NCBI是什么主要是做什么

NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写，指美国国家生物技术信息中心，建立于1988年。

NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库（该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构）之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。

扩展资料：

NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页>

已故参议员克劳德·佩珀认识到计算机化信息处理方法对于进行生物医学研究的重要性以及赞助立法，该立法于1988年11月4日成立了国家生物技术信息中心（NCBI），作为国家医学图书馆的一个部门（NLM） ）在美国国立卫生研究院（NIH）。

参考资料来源：

百度百科-NCBI

Blast本地化详细攻略（基于Windows系统）by Fredy 2010-12-16 17:40 | (分类:默认分

类)

最近终于把Blast本地化弄明白了，参照网上的攻略稍微整理了一下，希望能给学生物的朋友带来一些方便，毕竟好的生物信息学分析是成功的一半嘛~~ 1 从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址：

ftp://ftpncbinlmnihgov/blast/executables/release/229/blast-229-ia32-win32exe 安装得到的Blast本地化软件安装包，安装路径例如"C:\Blast\bin\"。

2 从相关生物信息学网站上下载数据库，如NCBI的nt库，DFCI的相关EST数据库或者是用户自己建立的fasta格式的核酸序列文件等，将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“C:\Blast\bin”

3 用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbiini文件，文件包含下面内容： [NCBI]Data="C:\blast\data\"

将ncbiini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。

4 将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的 *** 作带来方便），方法：

a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量

b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化程序所在路径，如“C:\Blast\bin”，点击确定，将安装路径添加到path。

5 测试，打开dos窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输入"cmd”，确定），键入"blastall”，回车，如果安装正确，将显示blastall的所有参数说明。如果之前没有进行步骤4，则访问Blast本地化程序所在文件夹后输入"blastall"进行测试。

访问文件夹时可能用到dos命令有盘符切换"X:"及路径切换"cd \blast\bin”

6 下载得到的数据库为fasta格式，需要经过格式转化后才能进行blast，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入格式化数据库命令： formatdbexe -i ntfas -p F -o F

命令中ntfasta可换为其他预进行格式化的原始fasta数据库文件，稍等片刻，电脑完成数据库的格式化，会在在原数据库文件所在文件夹生成一系列文件，格式化过程无系统报错，Blast本地化体系即构建完成。

7 Blast本地化：在Blast本地化程序所在文件夹创建testtxt文件，将需要Blast的序列以fasta格式存于该文件中，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入Blastn命令：

blastall -p blastn -d ntfas -i testtxt -o outtxt

wk_ad_begin({pid : 21});wk_ad_after(21, function(){$('ad-hidden')hide();}, function(){$('ad-hidden')show();});

稍等片刻，Blast结果即存于系统自动生成的outtxt文件中。

此外就是建议将常用命令保存在一个txt文件中，需要时直接在dos里面用鼠标右键粘贴就ok了。在testtxt中以fasta格式存储多个序列可以一次得到比对多个序列的结果。

This document describes the "BLAST" databases available on the NCBI

FTP site under the /blast/db directory The direct URL is:

ftp://ftpncbinihgov/blast/db 本地BLAST数据库下载地址

OMIM数据库之父Victor Almon McKusick先生是位临床医生。该数据库的最原始的版本是一本叫MIM的遗传学书籍，后来挪到了网上，就加了一个“O”称为在线的人类孟德尔遗传学。所以OMIM数据库不同于其他的NCBI数据库。其设计之初是为临床医生提供在线浏览的服务，因此没有相应的序列下载服务。从另外一个角度来说，OMIM的每一条记录讨论的是某一个基因，而与这个基因相关的序列可能有几条，几十条甚至上百条的记录。

要解决你的问题，如果数量不多，例如50以内。建议你手工通过OMIM提供的RefSeq的链接获取。这个方法的优点是，你可以挑选你想要的序列（mRNA， DNA或Protein），消耗的时间上与编程差不多。

如果超过100，或需要反复做，就有编程的必要。你可以参考我提供的链接使用eUtils工具来获取序列。

植物单细胞测序数据可以在一些公共数据库中下载，比如NCBI SRA、E-MTAB等。这些数据库包括了许多不同类型的数据，包括单细胞转录组测序数据、基因表达谱序列等。具体下载方法可以通过查询数据库的使用指南和查阅相关论文来学习。此外，一些实验室也会公开共享其测序数据，可以从他们的网站或其他数据共享平台上下载数据。在选择数据的同时，需要关注样本来源、实验设计、数据质量等因素，以保证数据可靠性及适用性。

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