Centos系统安装Gromacs

• 简介

Gromcas是当下用于分子模拟和数据分析的软件，最重要的是，这个软件的源代码是开源的。本次文章介绍如何在Centos7系统里安装Gromacs，这里主要内容借鉴于思想家公社的sob老师。

gromacs的源码包可以在官网直接下载，源码包的体积不大，目前最新到2021版本。我的方法安装成功的是2018版。

• 安装cmake 3.x版本

Centos 7 自带的cmake是2.x版本，不适应于Gromacs的编译。安装cmake 3.x的方法如下：

在cmake的官网里下载cmake3.x版本的tar.gz包：

在虚拟机里使用tar命令解压这个tar.gz包到当前目录：

tar -zxf cmake-3.23.1-linux-x86_64.tar.gz -C .

进入解压后的目录，运行命令：

./bootstrap --prefix=/usr/local/cmake3 --DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF

make && make install

--prefix指定安装目录，在/usr/local/cmake3文件夹里，就会生成一个bin文件夹，里面就会存在我们要的cmake3.x版的命令。

我们用ln命令将bin文件夹里的cmake在环境变量的/usr/bin里生成链接文件cmake3，这样就可以方便在命令行里调用3.x版的cmake：

ln -s /usr/local/cmake3/bin/cmake /usr/bin/cmake3

ll命令查看这个链接文件，检查cmake3版本：

ll /usr/bin/cmake3 

cmake3 --version

安装没有问题，就可以用rm命令将源码包和解压文件夹删掉，回到存放cmake源码包的文件夹：

rm -Rf cmake*

• 安装傅里叶变换库FFTW

FFTW是gromacs的相关依赖，在gromacs安装时，也可以自动安装，这里介绍手动安装FFTW。

同样必要搜索FFTW，在官网里下载FFTW的tar.gz包：

同样是在虚拟机里用tar命令解压后，编译安装：
 

tar -zxf fftw-3.3.10.tar.gz -C .

cd fftw-3.3.10

./configure --prefix=/usr/local/fftw --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared

make -j 4 install

编译需要一段时间，同样，命令会把fftw安装在/usr/local/fftw目录里，确认无误后，删掉源码包

这里对gromcas的编译依赖于python3版本和gcc的高版本（最低要求是5.x版本）

但是在Centos里，默认的python是2.x版本，gcc默认是4.x版本。使用yum对gcc的升级最多到4.x版本。

• 安装python3

同样是在必应搜索python，在官网里下载python3的tar.gz包：

同样是tar命令解压到当前文件夹，进入到解压文件夹里进行编译:
 

tar -zxf Python-3.7.12.tgz -C . 

cd Python-3.7.12 && ./configure prefix=/usr/local/python3

进行安装：

make && make -j 4 install

编译安装成功后，进入到/usr/local/python3文件夹里查看是否成功安装：

cd /usr/local/python3/bin && ll

使用软连接将python3编译器和pip链接到/usr/bin里，方便在命令行里调用：
 

ln -s /usr/local/python3/bin/python* /usr/bin/python3

ln -s /usr/local/python3/bin/pip* /usr/bin/pip3

最后在命令行里输入python3查看能否打开python3编译器：

python3

编译安装gromacs，会遇到python版本太低不可用的情况，可以暂时将python3链接到/usr/bin/python，暂时代替系统自带的python2.x，安装完毕后需要重新改回来，毕竟系统下很多程序的正常运行依赖于python2，比如yum。

• 更新gcc版本

若是重新安装gcc，从而提高gcc的版本，就很费时费磁盘空间，这里介绍一种普遍的方法来暂时的更新gcc：

yum安装相关依赖，将gcc提高到8.x版本：
 

yum install centos -release-scl -y

yum install devtoolset-8 -y

安装成功后，输入如下命令，打开一个新bash，在里面暂时更新gcc的版本：

scl enable devtoolset-8 bash

查看gcc的版本：

gcc --version

若是上面的方法不能更新gcc，可以使用如下方法使用devtoolset-8的内置脚本：

source /opt/rh/devtoolset-8/enable

这个就不会新开bahs，检查gcc版本：

gcc --version

• 安装gromcas

建立编译的文件夹：

mkdir mybuild && cd ./mybuild

将前面安装的FFTW声明为cmake可以调用的环境变量：

export CMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local/fftw

进行编译和安装：

cmake3 .. -DCMAEK_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs2018 && makeinstall

等待编译，编译完成后，在家目录的.bashrc文件里添加gmx的环境变量：

vim ~/.bashrc

在文件末尾追加如下命令：

source /usr/local/gromacs2018/bin/GMXRC

重新运行一遍.bashrc文件，输入gmx --version查看是否安装和配置成功：

source ~/.bashrc && gmx --version

没有问题，就可以把相关的压缩包和解压文件删除掉。