perl – 如何在蛋白质序列(string)中找到多个motifs(substring)？

概述以下脚本用于在蛋白质序列中找到一个基序. use strict;use warnings;my @file_data=();my $protein_seq='';my $h= '[VLIM]'; my $s= '[AG]';my $x= '[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]';my $regexp = "($h){4}D($x){4}D"; #motif to be 以下脚本用于在蛋白质序列中找到一个基序.

use strict;use warnings;my @file_data=();my $protein_seq='';my $h= '[VliM]';   my $s= '[AG]';my $x= '[ARNDCEQGHILKmfpSTWYV]';my $regexp = "($h){4}D($x){4}D"; #motif to be searched is hhhhDxxxxDmy @locations=();@file_data= get_file_data("seq.txt");$protein_seq= extract_sequence(@file_data); #searching for a motif hhhhDxxxxD in each protein sequence in the give fileforeach my $line(@file_data){    if ($motif=~ /$regexp/){        print "found motif \n\n";      } else {        print "not found \n\n";    }}#recording the location/position of motif to be outputed@locations= match_position($regexp,$seq);if (@locations){     print "Searching for motifs $regexp \n";    print "Catalytic site is at location:\n";  } else {    print "motif not found \n\n";}exit;sub get_file_data{    my ($filename)=@_;    use strict;    use warnings;    my $sequence='';    foreach my $line(@fasta_file_data){        if ($line=~ /^\s*(#.*)?|^>/{            next;          }         else {            $sequence.=$line;        }    }    $sequence=~ s/\s//g;    return $sequence;}sub(match_positions) {    my ($regexp,$sequence)=@_;    use strict;    my @position=();    while ($sequence=~ /$regexp/ig){        push (@position,$-[0]);    }    return @position;}

我不知道如何扩展这个以在含有蛋白质序列的给定文件中找到多个基序(以固定顺序,即motif1,motif2,motif3).

解决方法 您可以简单地使用序列的替换(由|分隔).这样,正则表达式引擎的每个序列都可以匹配它.

/($h{4}D$x{4}D|$x{1,4}A{1,2}$s{2})/

然后你可以通过查看1美元来测试这场比赛.

总结

以上是内存溢出为你收集整理的perl – 如何在蛋白质序列(string)中找到多个motifs(substring)？全部内容，希望文章能够帮你解决perl – 如何在蛋白质序列(string)中找到多个motifs(substring)？所遇到的程序开发问题。

如果觉得内存溢出网站内容还不错，欢迎将内存溢出网站推荐给程序员好友。