windows系统下怎么使用sratoolkit下载sra数据。

造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi.aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你...

这个问题涉及到NCBI的核心价值——数据共享。从NCBI创建之初她就是为用户”下载“数据而存在。历经近30年的发展，其提供的数据共享的方式也经历了诸多的改变。下面以提供数据共享的技术方式来逐一陈述：

1 FTP

FTP是File Transfer Protocol(文件传输协议)的英文简称。在互联网形成之初，非常重要的大文件传输格式。目前NCBI的大文件传输，甚至是整个NCBI网站的数据都可以用这种方式获得。网址为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/.不过要用好这些数据，你需要同时兼备生物学和计算机科学（基本）知识。

2 网页

当然绝大多数生物学家并不需要进行批量数据分析，知识要找到与自己课题相关的数据。NCBI提供了基于网页的查询检索系统。之所以称之为系统是因为其中包含了NCBI所有提供服务的数据库，该系统有一个统一的查询界面，成为Entrez。其语法和规则在查询不同数据库是基本相似，知识需要简单了解相应数据库的特殊字符即可。例如，查询GEO数据库时，只查询dataset数据可以使用[DataSet Type]关键字，但是该关键字在PUBMED并不适用。

3.web服务

web服务在生物信息学和计算机科学中的定义有很大差别，这里特制计算机科学中的web服务。NCBI基于entrez提供了web service服务，用户在自己的程序中调用代码获取数据。主要是eUtils（http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/）。另外，NCBI也提供cgi的查询服务。

4. 序列查询服务

NCBI基于序列的检索服务是其最具特色的数据检索方式，最著名的就是BLAST。尽管后台算法基于字符串的匹配，但是其引入了生物学知识（突变概率等）使其具有和其他搜索引擎如lucene不可比拟的效果。也是NCBI提供的主要服务之一。BLAST接受用户一条或多条序列（PSI-BLAST），返回数据库中与该序列相似的序列。该服务的用途广泛。

5.其他

有些数据可以通过一些特殊的通道获得。例如GEO数据库，可以通过R包GEOquery获得其数据。

（如有遗漏，敬请指教！）

ncbi怎么下载文献：1、打开NCBI网站。2、在搜索框左边选择PubMed，在搜索框输入关键字或文章名称，进行搜索。扩展资料 1、打开NCBI网站。2、在搜索框左边选择PubMed，在搜索框输入关键字或文章名称，进行搜索。3、选择并点开想要的文章。4、找到右上角的`Full text links，点击下面的文章来源链接。5、找到Download PDF，点开它。6、在打开的文章页面，点击鼠标右键，另存为到电脑上。

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