如何从Perl中的DNA序列中提取起始和结束密码子？

概述我有一个代码,试图确定给定DNA序列的起始和结束密码子的位置. 我们将起始密码子定义为ATG序列,并将末端密码子定义为TGA,TAA,TAG序列. 我遇到的问题是下面的代码只适用于前两个序列(DM208659和AF038953),但不适用于其余的序列. 我的方法下面有什么问题？ 此代码可以从here复制粘贴. #!/usr/bin/perl -wwhile (<DATA>) { ch 我有一个代码,试图确定给定DNA序列的起始和结束密码子的位置.
我们将起始密码子定义为ATG序列,并将末端密码子定义为TGA,TAA,TAG序列.

我遇到的问题是下面的代码只适用于前两个序列(DM208659和AF038953),但不适用于其余的序列.

我的方法下面有什么问题？

此代码可以从here复制粘贴.

#!/usr/bin/perl -wwhile (<DATA>) {    chomp;    print "$_\n";    my ($ID,$rna_sq) = split(/\s+/,$_);    local $_ = $rna_sq;    while (/atg/g) {        my $start = pos() - 2;        if (/tga|taa|tag/g) {            my $stop    = pos();            my $gene    = substr( $_,$start - 1,$stop - $start + 1 ),$/;            my $genelen = length($gene);            my $ct      = "$ID $start $stop $gene $genelen";            print "\t$ct\n";        }    }}__DATA__DM208659    gtgggcctcaaatgtggagcactattctgatgtccaagtggaaagtgctgcgacatttgagcgtcacAF038953    gatcccagacctcggcttgcagtagtgttagactgaagataaagtaagtgctgtttgggctaacaggatctcctcttgcagtctgcagcccaggacgctgattccagcagcgccttaccgcgcagcccgaagattcactatggtgaaaatcgccttcaatacccctaccgccgtgcaaaaggaggaggcgcggcaagacgtggaggccctcctgagccgcacggtcagaactcagatactgaccggcaaggagctccgagttgccacccaggaaaaagagggctcctctgggagatgtatgcttactctcttaggcctttcattcatcttggcaggacttattgttggtggagcctgcatttacaagtacttcatgcccaagagcaccatttaccgtggagagatgtgcttttttgattctgaggatcctgcaaattcccttcgtggaggagagcctaacttcctgcctgtgactgaggaggctgacattcgtgaggatgacaacattgcaatcattgatgtgcctgtccccagtttctctgatagtgaccctgcagcaattattcatgactttgaaaagggaatgactgcttacctggacttgttgctggggaactgctatctgatgcccctcaatacttctattgttatgcctccaaaaaatctggtagagctctttggcaaactggcgagtggcagatatctgcctcaaacttatgtggttcgagaagacctagttgctgtggaggaaattcgtgatgttagtaaccttggcatctttatttaccaactttgcaataacagaaagtccttccgccttcgtcgcagagacctcttgctgggtttcaacaaacgtgccattgataaatgctggaagattagacacttccccaacgaatttattgttgagaccaagatctgtcaagagtaagaggcaacagatagagtgtccttggtaataagaagtcagagatttacaatatgactttaacattaaggtttatgggatactcaagatatttactcatgcatttactctattgcttatgccgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaBC021011    ggggagtccggggcggcgcctggaggcggagccgcccgctgggctaaatggggcagaggccgggaggggtgggggttccccgcgccgcagccatggagcagcttcgcgccgccgcccgtctgcagattgttctgDM208660    gggatactcaaaatgggggcgctttcctttttgtctgtactgggaagtgcttcgattttggggtgtcccAF038954    ggacccaagggggccttcgaggtgccttaggccgcttgccttgctctcagaatcgctgccgccatggctagtcagtctcaggggattcagcagctgctgcaggccgagaagcgggcagccgagaaggtgtccgaggcccgcaaaagaaagaaccggaggctgaagcaggccaaagaagaagctcaggctgaaattgaacagtaccgcctgcagagggagaaagaattcaaggccaaggaagctgcggcattgggatcccgtggcagttgcagcactgaagtggagaaggagacccaggagaagatgaccatcctccagacatacttccggcagaacagggatgaagtcttggacaacctcttggcttttgtctgtgacattcggccagaaatccatgaaaactaccgcataaatggatagaagagagaagcacctgtgctgtggagtggcattttagatgccctcacgaatatggaagcttagcacagctctagttacattcttaggagatggccattaaattatttccatatattataagagaggtccttccactttttggagagtagccaatctagctttttggtaacagacttagaaattagcaaagatgtccagctttttaccacagattcctgagggattttagatgggtaaatagagtcagactttgaccaggttttgggcaaagcacatgtatatcagtgtggacttttcctttcttagatctagtttaaaaaaaaaaaccccttaccattctttgaagaaaggaggggattaaataattttttcccctaacactttcttgaaggtcaggggctttatctatgaaaagttagtaaatagttctttgtaacctgtgtgaagcagcagccagccttaaagtagtccattcttgctaatggttagaacagtgaatactagtggaattgtttgggctgcttttagtttctcttaatcaaaattactagatgatagaattcaagaacttgttacatgtattacttggtgtatcgataatcatttaaaagtaaagactctgtcatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

解决方法 我删除了$_的使用(当你本地化时我特别颤抖 – 你这样做是正确的,但为什么要强迫自己担心如果其他一些函数要破坏$_,而不是使用已经可用的$rna_sq？

另外我修正了$start和$stop为基于0的索引到字符串中(这使得数学的其余部分更加直接),并且提前计算了$genelen,因此可以直接在substr *** 作中使用. (或者,您可以本地化$[1以使用基于1的数组索引,请参阅perldoc perlvar.)

use strict;use warnings;while (my $line = <DATA>) {    chomp $line;    print "processing $line\n";    my ($ID,$line);    while ($rna_sq =~ /atg/g) {        # $start and $stop are 0-based indexes        my $start = pos($rna_sq) - 3; # back up to include the start sequence        # discard remnant if no stop sequence can be found        last unless $rna_sq =~ /tga|taa|tag/g;        my $stop    = pos($rna_sq);        my $genelen = $stop - $start;        my $gene    = substr($rna_sq,$start,$genelen);        print "\t" . join(' ',$ID,$start+1,$stop,$gene,$genelen) . "\n";    }}

总结

以上是内存溢出为你收集整理的如何从Perl中的DNA序列中提取起始和结束密码子？全部内容，希望文章能够帮你解决如何从Perl中的DNA序列中提取起始和结束密码子？所遇到的程序开发问题。

如果觉得内存溢出网站内容还不错，欢迎将内存溢出网站推荐给程序员好友。