如何利用数据库查询细胞某基因表达情况

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

1、UniProt数据库

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus数据库

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

性能及历史

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

HeLa细胞通过关闭某些信号通路(包括PI3K和MKK4/MAPK信号通路),激活某些信号通路(包括cAMP、Ca~(2+)—CaM、PKC、Ras和P38/MAPK信号通路),激活或抑制不同的信号分子,使细胞产生具有针对性的细胞效应,包括诱导表达多种特异性蛋白(酶、细胞骨架蛋白、细胞因子等)、改变代谢途径、减弱某些代谢、加强另一些代谢以及提高胞内运输能力等,最终使自己可以适应痢疾杆菌的侵袭而生存下去。 为了鉴定在病原菌与寄主细胞相互作用中新的未知的EST序列,我们采用代表约4000个新基因的cDNA微阵列研究了痢疾杆菌入侵前和入侵后3h的人上皮细胞差异表达的新基因,结果共鉴定到≥3倍或≤0.33的差异表达的代表新基因的EST序列76条,然后这些EST序列采用Siclone软件分析,进行电子延伸,在BLAST比较分析之后,其中25个延伸序列鉴定为与重要的肠道功能相关的已知基因,包括痢疾杆菌-诱导的凋亡(TPPⅡ)、细胞骨架(如actin、talin、cofilin和gelsolin)、离子转运(calpain-5、Nedd4和Calcium-transporting ATPaseⅠ)、离子通道功能(如ABCA8、TPD52等)、粘膜屏障防御(CLECSF2)、异型生物质代谢以及上皮细胞的保护机制(vof-16)。更为重要性的是,通过RT-PCR克隆并测序,经BLAST搜索,鉴定到3个显著差异的新的EST序列,并用荧光实时定量RT-PCR实验证实这三个新序列的确在痢疾杆菌侵袭期间高表达。这三个基因是新的人基因或假基因,其相关信息已提交GeneBank,登录号为nos.AY776160,AY776161和AY776162。我们认为它们在细胞对痢疾杆菌2457T侵袭反应中起重要的作用。这些结果促进了对痢疾杆菌分子致病机理的认识,也为形成预防和治疗痢疾的策略提供了理论基础。

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