哪位大神会用mac做本地blast

Blast本地化详细攻略（基于Windows系统）by Fredy 二0一0-一二-一陆 一漆:四0 | (分类:默认分 类) 最近终于把Blast本地化弄明白了，参照中国上的攻略稍微整理了一下，希望能给学生物的朋友带来一些方便，毕竟好的生物信息学分析是成功的一半嘛~~ 一. 从NCBI上下载Blast本地化程序，下载地址： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/二.二.9/blast-二.二.9-ia三二-win三二.exe 安装得到的Blast本地化软件安装包，安装路径例如"C:\Blast\bin\"。 二. 从相关生物信息学中国站上下载数据库，如NCBI的nt库，DFCI的相关EST数据库或者是用户自己建立的fasta格式的核酸序列文件等，将数据库文件移动至Blast本地化程序目录“C:\Blast\bin” 三. 用文本编辑器（txt文件改名字及后缀）创建一个ncbi.ini文件，文件包含下面内容： [NCBI]Data="C:\blast\data\" 将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 四. 将Blast本地化程序目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的 *** 作带来方便），方法： a)右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量，设置环境变量 b)系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加Blast本地化程序所在路径，如“C:\Blast\bin”，点击确定，将安装路径添加到path。 5. 测试，打开dos窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输入"cmd”，确定），键入"blastall”，回车，如果安装正确，将显示blastall的所有参数说明。如果之前没有进行步骤四，则访问Blast本地化程序所在文件夹后输入"blastall"进行测试。 【访问文件夹时可能用到dos命令有盘符切换"X:"及路径切换"cd \blast\bin”】 陆. 下载得到的数据库为fasta格式，需要经过格式转化后才能进行blast，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入格式化数据库命令： formatdb.exe -i nt.fas -p F -o F 命令中nt.fasta可换为其他预进行格式化的原始fasta数据库文件，稍等片刻，电脑完成数据库的格式化，会在在原数据库文件所在文件夹生成一系列文件，格式化过程无系统报错，Blast本地化体系即构建完成。 漆. Blast本地化：在Blast本地化程序所在文件夹创建test.txt文件，将需要Blast的序列以fasta格式存于该文件中，打开dos窗口，访问Blast本地化程序所在文件夹，输入Blastn命令： blastall -p blastn -d nt.fas -i test.txt -o out.txt wk_ad_begin({pid : 二一})wk_ad_after(二一, function(){$('.ad-hidden').hide()}, function(){$('.ad-hidden').show()}) 稍等片刻，Blast结果即存于系统自动生成的out.txt文件中。 此外就是建议将常用命令保存在一个txt文件中，需要时直接在dos里面用鼠标右键粘贴就ok了。在test.txt中以fasta格式存储多个序列可以一次得到比对多个序列的结果

Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介绍： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

可以在电脑安装一个MySQL数据库，MySQL 是一个关系型数据库管理系统，由瑞典 MySQL AB 公司开发，目前属于 Oracle 旗下公司。

下面的是MySQL安装的图解，用的可执行文件安装的，详细说明了一下！打开下载的mysql安装文件mysql-5.0.27-win32.zip，双击解压缩，运行“setup.exe”，出现如下界面

mysql安装图文教程1

mysql安装向导启动，按“Next”继续

mysql图文安装教程2

选择安装类型，有“Typical（默认）”、“Complete（完全）”、“Custom（用户自定义）”三个选项，我们选择“Custom”，有更多的选项，也方便熟悉安装过程:

mysql图文安装教程3

在“Developer Components（开发者部分）”上左键单击，选择“This feature, and all subfeatures, will be installed on local hard drive.”，即“此部分，及下属子部分内容，全部安装在本地硬盘上”。在上面的“MySQL Server（mysql服务器）”、“Client Programs（mysql客户端程序）”、“Documentation（文档）”也如此 *** 作，以保证安装所有文件。点选“Change...”，手动指定安装目录。

mysql图文安装教程4

填上安装目录，我的是“F:\Server\MySQL\MySQL Server 5.0”，也建议不要放在与 *** 作系统同一分区，这样可以防止系统备份还原的时候，数据被清空。按“OK”继续。

mysql图文安装教程5

返回刚才的界面，按“Next”继续

mysql图文安装教程6

确认一下先前的设置，如果有误，按“Back”返回重做。按“Install”开始安装。

mysql图文安装教程7

正在安装中，请稍候，直到出现下面的界面

mysql图文安装教程8

这里是询问你是否要注册一个mysql.com的账号，或是使用已有的账号登陆mysql.com，一般不需要了，点选“Skip Sign-Up”，按“Next”略过此步骤。

mysql图文安装教程9

现在软件安装完成了，出现上面的界面，这里有一个很好的功能，mysql配置向导，不用向以前一样，自己手动乱七八糟的配置my.ini了，将 “Configure the Mysql Server now”前面的勾打上，点“Finish”结束软件的安装并启动mysql配置向导。

mysql图文安装教程10

mysql配置向导启动界面，按“Next”继续

mysql图文安装教程11

选择配置方式，“Detailed Configuration（手动精确配置）”、“Standard Configuration（标准配置）”，我们选择“Detailed Configuration”，方便熟悉配置过程。

mysql图文安装教程12

选择服务器类型，“Developer Machine（开发测试类，mysql占用很少资源）”、“Server Machine（服务器类型，mysql占用较多资源）”、“Dedicated MySQL Server Machine（专门的数据库服务器，mysql占用所有可用资源）”，大家根据自己的类型选择了，一般选“Server Machine”，不会太少，也不会占满。

mysql图文安装教程13

选择mysql数据库的大致用途，“Multifunctional Database（通用多功能型，好）”、“Transactional Database Only（服务器类型，专注于事务处理，一般）”、“Non-Transactional Database Only（非事务处理型，较简单，主要做一些监控、记数用，对MyISAM数据类型的支持仅限于non-transactional），随自己的用途而选择了，我这里选择“Transactional Database Only”，按“Next”继续。

mysql图文安装教程14

对InnoDB Tablespace进行配置，就是为InnoDB 数据库文件选择一个存储空间，如果修改了，要记住位置，重装的时候要选择一样的地方，否则可能会造成数据库损坏，当然，对数据库做个备份就没问题了，这里不详述。我这里没有修改，使用用默认位置，直接按“Next”继续

mysql图文安装教程15

选择您的网站的一般mysql访问量，同时连接的数目，“Decision Support(DSS)/OLAP（20个左右）”、“Online Transaction Processing(OLTP)（500个左右）”、“Manual Setting（手动设置，自己输一个数）”，我这里选“Online Transaction Processing(OLTP)”，自己的服务器，应该够用了，按“Next”继续

mysql图文安装教程16

是否启用TCP/IP连接，设定端口，如果不启用，就只能在自己的机器上访问mysql数据库了，我这里启用，把前面的勾打上，Port Number：3306，在这个页面上，您还可以选择“启用标准模式”（Enable Strict Mode），这样MySQL就不会允许细小的语法错误。如果您还是个新手，我建议您取消标准模式以减少麻烦。但熟悉MySQL以后，尽量使用标准模式，因为它可以降低有害数据进入数据库的可能性。按“Next”继续

mysql图文安装教程17

西文编码，第二个是多字节的通用utf8编码，都不是我们通用的编码，这里选择第三个，然后在Character Set那里选择或填入“gbk”，当然也可以用“gb2312”，区别就是gbk的字库容量大，包括了gb2312的所有汉字，并且加上了繁体字、和其它乱七八糟的字——使用mysql的时候，在执行数据 *** 作命令之前运行一次“SET NAMES GBK”（运行一次就行了，GBK可以替换为其它值，视这里的设置而定），就可以正常的使用汉字（或其它文字）了，否则不能正常显示汉字。按 “Next”继续。

mysql图文安装教程18

选择是否将mysql安装为windows服务，还可以指定Service Name（服务标识名称），是否将mysql的bin目录加入到Windows PATH（加入后，就可以直接使用bin下的文件，而不用指出目录名，比如连接，“mysql.exe -uusername -ppassword”就可以了，不用指出mysql.exe的完整地址，很方便），我这里全部打上了勾，Service Name不变。按“Next”继续。选择是否将mysql安装为windows服务，还可以指定Service Name（服务标识名称），是否将mysql的bin目录加入到Windows PATH（加入后，就可以直接使用bin下的文件，而不用指出目录名，比如连接，“mysql.exe -uusername -ppassword”就可以了，不用指出mysql.exe的完整地址，很方便），我这里全部打上了勾，Service Name不变。按“Next”继续。

mysql图文安装教程19

这一步询问是否要修改默认root用户（超级管理）的密码（默认为空），“New root password”如果要修改，就在此填入新密码（如果是重装，并且之前已经设置了密码，在这里更改密码可能会出错，请留空，并将“Modify Security Settings”前面的勾去掉，安装配置完成后另行修改密码），“Confirm（再输一遍）”内再填一次，防止输错。 “Enable root access from remote machines（是否允许root用户在其它的机器上登陆，如果要安全，就不要勾上，如果要方便，就勾上它）”。最后“Create An Anonymous Account（新建一个匿名用户，匿名用户可以连接数据库，不能 *** 作数据，包括查询）”，一般就不用勾了，设置完毕，按“Next”继续。

mysql图文安装教程20

确认设置无误，如果有误，按“Back”返回检查。按“Execute”使设置生效。

设置完毕，按“Finish”结束mysql的安装与配置——这里有一个比较常见的错误，就是不能“Start service”，一般出现在以前有安装mysql的服务器上，解决的办法，先保证以前安装的mysql服务器彻底卸载掉了；不行的话，检查是否按上面一步所说，之前的密码是否有修改，照上面的 *** 作；如果依然不行，将mysql安装目录下的data文件夹备份，然后删除，在安装完成后，将安装生成的 data文件夹删除，备份的data文件夹移回来，再重启mysql服务就可以了，这种情况下，可能需要将数据库检查一下，然后修复一次，防止数据出错。

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