生信入门（一） Fastqc（测序数据质控）

FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

我们可以输入 fastqc -h来查看fastqc所有的命令和参数

命令如下：

在界面中将会显示许多的参数，右边是对这个参数的解释以及该如何使用，如下图所示，这里只截取了一部分，就不做全部展示了。

我们最常用的就是 -o --outdir，格式如下

fastqc file1 -o file2，例如

 第一个file为要做质量检测的文件，o后面紧接的为输出所保存的文件夹。如果程序正常运行，将会出现如下界面。

完成之后我们打开我们指定输出的文件，里面将会出现出现两个新的文件，如下

 

一个为.html文件，还会生成一个压缩包。通过文件传输后我们就可以查看这两个文件的内容了。

打开.html文件，我们将会看到以下内容：

 

在生信入门（二）中我将会一一解释其含义

觉得有帮助的同学们点个赞吧！