perl碱基计数的三种不同的方法，for循环+while循环+tr

概述第一种方式，我们运用的for循环，然后用了if......else.......结构 for ($position=0;$position<length $DNA;++$position){ $base=substr($DNA,$position,1); if ($base eq 'A') { $count_A=$count_A+1; } elsif ($base eq 'T')

第一种方式，我们运用的for循环，然后用了if......else.......结构

for ($position=0;$position<length $DNA;++$position){	$base=substr($DNA,$position,1);	if ($base eq 'A')	{		$count_A=$count_A+1;	}	elsif ($base eq 'T')	{		$count_T=$count_T+1;	}	elsif ($base eq 'C')	{		$count_C=$count_C+1;	}	elsif ($base eq 'G')	{		$count_G=$count_G+1;	}	else	{		print "error\n"	}}

第二种方法，我们运用while循环：

#然后依次读取字符串的元素，并对四种碱基的数量进行统计

while ($DNA=~/a/ig){$count_A++}while ($DNA=~/c/ig){$count_C++}while ($DNA=~/g/ig){$count_G++}while ($DNA=~/T/ig){$count_T++}while ($DNA=~/[^acgt]/ig){$e++}

得到的结果如下：

F:\>perl\a.plplease input the Path just like this f:\perl\data.txtf:\perl\data.txtA=40T=17C=27G=24F:\>

第三种方法，我们使用tr///的结构来进行碱基的计数：

$count_A=($DNA=~tr/Aa//);$count_T=($DNA=~tr/Tt//);$count_G=($DNA=~tr/Gg//);$count_C=($DNA=~tr/Cc//);

结果如下：

F:\>perl\a.plplease input the Path just like this f:\perl\data.txtf:\perl\data.txtA=40T=17C=27G=24F:\>

这三种方法依次更简单，并且效率越来越高！ 总结

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