简述pubmed数据库中高级检索的步骤及方法

简述pubmed数据库中高级检索的步骤及方法,第1张

步骤:

打开电脑上的浏览器,然后再浏览器地址界面里输入百度主页的地址(当然,如果大家能够将Pubmed数据库的网址默写出来也可以直接将地址输入到浏览器地址框里),因为这里不允许贴地址,所以就不放地址出来,大家按照后面流程获取。

在百度搜索框里输入Pubmed关键词,然后点击搜索按钮进行搜索,这里就可以看见搜索结果的前几个网站就是Pubmed网站的地址。

选择一个网站进入,然后进入到Pubmed网站主页,点击搜索框下面的Advance按钮进入到高级搜索界面。

进入高级搜索界面之后,点击搜索界面的All filed选择搜索范围,可以选择各种各样的范围进行搜索。

小编这里选择title和Date两个范围进行搜索,在title后面的输入框里输入想要搜索的文献的关键词,第二行选择文献发表的时间,这里如果需要更多的范围限制的话,可以点击第二行后面的+号按钮添加搜索范围限制。

在搜索框里填写关键词的同时,上面的搜索框里会将整个搜索表达式展示出来,我这里显示的是:(IT[Title]) AND ("2014"[Date - Publication] : "3000"[Date - Publication])

完成上述步骤之后,然后点击下面的Search按钮展示出搜索结果。

跳转到搜索结果界面,在搜索框里展示了刚刚出现的检索表达式,下面就是搜索出来的文献。

PubMed 是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学,但亦包括其他与医学相关的领域,像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的资源,像是生化学与细胞生物学。该搜寻引擎是由美国国立医学图书馆提供,作为 Entrez 资讯检索系统的一部分。PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文,但可能提供指向全文提供者(付费或免费)的链接。

PubMed是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据,3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线,也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等。

分子生物学数据库大全:核酸数据库、基因表达数据库、蛋白数据库、糖数据库、专利数据库等国际顶尖数据库列表可以在生物帮那里找到的,我一般找资料,最新资讯都是到那里的,他们比较专业,权威,也比较全面,技术文档,视频,产品都蛮丰富的。年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具,分析下列未知序列,输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤:

打开google 首页,搜索VecScreen,进入VecScreen首页,复制序列,运行,View report。

二、结果:

输出序列长度918bp,

载体序列的区域456bp——854bp.

克隆载体:M13mp18 phage,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2。

2、使用相应工具,分析下列未知序列的重复序列情况,输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。

一、步骤:

进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。得出序列是human的。

进入google首页,搜索RepeatMasker,进入RepeatMasker主页,进入RepeatMasking,复制序列,DNA source选择human,运行!点击超链接,在结果中选择

Annotation File :RM2sequpload_1287631711.out.html

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析下列未知序列,输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤:

进入google首页,搜索CpGPlot,进入CpGPlot主页,program中选择cpgreport复制序列,运行!

二、结果:

CpG岛的长度:385bp

区域:48——432;

GC数量:Sum C+G=297,百分数=77.14

Obs/Exp:1.01

4、预测下面序列的启动子,输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤:

进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页,搜索Neural Network Promoter Prediction,进入主页,复制序列,选择eukaryote,运行!

二、结果:

位置:711—761 ,1388—1438,1755—1805;

5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列,分别输出内含子-外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤:

进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页,搜索Splice Site Prediction,进入主页,复制序列。Organism选择Human or other。其他默认,运行!

二、结果:

供体:

受体:

6、对下面序列进行六框翻译,利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的,输出六框翻译(抓图)和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤:

进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST。得出序列是Zea的

进入google首页;搜索NCBI,进入主页,选择all resources(A~Z),选择O,选择ORF finder。复制序列,默认,运行!

二、结果:ORF图

三、步骤:进入google首页,搜索GENESCAN,进入主页,Organism:Maize, ,其他默认,运行!

四、结果:

G7、进入REBASE限制性内切酶数据库,输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。

一、步骤:进入google首页,google in English,搜索REBASE,进入主页, 分别输入AluI、MboI、EcoI,运行!

在MboI中选择第一个,EcoI选择第二个。

二、结果:

ENSCAN图

8、使用引物设计工具,针对下列未知序列设计一对引物,要求引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物(Forward Primer and Reverse Primer)、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤:进入google首页,搜索genefisher,进入主页,复制fasta格式,chechk input, sunmit, ; ;设置一下引物长度为20-25bp,扩增产物长度300-500bp,退火温度为50-60℃; 。

二、结果:

GC含量:

引物的位点:

Tm值:

产物长度:。

9、将下面的序列用NEBcutter 2.0工具分析,用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切,并用抓图提交胶图(view gel),要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。

一、步骤:

进入google首页,进入ICBI主页,对序列进行BLAST,得知是linear。

进入google首页,搜索NEBcutter 2.0,进入主页,选择linear,运行!选择custom digest, ,把“1”改为“4”,选择平末端,后digest。View gel。选择1.4% agarose和Marker为100bp。

二、结果:

然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物

NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库

数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较(BLASTN)

蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP)

两序列比对(Align two sequences)

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析实验序列外显子部分——GENSCAN(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)

分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)

注: Custom digest -- view gel

限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

设计引物扩增实验序列——Genefisher

Primer 3

蛋白质序列分析及结构预测:

1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy(Compute pI/Mw)

2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam)

3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)

4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass) [* :kinase K]

5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP)

6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)

多物种分子系统发育分析:EMBL(www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂联素蛋白质序列:NP_004788

人类胰岛素生长因子IB前体:P05019


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