怎样从ccdc软件中获取晶体结构数据库

在众多的晶体数据库当中, 位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据库中心CCDC管理的数据库CSD极著盛名。它主要存储那些含有C-H 键的小分子晶体结构数据, 处理的分子原子总数在500以内, 而不含C-H 键的无机物和大分子晶体数据库则有著名的无机晶体结构数

小角X射线衍射和小角X射线散射有什么区别？

X射线与样品的作用产生散射，要看射线与格子 之间的相互作用是否相干，相干的就产生衍射，不相干就不能产生衍射、就只能是散射。小角X射线衍射和小角X射线散射不是一个概念！

小角X射线衍射缩写是SAXD，小角X射线散射的缩写是SAXS，二者的原理还是有很大的区别。衍射对应的是周期性结构如晶格与X射线相互作用引起的相干衍射现象，而散射对应的是X射线电子在透射样品前后电子密度的变化。

小角X射线散射（SAXS）

SAXS是一种用于测定纳米尺度范围的固体和流体材料结构的技术。它探测的是长度尺度在典型的1-100纳米范围内的电子密度的不均匀性，从而给XRD（WAXS，广角X射线散射）数据提供补充的结构信息。它可应用于结晶和非晶之类的材料。

测量通常用透射几何，使用窄的、良好准直的并且高强度的X射线束。典型的散射角度范围为01到5度。能够达到的最小角度决定了最大的特征分辨尺寸。样品的制备很简单，可以放在毛细管中、作为两个聚合物箔之间的薄层或者不用样品架进行测量。

一些典型的应用包括纳米颗粒和孔隙的尺寸分布、比表面积和不均匀（如核壳）粒子中的结构分析等的测定。该技术还能给出有关纳米颗粒聚集行为的信息。此外，SAXS还应用于胶体、膜 、液晶、清洁剂、微乳液、聚合物等的结构分析。在所有颗粒基本上具有相同尺寸的情况下，有可能测定它们的形状和内部结构。作为例子，SAXS可用于分析蛋白质的包络形状和稀释溶液中的其它生物大分子。

当X射线照射到试样上时，如果试样内部存在纳米尺度的电子密度不均匀区，则会在入射光束周围的小角度范围内出现散射X射线，这种现象称为X射线小角散射或小角X射线散射（X-ray Scattering Small Angle ），简写为SAXS 。其物理实质在于散射体和周围介质的电子云密度的差异。SAXS已成为研究纳米亚微米级固态或液态结构的有力工具。

在一台实验室设备上的测量时间可以从几分钟到几个小时。测量时间依赖于所用的仪器类型和光学系统，也依赖于样品的浓度和电子密度对比度。 抽真空的射线束路径有助于减小空气散射的影响并加快测量。然而，即使在一台在空气中的多用途衍射仪上，对大多数的样品也常能得到高质量的SAXS数据。

X射线物相分析

X射线照射晶产生一套特定的粉末衍射图谱或数据d-I值。其中d与晶胞形状和大小有关，相对强度I/I1，与质点的种类和位置有关。与人的指纹相似，每种晶体物相都有自己独特的XRD谱。不同物相物质即使混在一起，它们各自的特征衍射信息也会同时出现，互不干扰。据此可以把任何纯净的或混合的晶体样品进行定性或定量分析。把你得到的d值-峰强值I作为一套数据，去查找PDF卡片。

X射线物相定性分析

粉末X射线物相定性分析无须知晓物质晶体的晶格常数和晶体结构，只须把实测d-I/I1数据与JCPDS（粉未衍射标准联合会）发行的PDF（1992年以后称为ICDD国际衍射数据中心International Center for Diffraction Data）卡片上的标准值核对，就可进行鉴定。当然这是对那些被测试研究收集到卡片集中的晶相物质而言的。卡片记载的解析结果都可引用。

粉末衍射卡片

《粉末衍射卡片集》（Powder Diffraction Files,简称 PDF卡片）是目前收集最丰富的多晶衍射数据集。

PDF-4是一个新式的关系数据库，分为32种类别分别存贮矿物、有机物、有机物和合金等的衍射数据、分子式、d值、空间群、密度、颜色、熔点、原子和原子间距等等数据。每类再分为许多子类。还包括许多软件功能，根据点击进行数据链接或转换衍生，如可以从单晶结构数据拟合处多晶衍射谱；基于仪器构造参数（如狭缝结构、单色器种类等），可将实验测得的d、I数据转变为数字化的衍射谱，应用于物相定性鉴定分析。每个PDF卡记录一个物相。

你查到和你的样品相似或相近的PDF卡片，那卡片上记录的晶相数据就都可以参考了。

如果没有标准PDF卡片，自己从头开始晶相分析，程序要复杂得多！

能吧。

先打开CrystalMaker并创建晶体，过程是file——NewCrystal，在d出的窗口中，有一些项目需要填写。因为是自动生成晶体的，所以你先得告诉计算机绘制晶体所需要的参数。在这里从上到下依次要填写的是空间群，晶胞参数和原子坐标。

所以我们先到晶体数据库Findit中进行查询。因为我用的Findit是09年试用非破解版的，所以我先把系统时间调到09年再打开它。这里我们要绘制的晶体是尖晶石型的ZnCo2O4，在选择好左下的筛选方式后，分别点击Zn，Co，O，然后Search。

金刚石结构又称为金刚石立方晶体结构(diamond cubic lattice structure)，原型是金刚石。金刚石结构中的每个原子与相邻的4个原子形成正四面体，故单胞内原子数为5。具有金刚石结构的晶体除了金刚石以外，还有硅、锗、α-锡等。

金刚石结构的原型是金刚石晶体，又称钻石。在金刚石晶体中，每个碳原子都以SP3杂化轨道与另外4个碳原子形成共价键，构成正四面体。由于金刚石中的C-C键很强，所以金刚石硬度大，熔点极高；又因为所有的价电子都被限制在共价键区域，没有自由电子，所以金刚石不导电  。

扩展资料：

金刚石晶体性质

金刚石结构的原型是金刚石的晶体结构。在金刚石晶体中，每个碳原子的4个价电子以sp3杂化的方式，形成4个完全等同的原子轨道，与最相邻的4个碳原子形成共价键。这4个共价键之间的角度都相等，约为10928度，这样形成由5个碳原子构成的正四面体结构单元，其中4个碳原子位于正四面体的顶点，1个碳原子位于正四面体的中心。

因为共价键难以变形，C-C键能大，所以金刚石硬度和熔点都很高，化学稳定性好。共价键中的电子被束缚在化学键中不能参与导电，所以金刚石是绝缘体，不导电。

参考资料来源：百度百科-金刚石结构

所有的蛋白都有3D结构。如果想看的话可以在ncbi该蛋白的基因页面里找到UniProtKB的链接，再从UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。

不放心的话，可以在string啦，或者其他的数据库中找相关的链接，看看有没有PDB的相关标号，就是4位由数字和字母混合成的晶体结构标号。

几方面一综合，就知道有没有了。不过如果不是关键蛋白质的话不要抱太大的希望，结晶难度很大，所以存在的晶体结构不是很多的，没有晶体结构的3D结构都是预测或者推测的，不作数。

NCBI上对于这些同源蛋白的名字已经有了明确的规定了，可以去NCBI上搜索这些蛋白，结果里会包含这些蛋白的详细信息，包括碱基序列，氨基酸序列等。

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