因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”(Wheeler et al, 2000)。 获取序列所对应的分类学信息有两种方法。 一种方法,从NCBI 网站下载gi与taxid 对应表,在Taxonomy 数据库的FTP 地址下载。这个目录下有多个压缩文件,其中针对Windows *** 作系统的两个针对蛋白质序列和核苷酸序列的压缩文件分别是gi_taxid_protdmpgz 和gi_taxid_nucldmpgz 文件。这两个文件都只有两列,左边为gi 号,右边为Taxid。由于这些文件非常大,因此用浏览器来打开这些文件几乎是不可能的。随着时间的推移,这两个文件会越来越大,不过速度不会是指数增长的,并且在美国东部时间的每个星期一2:00 am NCBI 会对其进行更新。 对于Windows 用户还有一个文件称为taxdumpzip 文件。文件解压缩后包括1 个prt 文件和6 个dmp 文件。Gencodedmp 文件保存有不同的密码子表,与同目录的gcprt 联合使用;mergeddmp 是保存有合并的taxid 号的对应表;nodesdmp 是结点信息;divisiondmp 是较大的几个分类;namesdmp 结点名称信息,每个id 对应多行。这些数据被Phylogenie 软件包中的blammer 程序用于构建进化树。 利用ftp 地址的连接利用>
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