谁知道怎样在NCBI中找数据库

NCBI 分类学数据库（taxonomy database）不是分类学或系统发育信息的信息源（primary source），而且也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（Wheeler et al, 2000）。

获取序列所对应的分类学信息有两种方法。

一种方法，从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表，在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件，其中针对Windows *** 作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_protdmpgz 和gi_taxid_nucldmpgz 文件。这两个文件都只有两列，左边为gi 号，右边为Taxid。由于这些文件非常大，因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移，这两个文件会越来越大，不过速度不会是指数增长的，并且在美国东部时间的每个星期一2：00 am NCBI 会对其进行更新。

对于Windows 用户还有一个文件称为taxdumpzip 文件。文件解压缩后包括1 个prt 文件和6 个dmp 文件。Gencodedmp 文件保存有不同的密码子表，与同目录的gcprt 联合使用；mergeddmp 是保存有合并的taxid 号的对应表；nodesdmp 是结点信息；divisiondmp 是较大的几个分类；namesdmp 结点名称信息，每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。

利用ftp 地址的连接利用>

1、自己建立云服务器，服务器上安装数据库中间件和大型数据库；

2、服务器上安装Web服务，建议使用Apache，不要使用IIS，后者稳定性和效率以及安全性都太差了，个人和网站玩玩还行，大规模应用是看不住的；

3、中间件用作向服务器读写和查询，另一端连接web服务进行数据通讯；

4、任何PC、手机等写个小程序，将当前时间、扫描面单的地点等设定进去，然后扫描面单号、将数据传递到服务器中间件，中间件将流水写入数据库，中间件要有重复条码处理功能和错误条码处理功能等，其他的校验在客户端程序完成；

5、根据数据库流水，客户就可以通过网站，查询数据库中针对某个面单，所有的不同地点的扫描时间信息了，也就是说知道物流快递运送进度了，精确到秒，因为扫描的时间精确到秒，复杂些的系统扫描时的那台计算机，还可以连接电子秤，将重量也采集进去，这样那一站发生货物重量缺少，就说明那个环节箱子破了，有东西漏出来丢失了；目前大部分快递公司还做不到这点；

以上系统其实对我们来说，是最低级的系统，仅仅是条码流水采集统计查询而已，唯一不同的是将局域网的东西放到了互联网上，要额外考虑安全、并发连接数、负载均衡、数据库性能、网络稳定性和通讯中断处理机制，很多都要放在中间件中完成。以上所有可以使用免费开源的来实现，也可以使用商业系统实现。

开源免费的可以用：Linxu服务器Mysql数据库Perl语言的CGI开发中间件Apache的Web服务php的查询网页php客户端数据上传网页；

付费的可以使用IBM的服务器套件：Webshare套件DB2数据库，微软的MS-SQLServer就算了，稍大点的快递公司、物流公司，一周的数据就能超过10W个包裹，数据超过10万个，他数据库的性能会比Mysql免费开源数据库还差劲，所以很多人宁可使用性能比他好价格比他低的Oracle数据库也不用他，就是因为查询和读写速度达不到，并且微软的MS-SQLServer很多时候就算你把服务器加到16个CPU，32G内存，20个硬盘，2个千兆网卡，依然性能上不去，此时已经和硬件无关了，是数据库自己能力不足，所以很多大型供应链管理系统不用微软的数据库，是有原因的。

怎么将测序的micrna数据传到公共数据库

NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。

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