gtex数据怎样筛选

关于gtex数据怎样筛选。

1、通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据，只有区区100个左右的正常对照。

2、这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。这里值得大力推荐的是GTEx数据库,Genotype-TissueExpression(GTEx)。

数据库中的外码

1外码是另外⼀个表的主码;

2插⼊数据是必须先给所关联外码的那个表插⼊数据；

3报错的原因是插⼊的某个属性在所关联外码表中找不到。

外码的意义是：保证两个表之间的数据的⼀致性，例如：职⼯表中的部门号，必须在部门表中存在。create table 部门(

部门号 char(20) primary key not null,

名称 char(20) constraint UK_dName unique not null ,

经理名 char(20),

第 1 页

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地址 varchar(20),

电话号码 char(20)

)

drop table 部门

create table 职⼯(

职⼯号 char(20) primary key,

姓名 char(20) not null,

年龄 smallint check (年龄>=18 and 年龄<=60),

职务 char(20),

⼯资 int not null check(⼯资>=800),

部门号 char(20)

第 2 页

FOREIGN KEY (部门号) REFERENCES 部门(部门号)--直接建⽴外码

)

drop table 职⼯

--新增关系表属性

--新增表的外码

--⽅法⼆：

alter table 职⼯

add constraint S_worker

foreign key(部门号)

references 部门(部门号)

第 3 页

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数据库调动部门但有外码

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TCGA由NCI牵作美攻克癌计划project投入巨力资金较早进行深度测序提供Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variant, Mutation更深度exon expression外显测序结其临床数据整理相完整指标TCGA直接载数据较繁琐网站提供TCGA数据（包括表达临床等）完善整理：GDAC Cancer BrowsercBioportal其整理完整靠GDAC由美MITHarvard共建Broadinstitute运行UCSC运行着Cancer Browser Xena, cBioportal由MemorialSloan-Kettering Cancer Cente建立提供较完善TCGA数据基础各类信息检索服务

找剪切因子，简单而言就是，一个基因从DNA-mRNA的过程当中，由于剪切位点的不同，会形成不同的mRNA剪切变异体。对于可变剪切模式，之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当中包含的其中7种可变剪切模式。具体的可见之前的帖子： TCGA Spliceseq

在这个数据库当中提到的属于经典的可变剪接模式。随着二代测序的技术的使用，也会发现一些额外的剪切模式。比如这次我们要提到的外显子内含子剪切(exitrons(exonic introns) splicing, EIS)。既然二代测序技术可以发现EIS。那么就可以使用TCGA数据库来寻找肿瘤当中的EIS。因此也就可以对肿瘤挡着的EIS事件进行全面的分析。剪接因子是参与RNA前体剪接过程的蛋白质因子。根据其功能作用，可以分为核小核糖核蛋白颗粒(snRNP)蛋白因子和非snRNP蛋白因子。

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