转录组测序所得的数据，怎样传到NCBI的SRA数据库

xshell连接NCBI服务器 输入命令 ftp

连接成功后输入账号 密码

mkdir命令创建一个文件夹，以你的BioProject accession命名

FTP 连接成功后连接成功后

进入刚才建立的BioProject文件夹

把原始数据拖进去即可

传输过程中，如果一定时间（五分钟？）没有激活传输界面，可能会导致连接断开

进度可能会一直停在99%，重新连接成功后，也一直卡在99%，不过似乎数据还是上传成功了的

传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失 传输成功的会显示linked，同时FTP里对应的文件会消失

全部文件夹都传输成功了会变成queued

然后就等NCBI处理了

不管你用什么东东，你下文件总得给出文件地址或者文件参数再下载，所以本质上没太多区别。

你的逻辑是从数据库拿数据然后生成文件，然后再下载；

首先你得把数据拿出来，然后用io类生成临时文件，如果为了偷懒，想直接给个url就完了，那就把文件生在工程根目录下比如：proname/downtemp/1234doc

然后把绝对路径给出，就可以下载了 ，这中间可能要跳转一下，因为你是临时产生，不是直接下载。

我觉得你要实现的这个可能跟SpringMvc的关系不是很大。你要达到的目的其实就是在jvm启动的时候把数据库数据加载一份到内存，一个静态变量和一个静态初始化块就可以搞定你的问题，这两者都是在类加载的时候初始化一次，像前面回答的一样，你可以用一个HashMap搞定。稍微具体来说，一个静态变量public static final Map<key,value> cache=new HashMap<key,value>()static { cache=请求数据库 *** 作}key你自己加，String还是int都行，value是你数据库的结构，可以写个实体。获取的时候直接cacheget(key)就可以了。

亲！！我想问问你怎么下载NCBI上的数据库的，有的好大啊！我现在需要microbe的序列，但是那个好像10G，下 了一半又得从头开始下，无语了。能教我一下吗？

另外，您是在国内还是国外内？是研究生还是本科生还是工作人员呢？以前发过论文嘛？

如果您的发现确实是新的，确实有突破(有可能别人已经发过相似的论文，只不过您不知道而已)，是可以发的。

方法/步骤

进入NCBI主页，选择Nucleotide数据库

在Nucleotide数据库的检索框中输入甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的基因名（GAPDH）或者基因的GenBank号：X026621。点击搜索。在右边Top Organisms中选择物种来源，点More可以显示更多隐藏选项

选择所需要的物种信息

GenBank会根据设定的检索条件得出相应结果，选择所需要的序列

点击相应序列打开详序列的细信息，默认为GBFF(GenBank Flat File)格式文件。主要包括以下三部分组成：第一部分：描述符，其中包含了关于整个记录的信息；第二部分：特征表，包含了注释这一记录的特性；第三部分：核酸序列本身；在最后一行以“// ”结尾

在这里也可以选择FASTA格式。

FASTA格式又称Pearson 格式

特点：最常用、最简单的序列注释格式

命名规则：

1、以大于号“>"起始

2、 标题行(a single-line description) 位于文件的第一行

3、 序列行随后，序列行中不允许有空间，每行文字不超 过80个字符

4、组成序列信息字符串的符号应为IUB/IUPAC（International Union Of Pure And Applied Chemistry）核苷酸或氨基酸的符号

5、核苷酸字符大小写均可，氨基酸字符应大写

6、"-"单个连字符表示一个空位 “gap”

7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示，氨基酸用X表示

8、 氨基酸序列中“”表示终止

导出序列时点击Send to

在d出的窗口选择文件单选按钮

在下拉框中选择你需要的文件格式

点击创建文件即可开始下载，下载后的文件可以通过任意文本编辑软件打开。由于NCBI上的文件采用的是Unix/Linux文本格式，而Unix系统里，每行结尾只有“<换行>”，即“\n”；但Windows系统里面，每行结尾是“<换行><回车>”，即“\n\r”，在用记事本等软件打开时每行结尾有一个黑方框，这里只需用兼容Unix/Linux文本格式的编辑器打开即可

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