新手求教怎么把String类型的字符插入到数据库中

新手求教怎么把String类型的字符插入到数据库中,第1张

因为插入的字符串被从单引号处截断,造成SQL语句的语法错误! 解决方法:遍历字符串,把一个(')换成两个(' ')就可以了,在C#里,其实用strReplace("'", "''");就可以了,这是因为SQL是用两个单引号来代替一个单引号的。

stringsAsFactors=FALSE就是不变成属性数据,按字符串读入。 *** 作方法如下:

1、获取向量中的所有元素的的长度,可以使用nchar()函数,如下图所示。

2、截取字符串的字串,可以使用substr()函数。

3、判断某个字符串在某个向量的某个位置,使用grep()函数,如下图所示。

4、将某个字符串的大写字母转换成小写字母,使用tolower()函数。

5、如果将字符串中的小写字母转换成大写字母,使用toupper()函数。

Vectors 向量当你想用多个元素创建向量时,你应该使用 c() 函数,这意味着将元素组合成一个向量。

# c函数用来将元素组成为一个向量

v <- c('a', 'b','c')

print(v)

# 输出结果即为元素的值,可以看出,vector类型里面只能有一种元素

print(class(v))

1

2

3

4

5

1

2

3

4

5

1] “a” “b” “c”

[1] “character”

那么问题来了,假如我就是想什么东西都往向量里面塞呢,这种做法并不会引发报错,但是R会暗中把那些乱七八糟的东西全部转换为一种类型。比如在下面这个例子,R就取了vector的第一个元素,将其转换为了character类型。

在这里插入描述

Lists 列表列表是一个 R 对象,它可以在其中包含许多不同类型的元素,如向量,函数甚至其中的另一个列表。

# 列表里面就什么都可以塞

l <- list(1,"666",c(2,3,4))

print(l)

print(class(l))

1

2

3

4

1

2

3

4

[[1]]

[1] 1

[[2]]

[1] “666”

[[3]]

[1] 2 3 4

[1] “list”

Matrices 矩阵矩阵是二维矩形数据集。 它可以使用矩阵函数的向量输入创建。

# 第一个参数指的是矩阵中的元素内容,第二三个参数指的是矩阵的行和列,最后一个参数指的是按行排列还是按列排列

M = matrix( c('a','a','b','c','b','a'), nrow = 2, ncol = 3, byrow = TRUE)

print(M)

M = matrix( c('a','a','b','c','b','a'), nrow = 2, ncol = 3, byrow = FALSE)

print(M)

print(class(M))

1

2

3

4

5

6

1

2

3

4

5

6

在这里插入描述

Arrays 数组虽然矩阵被限制为二维,但阵列可以具有任何数量的维度。 数组函数使用一个 dim 属性创建所需的维数。

a <- array(c(1,2,3,4),dim = c(3,3,2))

print(a)

print(class(a))

print(a[2,2,1])

1

2

3

4

1

2

3

4

在这里插入描述

Factors 因子因子是使用向量创建的 r 对象。 它将向量与向量中元素的不同值一起存储为标签。 标签总是字符,不管它在输入向量中是数字还是字符或布尔等。 它们在统计建模中非常有用。

color <- c('green','green','yellow','red','red','red','green')

f <- factor(color)

print(color)

print(f)

print(nlevels(f))

print(class(s))

1

2

3

4

5

6

1

2

3

4

5

6

在这里插入描述

Data Frames 数据帧数据帧是表格数据对象。 与数据帧中的矩阵不同,每列可以包含不同的数据模式。 第一列可以是数字,而第二列可以是字符,第三列可以是逻辑的。 它是等长度的向量的列表。

BMI <- dataframe(

gender = c("Male", "Male","Female"),

height = c(152, 1715, 165),

weight = c(81,93, 78),

Age = c(42,38,26)

)

print(BMI)

print(class(BMI))

1

2

3

4

5

6

7

8

1

2

3

4

5

6

7

8

在这里插入描述

参考网址:w3c

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蛋白质相互作用数据库见下表所示:数据库名

BIND

DIP

IntAct

InterDom

MINT

STRING

HPRD

HPID

MPPI

蛋白质相互作用的预测方法很非常多,以下作了简单的介绍

1)系统发生谱

这个方法基于如下假定:功能相关的(related)基因,在一组完全测序的基因组中预期同时存在或不存在,这种存在或不存在的模式(pattern)被称作系统发育谱;如果两个基因,它们的序列没有同源性,但它们的系统发育谱一致或相似.可以推断它们在功能上是相关的。

2

2)基因邻接

这个方法的依据是,在细菌基因组中,功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域,构成一个 *** 纵子,这种基因之间的邻接关系,在物种演化过程种具有保守性,可以作为基因产物之间功能关系的指示。这个方法似乎只能适用于进化早期的结构简单的微生物。所以在人的蛋白质相互作用预测时不采用这个方法。

3)基因融合事件

这个方法基于如下假定:由于在物种演化过程中发生了基因融合事件,一个物种的两个(或多个)相互作用的蛋白,在另一个物种中融合成为一条多肽链,因而基因融合事件可以作为蛋白质功能相关或相互作用的指示。

4)镜像树

这个方法的思想是,功能相关的蛋白质或同一个蛋白的域之间,受功能约束,其进化过程应该保持一致,即呈现共进化(CO—evolution)特征,通过构建和比较它们的系统发育树,如果发现树的拓扑结构显示相似性,这种相似的树被称作镜像树,那么,可以推测建树基因的功能是相关的。

5)突变关联

物理上相互接触的蛋白质,比如处在同一个结构复合物中的蛋白质,其中一个蛋白质在进化过程中累计的残基变化,通过在另一个蛋白质中发生相应的变化予以补偿,这种现象被称作关联突变。

6)

序列信号关联

3

通过检查实验上已经证实的相互作用蛋白质对,发现序列特征信号

(sequence-signatures)在不同对的相互作用蛋白中重复地出现,这一现象被称作序列信号关联。利用序列域信号关联作为相互作用蛋白质的识别指示,可以预测未知功能蛋白与已知蛋白的相互作用,减少直接实验的搜索空间。

7)保守的蛋白间相互作用

相互作用的蛋白质在物种演化过程中具有保守性,因此,可以通过在一个物种中建立的蛋白质相互作用网络,预测其它物种的蛋白质间相互作用。这是后基因组时代产生的一个分子进化概念,使人们联想到直系同源基因(orthologs)和平行同源基因(paralogs)两个概念。Walhout首先提出了”interologs”这个新概念,后由Matthews等利用酵母双杂交法分析了1195个酿酒酵母相互作用蛋白在线虫(Celegans)中的保守性,获得了

16%-31%线虫保守相互作用蛋白,它们主要集中在核心代谢过程(coremetabolicprocesses)并预期随着亲缘关系的远近,保守性作相应变化。

8)同源结构复合物

设想三维结构已知的蛋白质复合物,各自的同家族成员以同样的方式发生相互作用

9)进化速率关联

蛋白质的进化速率由这个蛋白质同其它蛋白质发生相互作用的数量决定,并呈负相关,即相互作用的数量越多进化速率越低,而不是通常设想的蛋白质的进化速率由这个蛋白质对机体的重要性决定,这是一个极重要的概念。Fraser等13Ol利用一组实验上证实的酵母相互作用蛋白,量化分析了进化速率、适合度(fitness)和序列共进化(sequenceCO—evolution)之间的关系;统计分析显示,在酵母蛋白质相互作用网络中,连接点越多的蛋白质进化速率进化越低,可能的原因是,这些蛋白质需要与更多的相互作用伴体(partner)共进化。

10)共鸣识别模型MRRM预测蛋白质相互作用

从蛋白质一级结构预测蛋白质相互作用,它假设生物分子(包括蛋白质和DNA)之间的相互作用是通过共鸣能量的传递来实现的,RRM恰当地引入了一些蛋白质的物理参数,并且运用了信号分析方法(DigitalSignalAnalysis,DSP)使得对于蛋白质和基因的分析脱离了局部性。

11)通过Domain相互作用来预测蛋白质相互作用

Domain是蛋白质最小的功能单元,它们之间的相互作用一定程度上就决定了蛋白质之间的相互作用。按照这个方法将所有的氨基酸序列进行聚类,如果类与类之间的相互作用的序列对的个数超过了一定阈值,则表示与两个类的代表序列同源的蛋白质之间都可能会发生相互作用。

12)根据蛋白结构来预测蛋白相互作用

Lappe等人认为,虽然蛋白质之间的相互作用并不能直接用作预测,但是在结构上相似的蛋白质将有可能具有相似的功能,至少会给出一定的功能提示。分类的原则可按照SCOP给出的层次进行,分类方法是将已知序列的蛋白质相互作用对分别与SCOP的典型结构进行匹配,使之对应到每一个类中。预测已知与其他蛋白相互作用关系的蛋白的序列结构可以列出该蛋白结构组成的最大可能情况。

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