primer blast怎么用

Primer-BLAST，在线设计用于聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物。

这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。

方法：

引物长度：15-30bp为宜，常用20bp左右

引物扩增跨度：以200-500为宜

引物碱基：G+C含量以40%-60%为宜，太少扩增效果不佳，过多易出现非特异性条带。ATGC最好随机分布。

避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3'端，容易出现引物二聚体，产生非特异性条带

引物3'端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基要严格配对，以免末端碱基不配对导致PCR失败

引物中加入合适的酶切位点

引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其他程序无明显同源性。

聚合酶链式反应（英文全称：Polymerase Chain Reaction）,聚合酶链式反应

简称PCR聚合酶链式反应（PCR）是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变性、低温退火（复性）及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使目的DNA得以迅速扩增,具有特异性强、灵敏度高、 *** 作简便、省时等特点它不仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究,还可用于疾病的诊断或任何有DNA,RNA的地方．聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,简称PCR）又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术

编辑本段发展简史

人类对于核酸的研究已经有100多年的历史20世纪60年代末70年代初,人们致力于研究基因的体外分离技术但是,由于核酸的含量较少,一定程度上限制了DNA的体外 *** 作Khorana于1971年最早提出核酸体外扩增的设想但是,当时的基因序列分析方法尚未成熟,对热具有较强稳定性的DNA聚合酶还未发现,寡核苷酸引物的合成仍处在手工、半自动合成阶段,这种想法似乎没有任何实际意义 1985年,美国科学家Kary Mullis在高速公路的启发下,经过两年的努力,发明了PCR技术,并在Science杂志上发表了关于PCR技术的第一篇学术论文从此,PCR技术得到了生命科学界的普遍认同,Kary Mullis也因此而获得1993年的诺贝尔化学奖 但是,最初的PCR技术相当不成熟,在当时是一种 *** 作复杂、成本高昂、“中看不中用”的实验室技术1988年初,Keohanog通过对所使用的酶的改进,提高了扩增的真实性而后,Saiki等人又在黄石公园从生活在温泉中的水生嗜热杆菌内提取到一种耐热的DNA聚合酶,使得PCR技术的扩增效率大大提高也正是由于此酶的发现使得PCR技术得到了广泛地应用,使该技术成为遗传与分子生物学 分析的根本性基石在以后的几十年里,PCR方法被不断改进：它从一种定性的分析方法发展到定量测定；从原先只能扩增几个kb的基因到目前已能扩增长达几十个kb的DNA片段到目前为止,PCR技术已有十几种之多,例如,将PCR与反转录酶结合,成为反转录PCR,将PCR与抗体等相结合就成为免疫PCR等

编辑本段技术原理

DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶与启动子的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝在聚合酶链式反应

实验中发现,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制 但是,DNA聚合酶在高温时会失活,因此,每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不仅 *** 作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展发现耐热DNA聚合同酶--Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床

编辑本段工作原理

类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物PCR由变性--退火（复性）--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA的变性：模板DNA经加热至94℃左右一定时聚合酶链式反应

间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备；②模板DNA与引物的退火（复性）：模板DNA经加热变性成单链后,温度降至40~60℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在DNA聚合酶的作用下,于72℃左右,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板每完成一个循环需2～4分钟,2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍

编辑本段反应特点

特异性强 PCR反应的特异性决定因素为： ①引物与模板DNA特异正确的结合； ②碱基配对原则； ③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性； ④靶基因的特异性与保守性 其中引物与模板的正确结合是关键引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的聚合酶合成反应的忠实性及Taq DNA聚合酶耐高温性,使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行,结合的特异性大大增加,被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度再通过选择特异性和保守性高的靶基因区,其特异性程度就更高 灵敏度高 PCR产物的生成量是以指数方式增加的,能将皮克(pg=10-12）量级的起始待测模板扩增到微克（μg=10-6）水平能从100万个细胞中检出一个靶细胞；在病毒的检测中,PCR的灵敏度可达3个RFU（空斑形成单位）；在细菌学中最小检出率为3个细菌 简便、快速 PCR反应用耐高温的Taq DNA聚合酶,一次性地将反应液加好后,即在DNA扩增液和水浴锅上进行变性-退火-延伸反应,一般在2～4 小时完成扩增反应扩增产物一般用电泳分析,不一定要用同位素,无放射性污染、易推广 对标本的纯度要求低 不需要分离病毒或细菌及培养细胞,DNA 粗制品及RNA均可作为扩增模板可直接用临床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等DNA扩增检测

编辑本段反应五要素

参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+ 引物：引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增 设计引物应遵循以下原则： ①引物长度：15-30bp,常用为20bp左右 ②引物扩增跨度：以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段 ③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列 ④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3'端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带 ⑤引物3'端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败 ⑥引物中有或能加上合适的酶切位点, 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点, 这对酶切分析或分子克隆很有好处 ⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性引物量：每条引物的浓度01～1umol或10～100pmol,以最低引物量产生所需要的结果为好,引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会

编辑本段反应体系与反应条件

标准的PCR反应体系： 10×扩增缓冲液10ul 4种dNTP混合物各200umol/L 引物各10～100pmol 模板DNA01～2ug TaqDNA聚合酶25u Mg2+15mmol/L 加双或三蒸水至100ul PCR反应五要素：参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和缓冲液（其中需要Mg2+)

编辑本段PCR反应条件的选择

PCR反应条件为温度、时间和循环次数 温度与时间的设置：基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸三个温度点在标准反应中采用三温度点法,双链DNA在90～95℃变性,再迅速冷却至40 ～60℃,引物退火并结合到靶序列上,然后快速升温至70～75℃,在Taq DNA 聚合酶的作用下,使引物链沿模板延伸对于较短靶基因（长度为100～300bp时）可采用二温度点法, 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一,一般采用94℃变性,65℃左右退火与延伸（此温度Taq DNA酶仍有较高的催化活性） ①变性温度与时间：变性温度低,解链不完全是导致PCR失败的最主要原因一般情况下,93℃～94℃min足以使模板DNA变性,若低于93℃则需延长时间,但温度不能过高,因为高温环境对酶的活性有影响此步若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性,就会导致PCR失败 ②退火（复性）温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素变性后温度快速冷却至40℃～60℃,可使引物和模板发生结合由于模板DNA 比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞退火温度与时间,取决于引物的长度、碱基组成及其浓度,还有靶基序列的长度对于20个核苷酸,G+C含量约50%的引物,55℃为选择最适退火温度的起点较为理想引物的复性温度可通过以下公式帮助选择合适的温度： Tm值（解链温度）=4(G+C)+2(A+T) 复性温度=Tm值-(5～10℃） 在Tm值允许范围内, 选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合, 提高PCR反应的特异性复性时间一般为30～60sec,足以使引物与模板之间完全结合 ③延伸温度与时间：Taq DNA聚合酶的生物学活性： 70～80℃ 150核苷酸/S/酶分子 70℃ 60核苷酸/S/酶分子 55℃ 24核苷酸/S/酶分子 高于90℃时, DNA合成几乎不能进行 PCR反应的延伸温度一般选择在70～75℃之间,常用温度为72℃,过高的延伸温度不利于引物和模板的结合PCR延伸反应的时间,可根据待扩增片段的长度而定,一般1Kb以内的DNA片段,延伸时间1min是足够 的3～4kb的靶序列需3～4min；扩增10Kb需延伸至15min延伸进间过长会导致非特异性扩增带的出现对低浓度模板的扩增,延伸时间要稍长些

编辑本段酶及其浓度

目前有两种Taq DNA聚合酶供应, 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶,另一种为大肠菌合成的基因工程酶催化一典型的PCR反应约需酶量25U（指总反应体积为100ul时）,浓度过高可引起非特异性扩增,浓度过低则合成产物量减少 dNTP的质量与浓度　dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系,dNTP粉呈颗粒状,如保存不当易变性失去生物学活性dNTP溶液呈酸性,使用时应配成高浓度后,以1M NaOH或1M TrisHCL的缓冲液将其PH调节到70～75,小量分装, -20℃冰冻保存多次冻融会使dNTP降解在PCR反应中,dNTP应为50～200umol/L,尤其是注意4种dNTP的浓度要相等（ 等摩尔配制）,如其中任何一种浓度不同于其它几种时（偏高或偏低）,就会引起错配浓度过低又会降低PCR产物的产量dNTP能与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度降低 模板（靶基因）核酸　模板核酸的量与纯化程度,是PCR成败与否的关键环节之一,传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本SDS的主要功能是：溶解细胞膜上的脂类与蛋白质,因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜,并解离细胞中的核蛋白,SDS 还能与蛋白质结合而沉淀； 蛋白酶K能水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份,用乙醇或异丙醇沉淀核酸提取的核酸即可作为模板用于PCR反应一般临床检测标本,可采用快速简便的方法溶解细胞,裂解病原体,消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离,直接用于PCR扩增RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法,要防止RNase降解RNA Mg2+浓度　Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的PCR反应中,各种dNTP浓度为200umol/L时,Mg2+浓度为15～20mmol/L为宜Mg2+浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性,使反应产物减少

编辑本段工作步骤

PCR反应的基本过程

标准的PCR过程分为三步（如图所示）： 1DNA变性（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下, 氢键断裂,形成单链DNA 2退火（复性）（40℃-65℃）：系统温度降低,引物与 DNA模板结合,形成局部双链 3延伸（68℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右最佳的活 性）的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′ 端延 伸,合成与模板互补的DNA链 每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量既增加一倍 现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度

编辑本段循环参数

1、预变性（Initial denaturation）． 模板DNA完全变性对PCR能否成功至关重要,一般95℃加热3-5分钟 2、引物退火（Primer annealing） 退火温度一般需要凭实验（经验）决定 退火温度对PCR的特异性有较大影响 3、引物延伸 引物延伸一般在72℃进行（Taq酶最适温度） 延伸时间随扩增片段长短及所使用Taq酶的扩增效率而定 4、循环中的变性步骤 循环中一般95℃,30秒足以使各种靶DNA序列完全变性： 变性时间过长损害酶活性,过短靶序列变性不彻底,易造成扩增失败 5、循环数 大多数PCR含25-35循环,过多易产生非特异扩增 6、最后延伸 在最后一个循环后,反应在72℃维持5-15分钟．使引物延伸完全,并使单链产物退火成双链 PCR-PCR常见问题

编辑本段电泳检测时间

一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚至消失 假阴性,不出现扩增条带 PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及, ④PCR循环条件寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究 模板：①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消 化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚⑤模 板核酸变性不彻底在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处 理,模板核酸提取过程出了毛病,因而要配制有效而稳定的消化处理液,其程序亦应 固定不宜随意更改 酶失活：需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而 导致假阴性需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭 引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不 理想、容易弥散的常见原因有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度 高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为：①选定一个好的引物合成单 位②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决如一条引物亮度高,一条亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分,导致引物变质降解失效④引物设计不合理,如引物长度不够,引物之间形成二聚体等 Mg2+浓度：Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特 异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带 反应体积的改变：通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul或100ul,应用多 大体积进行PCR扩增,是根据科研和临床检测不同目的而设定,在做小体积如20ul 后,再做大体积时,一定要模索条件,否则容易失败

编辑本段物理原因

变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低,变性时间短,极有可能出现假阴性；退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率退火温度过高影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率有时还有必要用标准的温度计,检测一下扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR失败的原因之一 靶序列变异：如靶序列发生突变或缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某 段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的假阳性出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列靶序列太短或引物太短,容易出现假阳性需重新设计引物 靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性这种假阳性可用以下方法解决： *** 作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样q内或溅出离心管外除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒所用离心管及样进q头等均应一次性使用必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸二是空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除 出现非特异性扩增带 PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带非特异性条带的出现,其原因：一是引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增其对策有：必要时重新设计引 物减低酶量或调换另一来源的酶降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数适当提高退火温度或采用二温度点法（93℃变性,65℃左右退火与延伸） 出现片状拖带或涂抹带 PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带其原因往往由于酶量过多或酶的质量 差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起其对策有：减少酶量,或调换另一来源的酶②减少dNTP的浓度适当降低Mg2+浓 度增加模板量,减少循环次数

编辑本段克隆PCR产物

1）克隆PCR产物的最优条件是什么 最佳插入片段：载体比需实验确定1：1（插入片段：载体）常为最佳比,摩尔数比1：8或8：1也行应测定比值范围连接用5ul 2X连接液,50ng质粒DNA,1Weiss单位的T4连接酶,插入片段共10ul室温保温1小时,或4℃过夜在这2种温度下,缺T-凸出端的载体会自连,产生蓝斑室温保温1小时能满足大多数克隆要求,为提高连接效率,需4℃过夜 2)PCR产物是否需要用凝胶纯化 如凝胶分析扩增产物只有一条带,不需要用凝胶纯化如可见其他杂带,可能是积累了大量引物的二聚体少量的引物二聚体的摩尔数也很高,这会产生高比例的带有引物二聚体的克隆,而非目的插入片段为此需在克隆前做凝胶纯化 3）如果没有回收到目的片段,还需要作什么对照实验 A）涂布未转化的感受态细胞 如有菌落,表明氨苄失效,或污染上带有氨苄抗型的质粒,或产生氨苄抗型的菌落 B）转化完整质粒,计算菌落生长数,测定转化效率 例如,将1ug/ul质粒1:100稀释,1ul用于100ul感受态细胞转化用SOC稀释到1000ul后,用100ul铺板培养过夜,产生1000个菌落转化率为：产生菌落的总数/铺板DNA的总量 铺板DNA的总量是转化反应所用的量除以稀释倍数具体而言转化用10ng DNA,用SOC稀释到1000u后含10 ng DNA,用1/10铺板,共用1 ng DNA转化率为： 1000克隆X10（3次方） ng /铺板1 ng DNA ug=10（6次方）cfu/ ug 转化pGEM-T应用10（8次方）cfu/ ug感受态细胞 如没有菌落或少有菌落,感受态细胞的转化率太低 C）如用pGEM-T正对照,或PCR产物,产生>20-40蓝斑（用指定步骤10（8次方）cfu/ ug感受态细胞）,表明载体失去T可能是连接酶污染了核酸酶T4 DNA连接酶（M1801,M1804,M1794）质量标准好无核酸酶污染,不应用其它来源的T4 DNA连接酶替换 D）用pGEM-T或pGEM-T Easy载体,连接pGEM-T正对照,转化高频率感受态细胞（10（8次方）cfu/ug）,按照指定的实验步骤,可得100个菌落,其中60%应为白斑,如产生>20-40蓝斑,没有菌落或少有菌落,连接有问题 4）对照实验结果好,却没有回收到目的片段,实验出了什么问题 A）连接用室温保温1小时,能满足大多数克隆,为提高效率,需4℃过夜 B）插入片段带有污染,使3`-T缺失,或抑制连接,抑制转化为此,将插入片段和pGEM-T正对照混合,再连接如降低了对照的菌落数,插入片段需纯化,或重新制备如产生大量的蓝斑,插入片段污染有核酸酶,使pGEM-T或pGEM-T Easy载体3`-T缺失 C）插入片段不适于连接用凝胶纯化的插入片段,因受UV过度照射,时有发生UV过度照射会产生嘧啶二聚体,不利于连接,DNA必需重新纯化 D）带有修复功能的耐热DNA聚合酶的扩增产物末端无A,后者是pGEM-T或pGEM-T Easy载体克隆所需加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在末端加A详情查pGEM-T pGEM-T Easy载体技术资料（TM042） E）高度重复序列可能会不稳定,在扩增中产生缺失和重排,如发现插入片段高频率地产生缺失和重排,需用重组缺陷大肠杆菌菌株,如SURE细胞

编辑本段PCR反应的分类

SOEing-PCR（重叠PCR）

重叠区扩增基因拼接法,是基于普通PCR 技术衍生出的一种基因融合和定点突变的有效方法众所周知,由于引物只需要与模板有效结合,尤其是5’端序列不必与模板完全配对,因此扩增引物的5’端可以添加一种甚至是两种酶切位点,以便于后期克隆SOEing 法正是利用这一特点,向两个独立基因掺入一段新的序列以达到两个基因出现一个重叠区的目的,3’端的结合使基因融合或定点突变得以实现

RT-PCR（逆转录PCR）

RT-PCR 为反转录RCR（reverse transcription PCR）和实时PCR（real time PCR）共同的缩写逆转录PCR,或者称反转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR）,是聚合酶链式反应（PCR）的一种广泛应用的变形在RT-PCR中,一条RNA链被逆转录成为互补DNA,再以此为模板通过PCR进行DNA扩增

PCR (聚合酶链式反应)反应包括三个基本步骤，即：模板DNA的变性、模板DNA与引物的退火复性、引物的延伸。PCR反应体系包括5种基本成分，依次为：引物、DNA聚合酶、dNTP、模板DNA、Mg2+。

1、引物

引物是PCR 特异性反应的关键，PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板 DNA在体外大量扩增。

设计引物应遵循以下原则：

①引物长度： 15-30bp，常用为20bp左右。

②引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。

③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸 的成串排列。

④避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3’端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。

⑤引物3’端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR 失败。

⑥引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶切分析或分子 克隆很有好处。

⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。引物量： 每条引物的浓度01～1umol或10～100pmol，以最低引物量产生所需要的结果为好，引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。

2、酶

目前有两种Taq DNA聚合酶供应， 一种是从栖热水生杆菌中提纯的天然酶，另一种为大肠菌合成的基因工程酶。催化一典型的PCR反应约需酶量25U(指总反应体积为100ul时)，浓度过高可引起非特异性扩增，浓度过低则合成产物量减少。

3、dNTP

dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系，dNTP粉呈颗粒状，如保存不当易变性失去生物学活性。dNTP溶液呈酸性，使用时应配成高浓度后，以1M NaOH或1M Tris。HCL的缓冲液将其PH调节到70～75，小量分装， -20℃冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反应中，dNTP应为50～200umol/L，尤其是注意4种dNTP的浓度要相等( 等摩尔配制)，如其中任何一种浓度不同于其它几种时(偏高或偏低)，就会引起错配。浓度过低又会降低PCR产物的产量。dNTP能与Mg2+结合，使游离的Mg2+浓度降低。

dNTP储存液：dNTP溶于pH为70的NaOH贮存液中，最初的贮存液可稀释到10mol/L，分装后存放在-20℃冰箱中。dNTP使用浓度在20～200 μmol/L之间。4种dNTP必须等浓度配合以减少错配误差。

dNTP使用浓度：在PCR反应中,使用低dNTP浓度,可减少非靶位置启动和延伸时的核苷酸错误掺入。一般可根据靶序列的长度和组成来决定最低dNTP浓度。例如在100μl的反应体系中,4种dNTP的浓度为20μmol/L,可基本满足合成26μg DNA或10pmol/L的400bp序列。使用低dNTP浓度(每种dNTP浓度为2μmol/L),能够高度灵敏地(1/107)扩增ras基因点突变的等位基因。

4、模板

模板核酸的量与纯化程度，是PCR成败与否的关键环节之一，传统的DNA纯化方法通常采用SDS和蛋白酶K来消化处理标本。SDS的主要功能是：溶解细胞膜上的脂类与蛋白质，因而溶解膜蛋白而破坏细胞膜，并解离细胞中的核蛋白，SDS 还能与蛋白质结合而沉淀;蛋白酶K能水解消化蛋白质，特别是与DNA结合的组蛋白，再用有机溶剂酚与氯仿抽提掉蛋白质和其它细胞组份，用乙醇或异丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作为模板用于PCR反应。一般临床检测标本，可采用快速简便的方法溶解细胞，裂解病原体，消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离，直接用于PCR扩增。RNA模板提取一般采用异硫氰酸胍或蛋白酶K法，要防止RNase降解RNA。

5、Mg2+浓度

Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响，在一般的PCR反应中，各种dNTP浓度为200umol/L时，Mg2+浓度为15～20mmol/L为宜。Mg2+浓度过高，反应特异性降低，出现非特异扩增，浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性，使反应产物减少。

引物是PCR特异性反应的关键，不好的引物严重影响实验的质量，好的引物可以事倍功半;酶的选择一般是看实验的目的，例如克隆长片段，可能就需要高保真的聚合酶;dNTP浓度和Mg2+浓度高了会影响PCR反应特异性。DNA模板中还有蛋白质也会严总影响PCR质量，因此上述5个基本成分质量和浓度必须合理。

标准的PCR反应体系：10×扩增缓冲液

10ul

4种dNTP混合物

各200umol/L

引物

各10～100pmol

模板DNA

02ug

Taq

DNA聚合酶

25u

Mg2+

15mmol/L

加双或三蒸水至

100ul

PCR反应五要素：参加PCR反应的物质主要有五种即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+

引物：引物是PCR特异性反应的关键,PCR

产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度理论上,只要知道任何一段模板DNA序列,就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增设计引物应遵循以下原则：①引物长度：15-30bp,常用为20bp左右②引物扩增跨度：以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3’端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带⑤引物3’端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败⑥引物中有或能加上合适的酶切位点,被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点,这对酶切分析或分子克隆很有好处⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性

希望有所帮助

题主是否想询问“引物设计怎么让3端落在特定区”？以下是引物设计策略：

1、根据序列比对选择引物：可以利用基因组数据库等工具，将目标DNA或RNA序列与相关物种的参考序列进行比对，挑选出能够与目标序列高度匹配且3'端恰好位于目标区域的引物序列。

2、考虑引物长度和序列特性：通常情况下，引物长度应该在18-24个核苷酸左右，同时需要避免引物内部二聚体、自身剪切和非特异性结合等问题。

3、进行引物修饰：可以在引物的3'端或其他位置加入末端修饰（如磷酸化、胺基修饰等），以增强引物与目标DNA或RNA的亲和力和稳定性。

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