国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
1、UniProt数据库
蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
2、The Human Protein Atlas数据库
The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息,并提供免费查询。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在人类48种正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员校对和标引,保证染色结果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus数据库
PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。
该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。
性能及历史
蛋白质数据库(HPDB),建于2005年5月,动态展示生物大分子立体结构,鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离,可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。
分子结构特征描述采用汉语,同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者,我们提倡直接访问RCSB PDB,一来可以减少网络拥挤,二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。
蛋白质数据库(HPDB)对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译(最新加入数据库的分子除外),内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库,因此HPDB支持中文查询。
蛋白质数据库(HPDB)虽然翻译了“分子结构说明”部分,但为了保证数据的可靠性和准确性,HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动,数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件,并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。
一级。一级蛋白质数据库:存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如X射线衍射法获得的蛋白质三级结构等。MMDB就属于其中。
英语缩略词“MMDB”经常作为“MassMemoryDataBase”的缩写来使用,中文表示:“大容量存储器数据库”。
蛋白质三级结构数据库是《生物信息学》里面的内容。简单来说就是已知一段氨基酸序列的空间构象(三级结构),若另一蛋白质分子中含有这段氨基酸序列,就可以大致推断这个蛋白质的空间构象(三级结构),而由这些已知的氨基酸序列的三级结构构成的库就是相应的数据库_蛋白质三级结构数据库。
也就是说如果将一个未知的蛋白质分子的氨基酸序列进行分段,而每段氨基酸序列之前有人对其空间构象和功能进行了研究并有了结果,然后上传到数据库里,那么我们就可以在已知数据库里面进行搜索匹配(那个未知蛋白质要先做氨基酸测序),然后用能够匹配的序列的空间构象来推测我们要测的蛋白质的空间构象,进而分析这个未知蛋白质的功能。
这是数据库的一个作用,另一个作用是用来分析物种的亲缘关系,至于其他作用要去看《生物信息学》这本书。
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