安装nwchem 需要准备哪些数据库

首先配置一下Nwchem的安装环境，bashrc里面

# Nwchem61

export NWCHEM_TOP="/public/Chem_soft/nwchem-611"

export NWCHEM_TARGET=LINUX64

export NWCHEM_MODULES=all

export USE_MPI=yes

export MPI_LOC="/usr/mpi/gcc/mpich2-install"

export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib

export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include

export LIBMPI="-lmpichf90 -lmpich -lmpl -lpthread"

我用的mpi的版本是mpich2-141p1，其他也可以的

然后

% make nwchem_config

% make FC=gfortran >& makelog

就可以了！

一、HP-MPI 是由{&Tahoma8}Hewlett-Packard开发类别 Miscellaneous Shareware 软件。

二、MPI是一个跨语言的通讯协议，用于编写并行计算机。支持点对点和广播。

MPI是一个信息传递应用程序接口，包括协议和和语义说明，他们指明其如何在各种实现中发挥其特性。MPI的目标是高性能，大规模性，和可移植性。

MPI在今天仍为高性能计算的主要模型。

三、主要的MPI-1模型不包括共享内存概念，MPI-2只有有限的分布共享内存概念。

但是MPI程序经常在共享内存的机器上运行。

在MPI模型周边设计程序比在NUMA架构下设计要好因为MPI鼓励内存本地化。

尽管MPI属于OSI参考模型的第五层或者更高，它的实现可能通过传输层的sockets和Transmission Control Protocol (TCP)覆盖大部分的层。

大部分的MPI实现由一些指定惯例集（API）组成，可由C,C++,Fortran,或者有此类库的语言比如C#, Java or Python直接调用。

MPI优于老式信息传递库是因为他的可移植性和速度。

我的笔记本和S7－313相连，本子没有串口，STEP7打开了，程序无法联机运行，老是无法通讯，在电脑管理器提示说没有USB到串口的驱动。在网上找了个驱动，解决了串口的通讯，下午再去连接试下，看能否通讯。楼上说的无需安装，这个我不认同。

mpi实现通信要用mpiMPI通讯区都有一个GDID号，第一位代表全局数据的循环数，每个循环数表示和一个CPU通信。

S7-300CPU通信，两个发送与接收是一个循环，S7-400CPU之间的3个发送与接收是一个循环。支持循环数与CPU有关，S7-300最多为4个，即最多能和4个CPU通信。S7-400CPU414-2DP最多为8个，S7-400CPU416-2DP最多为16个。

和上位机进行MPI/DP通信，上位机要么安装了CP系列的通信网卡，然后使用普通的通信线，要么使用专用的适配器，包括PC适配器(一端接PLC,一端接PC电脑的RS232)，和USB适配器。

6个MPI调用接口：

1mpi init（）初始化MPI执行环境，建立多个MPI进程之间的联系，为后续通信做准备。

2mpi finalize 结束MPI执行环境。

3mpi comm rank用来标识各个MPI进程的，给出调用该函数的进程的进程号,返回整型的错误值。两个参数：MPI_Comm类型的通信域，标识参与计算的MPI进程组； &rank返回调用进程中的标识号。

4mpi comm size用来标识相应进程组中有多少个进程。

5mpi send(buf,counter,datatype,dest,tag,comm)： buf：发送缓冲区的起始地址，可以是数组或结构指针；count：非负整数，发送的数据个数；datatype：发送数据的数据类型；dest：整型，目的的进程号；tag：整型，消息标志；comm：MPI进程组所在的通信域。

CUDA给的例子中有simpleMPI程序，给每台电脑上安装好了CUDA（也可能安装好驱动就好了），它可以在集群上运行，在不同节点上跑，各个节点都可以调用自己的GPU计算。为了大幅提升数据传输性能，我们必须启用CUDA-aware技术，它使得不同节点之间的GPU数据可以直接经过网卡传输，不需要通过主机内存。为了使数据传输能达到最大性能，CUDA-aware需要一系列技术支持，包括GPUDirect RDMA、Unified Virtual Address等。主流版本的MPI都可以支持这些技术，为了完整支持这些技术，MPI的编译比原先稍微复杂了一些。以 openmpi 为例，官网上给出了如何安装，如何运行的讲解。

How do I build Open MPI with CUDA-aware support

What kind of CUDA support exists in Open MPI

配置和编译 Open MPI >= 200

官方推荐使用最新版本，我也就用最新版本。

关于GDRCopy：顾名思义，它是基于GPUDirect RDMA的库，用于数据拷贝。以下仅是个人理解，GPUDirect RDMA技术支持第三方设备有直接读写GPU内存的能力，比如一块GPU直接通过网卡读写另一块GPU的内存，CPU也可以直接通过网卡直接读写另一块GPU的内存。GPU不像CPU一样低延迟，用CPU读写远程GPU内存延迟低一些。

关于UCX：统一通信。MPI的通信层。

我不太懂这两个库，不管怎么样，按照官方推荐把这两个安装上去就好了，我们不会直接调用这两个库。

ANSYS121分布式计算在不同计算平台下支持的高速互联网络以及MPI版本，一般的，ANSYS在Linux和Windows平台下的版本内置了HP-MPI，用户可不在另外安装MPI。

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