌持书往安平招抚郑芝龙，许以闽粤总督。郑芝龙不顾郑成功苦谏，于十一月十五日北上福州降清。十一月三十日，清兵进劫安平，翁夫人(田川氏）未及逃出，恐受辱，乃自缢而死，享年四十五。
郑芝龙后被挟持上京，授精骑呢哈番。顺治十一年（1654年），清封郑芝龙为同安侯。郑成功已在闽南奠定抗清战斗基础。二月，清廷命郑芝龙派其家人李德与郑、贾二位使臣送海澄公敕印入闽，招成功降，福建总督刘清泰并附书保其安全；且派遣其弟郑世忠持郑芝龙书劝之。郑芝豹、郑彩皆降，唯郑成功不受。
十一月，郑成功派遣五镇营兵及战舰百余艘南下，会西宁王李定国并力勤王破敌。十二月，郑成功攻漳州，属十邑俱下；转攻泉属，各县望风迎降；转大扰福州、兴化等郡。清廷无法，特遣内院学士叶成格等，偕同郑芝龙四子渡，送漳、泉、潮、惠划分郑成功安屯兵将，敕命入闽。郑成功于安平见使臣，请其谙诏。清使曰：“尔等既无剃发者，不为清臣，不能出诏。”遂回泉州。郑成功冷笑曰：“忽来忽去，吾料之已熟。”乃上书郑芝龙，言表拒未投降之因：“吾父往见贝勒之时，已入谷中，其得全至今者，亦大幸也。万一吾父不幸，天也，命也，儿只有缟素复仇，以结忠孝两全之局耳。”清廷怒囚郑芝龙于高墙、郑芝豹于宁古塔。
顺治十三年（1656年），郑成功督师北上，克闽安及罗星塔，攻连江，进攻罗源、宁德等邑，于护国岭击杀清将阿格商。清廷大震，迫郑芝龙差家人谢表持巡抚佟岱书到宁德见郑成功，再度相劝就抚。郑成功怒叱不理，令谢表持书还，自是抚议永绝。
顺治十八年（1661年)农历三月初一日，郑成功在金门祭海誓师，进军台湾；四月初一（公历4月30日），郑军登陆台湾；四月初八日登陆安平，占领台湾南部；五月，郑成功攻台湾东都，改赤崁城为承天府；荷兰人战败，降于安平。十月初三日，郑芝龙及其子孙家眷11人被清廷杀于北京柴市，郑氏在北京老少无遗。
古代是肥前国的一部分，只是是贫穷的海边地方而已。中世纪的松浦地方、五岛列岛和对马是倭寇的一大根据地。1550年葡萄牙船第一次登上了平户，天主教也随之传来。1570年开港的长崎港成了面向葡萄牙的贸易港口，因此大量的西洋文化流入了长崎。其后，荷兰和中国的商人也来到长崎进行交易。1641年以後，日本闭国自封，只是允许在长崎和荷兰和中国通商，这样的情况一直持续200多年。对马藩在釜山也设置倭馆进行朝鲜贸易。在近代的长崎造船业繁荣昌盛，可是1945年美国投下原子d长崎市区被破坏了。佐世保港有美海军基地。
长崎建于1869年。在日本江户时代（公元1603年～1867年），这里是幕府政府的直辖地和大村、平户、岛原各诸侯的领地。自古以来，这里就是日本的对外门户，与中国及荷兰、葡萄牙等国交往频繁。早在我国隋、唐时期，日本的遣隋使、遣唐使和学僧中的不少人就是从长崎起航到中国的。到宋、明和清朝时期，我国福建、浙江等沿海省份大批商人到日本经商。据史料记载，最多时曾达万人左右。他们在长崎的平户、福江等地创建唐人町，成为中国人集中居住的地方。随之，中国和西洋文化也经过长崎传入日本，特别是中国文化给日本以深远的影响。长崎人的一些风俗习惯、饮食文化及节日庆典等均源于中国。
过去长崎以日本的贸易港闻名，长崎港于1570年开港，隔年开始与葡萄牙及中国的商船往来，并开始建设城镇。1616年起，江户政府开始限制来自欧洲的船只只能于平户及长崎进行贸易；1635年起更限定贸易只能在长崎港进行，并建设出岛作为限制葡萄牙人的居住场所，1641年荷兰商馆也迁移至出岛，江户政府的锁国的措施至此已经完成，在之后的近两百年间，长崎成为日本唯一的国际贸易港。
1636年葡萄牙人被禁止至日本贸易，因此只剩下中国及荷兰商船得以在长崎从事贸易；由于来自中国的商船数量逐渐增加，在1688年有多达194艘船只在中国，因此在长崎另建立了唐人屋敷专供中国人居住。
直到1803年开始，陆续有来自美国、俄罗斯、英国等国家的船只进入长崎要求通商。
在第二次世界大战末期的1945年8月9日，美国轰炸机在此投下了原子d，使长崎成为全球第二个受原子d轰炸的城市，除了对市区的严重破坏，也造成七万多人死亡。此次轰炸，也迫使日本向盟军无条件投降，结束了战争。1955年8月，长崎为此建立和平纪念像，以纪念此事。
2007年4月17日晚上，时任市长的伊藤一长在竞选办公室前演讲时，遭城尾哲弥自后方开q射伤，送医后于隔日清晨死亡。数天后，4月22日的市长选举中，仍有有不少人仍投给伊藤一长，以致产生大量的废票；最后由另一位候选人田上富久当选。
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