中国有哪七大生物基因库

中国有哪七大生物基因库,第1张

佳学基因的基因库有以下几个部分组成。基因实体库,用来贮存DNA样本。基因功能库,用来贮存具有特殊功能的DNA序列。罕见疾病DNA数据库。基因序列变化数据库。人类基因序列变化与人体表征数据库。

在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide(如图红框)在search栏输入基因名搜索即可以人的orc1基因为例,在搜索结果中选择mRNA和complete

cds序列的结果都可以,如下点击进入序

GenBank 概述

· 什么是GenBank? GenBank 是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。

· 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

· 访问GenBank - 通过 Entrez Nucleotides 来查询。用 accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez 更多的信息请看下文。用 BLAST 来在 GenBank 和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez 和 BLAST 可以通过 Query 和 BLAST 服务器。另外一种选择是可以用 FTP 下载整个的 GenBank 和更新数据。

· 增长统计 - 参见公布通知的226(每个分类的统计),227(每个物种的统计),228(GenBank增长)小节。

· 公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank 的分类,数据增长统计,GenBank 的引用。

· 公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。

· 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

向GenBank提交数据

· 关于提交序列数据,收到 accession number,和对纪录作更新的一般信息。

· BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于>>

GI编号是NCBI网站的所有序列相关数据库的流水编号,其最有用的特征就是唯一性对于每一条递交给NCBI的序列,都会付给一个编号,而

且这个编号对应的序列不可更改这个编号对应这个唯一的一条序列,类似与我们用的身份z号因此,利用GI在NCBI中查询时,你只要把数据库(蛋白质/

核苷酸)选对,只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来

值得一提的是登录号(Accession Number)每一个递交的序列,除了获得一个GI号,还会被赋予一个登录号递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善每一次修改的序列会获得一个新的GI号,登录号不变,但会追加一个流水的版本号

因此,GI号和带版本号的登录号都唯一定位到唯一条序列

在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide(如图红框)在search栏输入基因名搜索即可以人的orc1基因为例,在搜索结果中选择mRNA和complete cds序列的结果都可以,如下点击进入序

欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等, 1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。

DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo sapiens), 线虫(Caenorhabditis elegans),啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),小鼠(Mus musculus)和拟南芥(Arabidopsis thalania)。

可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。

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