genbank文件怎么进行数据对比

GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank与EMBL、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。你可以到生物帮那里了解这方面的信息，生物帮，依托互联网，面向生物研究者、企业和研究机构，提供最新、领先、精准、高效、全面的生物产品和技术信息。我一般找资料都会去那里的。帮助蛮大的。 简介大型数据库分成若干子库，有许多好处。首先，可以把数据库查询限定在某一特定部分，以便加快查询速度。其次，基因组计划快速测序得到的大量序列尚未加以注释，将它们单独分类，有利于数据库查询和搜索时“有的放矢”。GenBank将这些数据按高通量基因组序列(HighThroughput Genomic Sequences，HTG)、表达序列标记(Expressed Sequence Tags，EST)、序列标记位点(Sequence TaggedSites，STS)和基因组概览序列(Genome Survey Sequences，GSS)单独分类。尽管这些数据尚未加以注释，它们依然是GenBank的重要组成部分。可通过Entrez数据库查询系统对GenBank进行查询。这个系统将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。此外，通过该系统的文献摘要数据库MEDLINE，可获取有关序列的进一步信息。在万维网上，进入NCBI的主页，可以用BLAST程序对GenBank数据库进行未知序列的同源性搜索(详见第六章)。完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。GenBank曾以CD-ROM光盘的形式分发，价格比较便宜。随着数据库容量的增长，一套最新版的GenBank需要12张光盘存放，不仅生产成本很高，也不便于使用。现在，光盘分发的方式已经停止，可以通过网络下载GenBank数据库。可 参考：That can help youClick /zt/focus/ncbihtm, Sign in accountGenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。序列条目的关键字包括代码(LOCUS)，说明(DEFINITION)， 编号(ACCESSION)，核酸标识符(NID)，关键词(KEYWORDS)，数据来源(SOURCE)，文献(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，碱基组成(BASE COUNT)及碱基排列顺序(ORIGIN)。代码LOCUS是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图41中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶cyclooxygenase。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。序列代码具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此代码为准。核酸标识符NID对序列信息的当前版本提供关键词字段由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中还氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。数据来源字段说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血管(umbilical vein)。次关键字种属(ORGANISM)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等。文献字段说明该序列中的相关文献，包括作者(AUTHORS)，题目(TITLE)及杂志名(JOURNAL)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个网络链接指针，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。FEATURES是具有自己的一套结构，用来详细描述序列特性的一个表格。在这个表格内，带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库内(本例，您看到的是一个分类数据库(taxon 9606)，以及一个蛋白质数据库(PID：g181254));序列中各部分的位置都加以标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等;蛋白质翻译的信号肽及最终的多肽也都有所说明。这个例子不能说很全面，但已经足以说明特性表给出信息的详细程度。 接下来是BASE COUNT记录，计算出不同碱基在整个序列中出现的次数(1010A，712个C，633个G，1032个T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一个碱基在基因组中可能的位置。最后，核酸的序列全部列出，并以//作为结尾。检索方式：如果在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，进入NCBI ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，即可以检索到所需序列。

计算机网络安全的内容包括：

计算机网络设备安全、计算机网络系统安全、数据库安全等。其特征是针对计算机网络本身可能存在的安全问题，实施网络安全增强方案，以保证计算机网络自身的安全性为目标。

商务交易安全则紧紧围绕传统商务在互联网络上应用时产生的各种安全问题，在计算机网络安全的基础上，如何保障电子商务过程的顺利进行。即实现电子商务的保密性、完整性、可鉴别性、不可伪造性和不可抵赖性。

计算机网络安全与商务交易安全实际上是密不可分的，两者相辅相成，缺一不可。没有计算机网络安全作为基础，商务交易安全就犹如空中楼阁，无从谈起。没有商务交易安全保障，即使计算机网络本身再安全，仍然无法达到电子商务所特有的安全要求。 未进行 *** 作系统相关安全配置

不论采用什么 *** 作系统，在缺省安装的条件下都会存在一些安全问题，只有专门针对 *** 作系统安全性进行相关的和严格的安全配置，才能达到一定的安全程度。千万不要以为 *** 作系统缺省安装后，再配上很强的密码系统就算作安全了。网络软件的漏洞和“后门” 是进行网络攻击的首选目标。

未进行CGI程序代码审计

如果是通用的CGI问题，防范起来还稍微容易一些，但是对于网站或软件供应商专门开发的一些CGI程序，很多存在严重的CGI问题，对于电子商务站点来说，会出现恶意攻击者冒用他人账号进行网上购物等严重后果。

拒绝服务（DoS，Denial of Service）攻击

随着电子商务的兴起，对网站的实时性要求越来越高，DoS或DDoS对网站的威胁越来越大。以网络瘫痪为目标的袭击效果比任何传统的恐怖主义和战争方式都来得更强烈，破坏性更大，造成危害的速度更快，范围也更广，而袭击者本身的风险却非常小，甚至可以在袭击开始前就已经消失得无影无踪，使对方没有实行报复打击的可能。2014年2月美国“雅虎”、“亚马逊”受攻击事件就证明了这一点。

安全产品使用不当

虽然不少网站采用了一些网络安全设备，但由于安全产品本身的问题或使用问题，这些产品并没有起到应有的作用。很多安全厂商的产品对配置人员的技术背景要求很高，超出对普通网管人员的技术要求，就算是厂家在最初给用户做了正确的安装、配置，但一旦系统改动，需要改动相关安全产品的设置时，很容易产生许多安全问题。

缺少严格的网络安全管理制度

网络安全最重要的还是要思想上高度重视，网站或局域网内部的安全需要用完备的安全制度来保障。建立和实施严密的计算机网络安全制度与策略是真正实现网络安全的基础。 一个全方位的计算机网络安全体系结构包含网络的物理安全、访问控制安全、系统安全、用户安全、信息加密、安全传输和管理安全等。充分利用各种先进的主机安全技术、身份认证技术、访问控制技术、密码技术、防火墙技术、安全审计技术、安全管理技术、系统漏洞检测技术、黑客跟踪技术，在攻击者和受保护的资源间建立多道严密的安全防线，极大地增加了恶意攻击的难度，并增加了审核信息的数量，利用这些审核信息可以跟踪入侵者。

在实施网络安全防范措施时：

首先要加强主机本身的安全，做好安全配置，及时安装安全补丁程序，减少漏洞；

其次要用各种系统漏洞检测软件定期对网络系统进行扫描分析，找出可能存在的安全隐患，并及时加以修补；

从路由器到用户各级建立完善的访问控制措施，安装防火墙，加强授权管理和认证；

利用RAID5等数据存储技术加强数据备份和恢复措施；

对敏感的设备和数据要建立必要的物理或逻辑隔离措施；

对在公共网络上传输的敏感信息要进行强度的数据加密；

安装防病毒软件，加强内部网的整体防病毒措施；

建立详细的安全审计日志，以便检测并跟踪入侵攻击等。

网络安全技术是伴随着网络的诞生而出现的，但直到80年代末才引起关注，90年代在国外获得了飞速的发展。近几年频繁出现的安全事故引起了各国计算机安全界的高度重视，计算机网络安全技术也因此出现了日新月异的变化。安全核心系统、***安全隧道、身份认证、网络底层数据加密和网络入侵主动监测等越来越高深复杂的安全技术极大地从不同层次加强了计算机网络的整体安全性。安全核心系统在实现一个完整或较完整的安全体系的同时也能与传统网络协议保持一致。它以密码核心系统为基础，支持不同类型的安全硬件产品，屏蔽安全硬件以变化对上层应用的影响，实现多种网络安全协议，并在此之上提供各种安全的计算机网络应用。

互联网已经日渐融入到人类社会的各个方面中，网络防护与网络攻击之间的斗争也将更加激烈。这就对网络安全技术提出了更高的要求。未来的网络安全技术将会涉及到计算机网络的各个层次中，但围绕电子商务安全的防护技术将在未来几年中成为重点，如身份认证、授权检查、数据安全、通信安全等将对电子商务安全产生决定性影响。 当许多传统的商务方式应用在Internet上时，便会带来许多源于安全方面的问题，如传统的贷款和借款卡支付/保证方案及数据保护方法、电子数据交换系统、对日常信息安全的管理等。电子商务的大规模使用虽然只有几年时间，但不少公司都已经推出了相应的软、硬件产品。由于电子商务的形式多种多样，涉及的安全问题各不相同，但在Internet上的电子商务交易过程中，最核心和最关键的问题就是交易的安全性。一般来说商务安全中普遍存在着以下几种安全隐患：

窃取信息

由于未采用加密措施，数据信息在网络上以明文形式传送，入侵者在数据包经过的网关或路由器上可以截获传送的信息。通过多次窃取和分析，可以找到信息的规律和格式，进而得到传输信息的内容，造成网上传输信息泄密。

篡改信息

当入侵者掌握了信息的格式和规律后，通过各种技术手段和方法，将网络上传送的信息数据在中途修改，然后再发向目的地。这种方法并不新鲜，在路由器或网关上都可以做此类工作。

假冒

由于掌握了数据的格式，并可以篡改通过的信息，攻击者可以冒充合法用户发送假冒的信息或者主动获取信息，而远端用户通常很难分辨。

恶意破坏

由于攻击者可以接入网络，则可能对网络中的信息进行修改，掌握网上的机要信息，甚至可以潜入网络内部，其后果是非常严重的。

因此，电子商务的安全交易主要保证以下四个方面：

信息保密性

交易中的商务信息均有保密的要求。如xyk的账号和用户名等不能被他人知悉，因此在信息传播中一般均有加密的要求。

交易者身份的确定性

网上交易的双方很可能素昧平生，相隔千里。要使交易成功，首先要能确认对方的身份，对商家要考虑客户端不能是骗子，而客户也会担心网上的商店不是一个玩弄欺诈的黑店。因此能方便而可靠地确认对方身份是交易的前提。

不可否认性

由于商情的千变万化，交易一旦达成是不能被否认的。否则必然会损害一方的利益。因此电子交易通信过程的各个环节都必须是不可否认的。

不可修改性

交易的文件是不可被修改的，否则也必然会损害一方的商业利益。因此电子交易文件也要能做到不可修改，以保障商务交易的严肃和公正。

电子商务交易中的安全措施

在早期的电子交易中，曾采用过一些简易的安全措施，包括：

部分告知（Partial Order）：即在网上交易中将最关键的数据如xyk号码及成交数额等略去，然后再用电话告之，以防泄密。

另行确认（Order Confirmation）：即当在网上传输交易信息后，再用电子邮件对交易做确认，才认为有效。

此外还有其它一些方法，这些方法均有一定的局限性，且 *** 作麻烦，不能实现真正的安全可靠性。

二十世纪90年代以来，针对电子交易安全的要求，IT业界与金融行业一起，推出不少有效的安全交易标准和技术。

主要的协议标准有：

安全超文本传输协议（S－>

GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。为保证数据尽可能的完全，GenBank与EMBL、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。你可以到生物帮那里了解这方面的信息，生物帮，依托互联网，面向生物研究者、企业和研究机构，提供最新、领先、精准、高效、全面的生物产品和技术信息。我一般找资料都会去那里的。帮助蛮大的。 简介大型数据库分成若干子库，有许多好处。首先，可以把数据库查询限定在某一特定部分，以便加快查询速度。其次，基因组计划快速测序得到的大量序列尚未加以注释，将它们单独分类，有利于数据库查询和搜索时“有的放矢”。GenBank将这些数据按高通量基因组序列(HighThroughput Genomic Sequences，HTG)、表达序列标记(Expressed Sequence Tags，EST)、序列标记位点(Sequence TaggedSites，STS)和基因组概览序列(Genome Survey Sequences，GSS)单独分类。尽管这些数据尚未加以注释，它们依然是GenBank的重要组成部分。可通过Entrez数据库查询系统对GenBank进行查询。这个系统将核酸、蛋白质序列和基因图谱、蛋白质结构数据库整合在一起。此外，通过该系统的文献摘要数据库MEDLINE，可获取有关序列的进一步信息。在万维网上，进入NCBI的主页，可以用BLAST程序对GenBank数据库进行未知序列的同源性搜索(详见第六章)。完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等子段建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。GenBank曾以CD-ROM光盘的形式分发，价格比较便宜。随着数据库容量的增长，一套最新版的GenBank需要12张光盘存放，不仅生产成本很高，也不便于使用。现在，光盘分发的方式已经停止，可以通过网络下载GenBank数据库。可 参考：That can help youClick /zt/focus/ncbihtm, Sign in accountGenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。序列条目的关键字包括代码(LOCUS)，说明(DEFINITION)， 编号(ACCESSION)，核酸标识符(NID)，关键词(KEYWORDS)，数据来源(SOURCE)，文献(REFERENCE)，特性表(FEATURES)，碱基组成(BASE COUNT)及碱基排列顺序(ORIGIN)。代码LOCUS是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图41中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶cyclooxygenase。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。序列代码具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此代码为准。核酸标识符NID对序列信息的当前版本提供关键词字段由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中还氧化酶-2 (cyclooxygenase-2)，前列腺素合成酶(prostaglandin synthase)。数据来源字段说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血管(umbilical vein)。次关键字种属(ORGANISM)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等。文献字段说明该序列中的相关文献，包括作者(AUTHORS)，题目(TITLE)及杂志名(JOURNAL)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个网络链接指针，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。FEATURES是具有自己的一套结构，用来详细描述序列特性的一个表格。在这个表格内，带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库内(本例，您看到的是一个分类数据库(taxon 9606)，以及一个蛋白质数据库(PID：g181254));序列中各部分的位置都加以标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸序列(3367-3374)，等等;蛋白质翻译的信号肽及最终的多肽也都有所说明。这个例子不能说很全面，但已经足以说明特性表给出信息的详细程度。 接下来是BASE COUNT记录，计算出不同碱基在整个序列中出现的次数(1010A，712个C，633个G，1032个T)。ORIGIN那一行，指出了序列第一个碱基在基因组中可能的位置。最后，核酸的序列全部列出，并以//作为结尾。检索方式：如果在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，进入NCBI ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，即可以检索到所需序列。

在研究生阶段学习计算机的一大好处就是可以在课程中获得广泛的实用技能。这些将是特别有益的求职，并将为你提供大量的就业机会毕业后。那么计算机专业研究生毕业后，有哪些职业选择可供考虑呢？请看以下我整理。

1、统计学家/ *** 作人员

统计学家和运筹学家之间的主要区别是，统计学家参与分析和提出数据，而运筹学家（有时被称为管理科学家）将利用这些数据在工业、商业或政府等部门寻找实际的解决办法。

政府统计服务（GSS）是英国最大的统计学家单一雇主。他们有超过1200名统计人员在30多个部门工作，他们会招募一定数量的候选人加入他们的快速统计项目。其他大型雇主也可能有毕业生培训计划。具有相关理学硕士学位或博士学位的候选人将有可能获得优势，而具有SPSS等统计软件包的知识几乎肯定是有益的。

英国皇家统计学会（Royal Statistical Society）向通过某些标准的人提供注册统计师（CStat）的资格，其中包括五年相关的实际工作经验。

薪资介绍： 政府统计人员的工资因部门和地点的不同而不同。该职业的新入职者平均起薪为185万英镑（伦敦为21万英镑）。大约5年后，这一数字可能升至3万至5万英镑。高级公务员的统计学家职位的薪水超过5万英镑。

2、保险精算员

精算师利用他们的数学、统计学、经济学和商业知识来评估特定未来事件的风险，即对他们的雇主可能造成的经济损失。通过使用统计和数学模型，它们可以帮助计算保单的费率，从而获得足够的资金来承担责任。精算师从事的传统领域包括咨询、人寿和一般保险、养老金和投资。

英格兰和威尔士的精算师协会和苏格兰的精算师学院是英国精算师的两个特许专业机构，作为精算专业在英国各地紧密合作。目前精算师学院和精算师学会共有8，879名研究员，另有8，644名学生会员。要成为其中会员，申请者必须通过所有相关考试或考试模块，并完成一份学习日志，显示他们通过三年多的工作获得的技能。目前的平均资格审查时间为5年，合格的精算师将在其整个职业生涯中从事持续的专业发展。

薪资介绍： 精算师的毕业生起薪约为2万至26万英镑。刚获得该领域研究员学历人员的年薪可能在48万至56万英镑之间，一些精算师的年薪将远高于10万英镑。

3、软件/系统开发人员

许多公司和组织要求软件/系统开发人员（也称为软件程序员或软件工程师）开发新软件或修改现有软件以满足组织的需求。开发人员可以参与开发、安装、测试和维护各种系统和应用程序，包括内部网和外部网络、数据库和网站。

开发人员通常在IT部门工作，需要掌握最新的计算机辅助软件工程（CASE）工具和编程语言，如c++、Java、Visual Basic、Oracle、UML（统一建模语言）、Delphi、Prolog和 net Framework。许多组织都提供专业资格，包括英国计算机协会（BCS）、信息系统管理研究所（IMIS）和分析师和程序员学会（IAP）。软件开发公司也有自己的奖项，比如微软的MCSD（微软认证解决方案开发专家）和MCAD（微软认证应用程序开发专家），这些也可以在IT学院学习，或者作为工作培训的一部分。

薪资介绍： 年薪从195万英镑到24万英镑不等，如果有经验的话，年薪会涨到4万英镑左右，非常高级别的年薪可能会涨到5万英镑以上。

4、数学家

数学家在研究中运用数学理论和技术来解决问题。许多工作需要高水平的数学专业知识，数学家也在政府、商业和金融领域，其他受欢迎的职业包括研究、设计和开发领域等广泛领域发挥才能。

数学家通常在数学、物理或其他具有高数学内容的学科上拥有良好的一级学位（通常至少要有二等上学位）。由于高级数学技能短缺，数学领域的机会还是很开放的，但具体工作的竞争可能很激烈，所以许多数学家也有研究生学历。早期的工作经验也有帮助。

薪资介绍： 薪资和福利会根据你所在的行业而有所不同：例如，商业和商业统计人员的收入将高于政府和卫生行业的统计人员。对于高度专业化的领域，起薪从最低的14万英镑到最高的35万英镑不等。凭借几年的经验，可能很快就能挣到大约4万英镑。最高年薪可能在6万英镑左右或更多。

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