癌细胞全部转录本的数据库有很多,如TCGA (The Cancer Genome Atlas)、CCLE (Cancer Cell Line Encyclopedia)、HGMD (Human Gene Mutation Database) 等。这些数据库都整合了大量的癌症组织和细胞系的转录组测序数据,提供了基因表达水平、突变情况、染色体重排、分子亚型等信息,可以为癌症研究和治疗提供参考。
至于TERRA转录本是否能被查询到,则取决于所使用的数据库。
举例来说,TCGA数据库中包含了 TERRA 转录本的表达信息,可以通过 TCGA 数据门户网站进行检索与下载。而其它一些数据库可能没有包含 TERRA 的信息,需要具体查询。
tcga工作组发的文章。
The Cancer Genome Atlas (TCGA,>
TCGA由NCI牵头,作为美国攻克癌计划的一个大的project,投入巨大的人力和资金,较早的进行深度测序,提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation还有更深度的exon expression外显子测序结果,其临床数据整理的相对最完整,指标最多。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐,但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理:GDAC, Cancer Browser和cBioportal是其中整理最为完整和可靠的。GDAC由美国MIT和Harvard共建的Broadinstitute运行,UCSC运行着Cancer Browser 和Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立,提供较为完善的TCGA数据为基础的各类信息检索服务。
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