如何看go数据库中查出来的pathway,是否与肿瘤相关

如何看go数据库中查出来的pathway,是否与肿瘤相关,第1张

我对这个也不算非常了解,简单说下我的经验,仅供参考。
首先其实有很多pathway都与肿瘤相关,一般来说与肿瘤发生相关的pathway包括细胞信号转导(akt,notch,MAPK等)、细胞损伤修复(ATM,NHEJ等)、细胞周期调控(Cdk)、基因表达调控(如 p53)以及细胞迁移等,而且它们之间一般都有交叉。虽然大多数pathway都或多或少参与肿瘤发生,但是直接相关的一般是我提到的这些,主要作用于cancer的发生,成熟以及迁移。
其次,通过你这个图上列出来的这个肿瘤基因有可能参与的过程,我觉得有可能参与肿瘤发生的包括:regulation of cell morphogenesis(因为肿瘤细胞形成中细胞形态会发生变化);regulation of gene expression(比如p53就会抑制与cancer发生相关基因的表达,但这个功能实在太宽泛了,可以说所有细胞活动都和基因表达相关,请问你这个基因是transcript factor吗?如果是的话这就很可能是它直接参与cancer development的原因);positive regulation of peptidase activity (和前面那点一样,这种广谱性影响蛋白质变化的过程可以参与任何方面);response to corticosteroid (有可能通过response to一些皮质类激素调节cell signal);positive regulation of macromolecule biosynthetic process(调节大分子生物合成也可能影响蛋白质表达);anatomical structure formation involved in morphogenesis (同在morphogenesis的解释)。
最后说明一点,仅仅通过这种方法其实并不会很大的缩小范围,但是如果结合你的目的蛋白的功能研究(如果之前有相关文献报道或者你已知目的蛋白具有酶活性)或定位分析,就可以大大缩小范围了。
希望能对你有所帮助,如果有进一步问题,我们可以继续讨论。

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