如何利用NCBI数据库进行基因多态性分析

如何利用NCBI数据库进行基因多态性分析,第1张

在NCBI 上查找基因,挺多人都在问这个。当然,对于经常泡NCBI 的人来说,查找基因是

入门的、基础的,对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。

当然了,直到现在,虽说已经会了一些,但在NCBI 查找基因,虽说是基础但也是挺复杂的

今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)”来作为例子,物种是豆科的。

1,打开NCBI,选择核苷酸(Nucleotide)数据库,填上Phenylalanine ammonia-lyase,

点击GO,搜索

2,我们来看结果,总共有1022 个,结果太多了,有时候刚好你要的结果在第一页的话,

那就好办。不是的话,你慢慢的找,实在不是办法。特别是网络不好时,上NCBI 又很慢,

的确是一种折磨。

3,这个时候我们可以再想办法缩少范围,比方你要找的是豆科的,我们来大豆(soybean)

来作例子。在搜索时加上soybean,结果将会大大减少。

4,这时候结果已经一目了然,这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确

的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID,再回到Nucleotide 数据库,

搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “,txid 是taxonomy ID 是缩写,3847 是大豆

soybean 的taxonomy ID。这样子,将搜索范围锁定在大豆。

5,看下图,出来的结果都是大豆的,这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列

6,进入序列页面,默认是GenBank 格式,你也可以选择Fasta 格式,一般都是保存为Fasta格式。

NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写,指美国国家生物技术信息中心,建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统,除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。


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