go富集分析结果怎么写文章

您好，GO富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于分析基因或蛋白质的功能富集情况。在撰写GO富集分析结果的文章时，可以按照以下步骤进行：

1 结果概述：首先需要对分析结果进行概述，包括分析的数据集、使用的分析软件、富集分析的结果等。

2 GO注释结果：介绍分析数据集的GO注释结果，包括注释的基因或蛋白质数量、注释的GO术语数量等。

3 富集分析结果：详细介绍富集分析的结果，包括富集的GO术语、富集的P值、富集的基因数量等。可以使用图表来展示富集分析结果，如饼图、柱状图等。

4 功能分类分析：根据GO术语的不同分类，对富集结果进行进一步的分析，如分析富集的生物学过程、分子功能和细胞组分等。

5 生物学意义分析：根据富集分析结果，对分析数据集的生物学意义进行分析和讨论，如探讨基因或蛋白质在生物学过程中的作用、与其他基因或蛋白质的相互作用等。

6 结论：总结分析结果，强调分析的重要性和意义，为后续研究提供参考。

在撰写GO富集分析结果的文章时，需要注意结果的准确性和可靠性，同时对结果进行详细的解释和分析，以便读者理解和使用。

1 如果肯下功夫，可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化，所用的R包可以是GOSim（GO分析），或者clusterprofiler(GO&KEGG)

2 cytoscape 的插件cluego可以傻瓜式实现通路的展示，可以用来直接发文章（低分的至少可以）

3 关于GO和KEGG数据的获得，上DAVID就好

单细胞富集分析系列：

单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。

载入无比熟悉的pbmc3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )

pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。

若有分组，可以使用subset函数将某种细胞取出，来做这种细胞病例组和对照组相比的差异基因和富集分析

之所以长短不齐不按顺序是因为没有排序

排完续之后再画p值就是按顺序的了

附： 单细胞测序数据的差异表达分析方法总结

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