微卫星稳定分为3中MSI-H、MSS和MSI-L。
从手术疗效上看MSI-H最好,MSS次之,MSI-L最差。
微卫星是遍布于人类基因组中的短串du联重复序列,微卫星不稳定zhi性(MSI)是指DNA甲基化或者基因突变致错配修复基因缺失,从而导致微卫星重复序列插入或缺失,继而长度改变,与肿瘤的发生密切相关。
MSI检测结直肠癌分子分型的基础,可用于结直肠癌的预后和化疗获益预测,还可以诊断Lynch综合征。
扩展资料:
微卫星不稳定性检测的意义:
1、判断预后:目前大量证据表明,错配修复基因缺失/高度微卫星不稳定性是Ⅰ期结直肠癌患者预后良好的一个标志物。
2、指导治疗:一项回顾性研究结果显示,高度微卫星不稳定患者并不能从5-FU的辅助化疗中获益。如果考虑氟尿嘧啶类单药治疗推荐行MMR检测。
3、Lynch综合征,既往亦称遗传性非息肉性结肠癌,是一种常染色体显性遗传病。由于MMR基因发生胚系突变所致,约占所有结直肠癌的3-5%。总之,高度微卫星不稳定性检测对于结直肠癌患者的预后判断和治疗指导具有重要意义。
参考资料来源:百度百科-微卫星
微卫星msi引物设计的基本流程是:
1根据微卫星序列选择靶位点:通常来说,我们会选择可以在微卫星序列中找到的特定DNA序列作为引物设计的靶位点。这些DNA序列应当被确定为易于引物结合及具有较高遗传稳定性等特点。
2设计引物:根据确定的靶位点,可以采用引物设计软件进行引物设计。一般情况下,对于微卫星分析应尽量使用有限长度的引物(如18-24bp
你先建立一个txt文本文档,把五个序列复制到文档中,注意用fasta格式。
比如一号序列是AATTCCGG
文本中就是
>seq1
AATTCCGG
“>”符号后面是序列的名字,你随便取,然后换行把序列复制进来。
五个都输入后保存,把txt文件的后缀改成fas,也就是FASTA格式文件,mega不认识txt的。
然后用mega打开这个fas文件,然后先Alignment,具体的参数你参考别人的文章,我没做过微卫星,不知道。对比完了之后保存,生产meg文件,再用mega打开,就可以选择构建你所需要的系统树了,同样,参数参考别人的文章,我不知道。
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