如何利用NCBI数据库进行基因多态性分析

在NCBI 上查找基因，挺多人都在问这个。当然，对于经常泡NCBI 的人来说，查找基因是

入门的、基础的，对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。

当然了，直到现在，虽说已经会了一些，但在NCBI 查找基因，虽说是基础但也是挺复杂的

今天要讲的。

今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase，PAL)”来作为例子，物种是豆科的。

1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，

点击GO，搜索

2，我们来看结果，总共有1022 个，结果太多了，有时候刚好你要的结果在第一页的话，

那就好办。不是的话，你慢慢的找，实在不是办法。特别是网络不好时，上NCBI 又很慢，

的确是一种折磨。

3，这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）

来作例子。在搜索时加上soybean，结果将会大大减少。

4，这时候结果已经一目了然，这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确

的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID，再回到Nucleotide 数据库，

搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “，txid 是taxonomy ID 是缩写，3847 是大豆

soybean 的taxonomy ID。这样子，将搜索范围锁定在大豆。

5，看下图，出来的结果都是大豆的，这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列

6，进入序列页面，默认是GenBank 格式，你也可以选择Fasta 格式，一般都是保存为Fasta格式。

NCBI是National Center for Biotechnology Information的缩写，指美国国家生物技术信息中心，建立于1988年。NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统，除了建有GenBank核酸序列数据库（该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构）之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。

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