有关使用VB进行数据库编程出现的问题

Controls_State 这是一个过程

它的本体应该是这样的

sub Controls_State(xxx as boolean)

。。。。。

end sub

你要找到类似上面的代码，把它们也写进去，如果找不到把它注释掉.程序就ok了

这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。

在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。

比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：

％mol2topdbq macro.mol2 >macro.pdbq

%addsol macro.pdbq macro.pdbqs

但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：

$mol2fftopdbq macro.mol2 >macro.pdbq

$addsol macro.pdbq macro.pdbqs

对于小分子配体文件，要用deftors命令。

用法

$deftors lig.mol2

会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。

这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量 *** 作了。

nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。

在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。

在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。

jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。

上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。

绝大部分药物在体内要进行生物转化，其目的是使其水溶性增大，利于排除。生物转化的主要脏器是肝脏，因此如果肝功能异常，在用药时要特别小心。

药物在肝脏的转化可以分为两步，分别是I项代谢和II相代谢。的代谢转化主要在肝脏进行。I相代谢反应包括氧化、去甲基化和水解反应等，药物经过I相的氧化、去甲基化等代谢作用后，极性增大，水溶性增高。典型的I相代谢酶就是细胞色素P450，ALDH等。

II相代谢反应是结合反应，是指药物或其第一相代谢物与内源性物质如葡萄糖醛酸结合，使水溶性进一步加大，最终从肾脏排出。典型的ii相代谢酶包括葡萄糖醛酸转移酶、谷胱甘肽-S-转移酶、N-乙酰基转移酶等。

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